Geri Dön

Bitkisel patojenlerin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)'a dayalı yöntemlerle genetik tiplendirmesi

Genotyping of plant pathogens by Polymerase chain reation (PCR)-based methods

  1. Tez No: 178153
  2. Yazar: FATMA ELİF ÇEPNİ
  3. Danışmanlar: DOÇ.DR. FİLİZ GÜREL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Ziraat, Biology, Biotechnology, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 55

Özet

Bu çalışmada farklı stratejilere dayalı PCR uygulamaları ile mikroorganizmaların genetik tiplendirmesi amaçlanmıştır. Hedef organizma olarak, ülkemizde ekonomik öneme sahip bitkilerde hastalık yapan bakteri ve mantar türleri kullanılmıştır. Bunlar Pseudomonas syringae'nin fasulye, domates ve zeytinde hastalık yapan üç patovarı ile Fusarium'un buğday ve arpada hastalık yapan Fusarium graminearum ve Fusarium culmorum ırklarıdır. Zeytin ağacında hastalık yapan Pseudomonas syringae pv. savastanoi tümörlü dallardan izole edilmiş, diğer tüm ırklar ise araştırıcılardan sağlanmıştır. Bu türlere ait ırkların genetik tiplendirmesi gerek özel gen dizilerine ve gerekse gen dışı tekrarlı dizilere (REP, ERIC ve BOX) özgü primerler kullanılarak yapıldı. Pseudomonas syringae'nin fasulye, domates ve zeytinde hastalık yapan üç patovarındaki BOX dizilerinin çoğaltımı ile her üç patovarı ayırt edici nitelikte genomik parmak izleri elde edildi. Pseudomonas syringae pv. savastanoi bakterisinin Orhangazi ve Akhisar orijinli izolatlarında çoğaltılan tüm tekrarlı dizilerde yüksek polimorfizm gözlendi. Fusarium'un ülkemiz kökenli ırkları ilk kez bu çalışmada genetik olarak tiplendirildi. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile bu ırklar arasındaki benzerlik/farklılıkları ortaya koymada yeterli düzeyde genomik parmak izleri elde edildi. Her üç tipteki PCR (REP, ERIC, BOX) verilerinin Jaccard benzerlik indeksine göre değerlendirilmesi sonucu, Fusarium graminearum'un Sakarya orijinli iki ırkı arasında %76; F. graminearum (Sakarya ırkı) ve F. culmorum (Marmara ırkı) arasında ise %27 benzerlik olduğu belirlendi.

Özet (Çeviri)

In this study, genotyping of microorganisms by PCR applications based on different strategies was aimed. Bacteria and fungus species which cause diseases on economically important plants in our country were used as target organisms. These are the pathovars of Pseudomonas syringae which cause disease on bean, tomato and olive; and Fusarium graminearum and Fusarium culmorum strains which are disease agents of both barley and wheat. Pseudomonas syringae pv. savastanoi which cause disease on olive trees was isolated from branches with galls while the other strains were provided from researchers. Genotyping of the strains belong to these species were achieved by using specific primers to genes and primers of extragenic repetitive sequences (REP, ERIC and BOX). Genomic fingerprints which can distinguish each pathovars of Pseudomonas syringae which cause disease on bean, tomato and olive were obtained by amplification of BOX sequences. High polymorphism were observed between the isolates of Pseudomonas syringae pv. savastanoi originated from Orhangazi and Akhisar. Strains of Fusarium which are originated from our country were genotyped for the first time. Sufficient amounts of genomic fingerprints were obtained by polymerase chain reaction (PCR) for revealing the similarity/differences between these strains. As a result of the evaluation of data from each type of PCRs (REP, ERIC and BOX), similarity between two Fusarium graminearum strains originated from Sakarya was 76% while the similarity of F. graminearum (Sakarya strain) and F. culmorum (Marmara strain) was 27 % according to Jaccard similarity index.

Benzer Tezler

  1. Production of antibacterial biobased blends for biomedical use

    Biyomedikal alanlarda kullanılmak üzere antibakteriyel özellikli biyobazlı harmanların eldesi

    METE DERVİŞCEMALOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATOŞ YÜKSEL GÜVENİLİR

  2. Calendula officinalis, Echinacea purpurea ve Morus nigra ekstraktlarının bakteriyel balık patojenleri üzerine antibakteriyel etkileri

    Antibacteriel effects of Calendula officinalis, Echinaceapurpurea and Morus nigra extracts on bacterial fishpathogens

    YUSİF BABAYEV

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Su Ürünleriİzmir Katip Çelebi Üniversitesi

    Su Ürünleri Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EZGİ DİNÇTÜRK

  3. Dondurulmuş parmak patates üretiminde haşlama işleminde bulunan gıda patojenlerinin farklı yöntemlerle dekontaminasyonu

    Decontamination of foodborne pathogens by different methods during blanching process of frozen french fries

    İSMAİL İŞÇİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Gıda MühendisliğiAbant İzzet Baysal Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İBRAHİM ÇAKIR

  4. Bitkisel yağ atığı kullanarak bazı mayaların biyosürfektan üretimlerinin ve antimikrobiyel özelliklerinin belirlenmesi

    Determination of antimicrobial properties of biosurfactants obtained from certain yeasts using vegetable waste oil

    ÖZGE AKGÜL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Gıda MühendisliğiÇukurova Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZERRİN ERGİNKAYA

  5. Biyouyumlu indikatör içeren, hızlı ve hassas kolorimetrik biyosensörlerin geliştirilmesi ve patojenlerin fenotipik tespitinde kullanılması

    Development of fast and sensitive colorimetric biosensors containing biocompatible indicators and theiir use in the phenotypic detection of pathogens

    ÇAĞLA ÇELİK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    KimyaErciyes Üniversitesi

    Analitik Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İSMAİL ÖÇSOY