Bitkisel patojenlerin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)'a dayalı yöntemlerle genetik tiplendirmesi
Genotyping of plant pathogens by Polymerase chain reation (PCR)-based methods
- Tez No: 178153
- Danışmanlar: DOÇ.DR. FİLİZ GÜREL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Ziraat, Biology, Biotechnology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2007
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 55
Özet
Bu çalışmada farklı stratejilere dayalı PCR uygulamaları ile mikroorganizmaların genetik tiplendirmesi amaçlanmıştır. Hedef organizma olarak, ülkemizde ekonomik öneme sahip bitkilerde hastalık yapan bakteri ve mantar türleri kullanılmıştır. Bunlar Pseudomonas syringae'nin fasulye, domates ve zeytinde hastalık yapan üç patovarı ile Fusarium'un buğday ve arpada hastalık yapan Fusarium graminearum ve Fusarium culmorum ırklarıdır. Zeytin ağacında hastalık yapan Pseudomonas syringae pv. savastanoi tümörlü dallardan izole edilmiş, diğer tüm ırklar ise araştırıcılardan sağlanmıştır. Bu türlere ait ırkların genetik tiplendirmesi gerek özel gen dizilerine ve gerekse gen dışı tekrarlı dizilere (REP, ERIC ve BOX) özgü primerler kullanılarak yapıldı. Pseudomonas syringae'nin fasulye, domates ve zeytinde hastalık yapan üç patovarındaki BOX dizilerinin çoğaltımı ile her üç patovarı ayırt edici nitelikte genomik parmak izleri elde edildi. Pseudomonas syringae pv. savastanoi bakterisinin Orhangazi ve Akhisar orijinli izolatlarında çoğaltılan tüm tekrarlı dizilerde yüksek polimorfizm gözlendi. Fusarium'un ülkemiz kökenli ırkları ilk kez bu çalışmada genetik olarak tiplendirildi. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile bu ırklar arasındaki benzerlik/farklılıkları ortaya koymada yeterli düzeyde genomik parmak izleri elde edildi. Her üç tipteki PCR (REP, ERIC, BOX) verilerinin Jaccard benzerlik indeksine göre değerlendirilmesi sonucu, Fusarium graminearum'un Sakarya orijinli iki ırkı arasında %76; F. graminearum (Sakarya ırkı) ve F. culmorum (Marmara ırkı) arasında ise %27 benzerlik olduğu belirlendi.
Özet (Çeviri)
In this study, genotyping of microorganisms by PCR applications based on different strategies was aimed. Bacteria and fungus species which cause diseases on economically important plants in our country were used as target organisms. These are the pathovars of Pseudomonas syringae which cause disease on bean, tomato and olive; and Fusarium graminearum and Fusarium culmorum strains which are disease agents of both barley and wheat. Pseudomonas syringae pv. savastanoi which cause disease on olive trees was isolated from branches with galls while the other strains were provided from researchers. Genotyping of the strains belong to these species were achieved by using specific primers to genes and primers of extragenic repetitive sequences (REP, ERIC and BOX). Genomic fingerprints which can distinguish each pathovars of Pseudomonas syringae which cause disease on bean, tomato and olive were obtained by amplification of BOX sequences. High polymorphism were observed between the isolates of Pseudomonas syringae pv. savastanoi originated from Orhangazi and Akhisar. Strains of Fusarium which are originated from our country were genotyped for the first time. Sufficient amounts of genomic fingerprints were obtained by polymerase chain reaction (PCR) for revealing the similarity/differences between these strains. As a result of the evaluation of data from each type of PCRs (REP, ERIC and BOX), similarity between two Fusarium graminearum strains originated from Sakarya was 76% while the similarity of F. graminearum (Sakarya strain) and F. culmorum (Marmara strain) was 27 % according to Jaccard similarity index.
Benzer Tezler
- Production of antibacterial biobased blends for biomedical use
Biyomedikal alanlarda kullanılmak üzere antibakteriyel özellikli biyobazlı harmanların eldesi
METE DERVİŞCEMALOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATOŞ YÜKSEL GÜVENİLİR
- Calendula officinalis, Echinacea purpurea ve Morus nigra ekstraktlarının bakteriyel balık patojenleri üzerine antibakteriyel etkileri
Antibacteriel effects of Calendula officinalis, Echinaceapurpurea and Morus nigra extracts on bacterial fishpathogens
YUSİF BABAYEV
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Su Ürünleriİzmir Katip Çelebi ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EZGİ DİNÇTÜRK
- Dondurulmuş parmak patates üretiminde haşlama işleminde bulunan gıda patojenlerinin farklı yöntemlerle dekontaminasyonu
Decontamination of foodborne pathogens by different methods during blanching process of frozen french fries
İSMAİL İŞÇİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Gıda MühendisliğiAbant İzzet Baysal ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İBRAHİM ÇAKIR
- Bitkisel yağ atığı kullanarak bazı mayaların biyosürfektan üretimlerinin ve antimikrobiyel özelliklerinin belirlenmesi
Determination of antimicrobial properties of biosurfactants obtained from certain yeasts using vegetable waste oil
ÖZGE AKGÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Gıda MühendisliğiÇukurova ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZERRİN ERGİNKAYA
- Biyouyumlu indikatör içeren, hızlı ve hassas kolorimetrik biyosensörlerin geliştirilmesi ve patojenlerin fenotipik tespitinde kullanılması
Development of fast and sensitive colorimetric biosensors containing biocompatible indicators and theiir use in the phenotypic detection of pathogens
ÇAĞLA ÇELİK