An Optimization approach to study the dynamics of cotranslational folding
Proteinlerin katlanma mekanızmasını anlamak için bir optimizasyon yaklaşımı
- Tez No: 180428
- Danışmanlar: PROF. DR. YAMAN ARKUN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 79
Özet
FormuÖğrencinin Adı : Şerife ŞentürkAna Bilim Dalı : Hesaplamalı Bilim ve Mühendislik (CMSE)Tez Başlığı : Proteinin katlanması mekanizmasını anlamak için biroptimizasyon yaklaşımıÖzetBu tezde, önceden geliştirilmiş olan bir optimizasyon modeli, protein zincirlerinin ribozomtarafından üretimi sırasında nasıl katlandığının anlaşılması için kullanılmıştır. Proteinlerribozomda üretilirken, zincirin oluşan kısmı ribozom tünelinde katlanmaya başlamaktadır veayrıca ribozomdan çıkan amino asitler kendi aralarında özelliklerine uygun şekillerebürünmektedir ve aynı zamanda zincirin geri kalan kısmının üretimi devam etmektedir. Buoptimizasyon modelinde, katlanma problemi fiziksel belirleyicilere ve dinamik modelhesaplamalarına uygun olarak, bir tür enerji şeklini minimize eden bir kontrol problemi olarakformule edilmiştir. Kullanılan optimizasyon modelinin büyüklüğü zincirin o anda kaç taneamino asitten oluştuğuna göre değişmektedir. Bu çalışmada, otuz altı amino asitten oluşan vehızlı katlandığı bilinen bir protein, chicken villin headpiece, üzerine çalışılmıştır. Model,proteinin değişik üretim hızlarında nasıl katlandığının anlaşılması için her amino asitindeğişik hızlarda daha önceden var olan zincire eklenmesi şeklinde kurgulandırılmıştır.Proteinin katlanma süreci, proteinin ikincil yapılarına bakılarak ilk aralık, orta aralık ve sonaralık olarak sınıflandırılmış ve bu aralıklar için zincirlerin katlanma mekanizması analizedilmiştir. Ayrıca, lokal olmayan etkileşmelerin proteinin katlanması üzerine olan önemlietkisi vurgulanmıştır.Danışman: Prof. Dr. Yaman Arkun Tarih: 02.11.06Enstitü Müdürü: Prof. Dr. Süleyman Özekici Tarih: 02.11.06
Özet (Çeviri)
FormName of the Student : Şerife ŞentürkProgram of Study : Computational Science and EngineeringThesis Title : An Optimization Approach To Study the Dynamics ofCo-translational FoldingAbstractAn optimization model is implemented to obtain the possible pathways for the folding ofthe protein chain as the protein folds in the exit tunnel of the ribosome during andfollowing its synthesis. In this model, the folding problem is formulated as an optimalcontrol problem in which a particular form of energy is minimized subject to the dynamicmodel predictions and physical constraints. It is assumed that the chain grows and foldsat the same time while it is still being synthesized. The optimization models changeaccording to the length of the partial chain. The co-translational folding dynamics of afast-folding protein, chicken villin headpiece protein, is simulated. The model isimplemented using different growth rates for the protein to fold and the results for thedifferent growth rates are compared. The folding dynamics is analyzed as a processcomposed of early stage, intermediate stage and late stage according to the secondarystructure property of chicken villin protein. Also, the important role of long-range contactpairs is presented and the input variables are analyzed.Advisor: Prof. Dr. Yaman Arkun Date: 02.11.06Director: Prof. Dr. Süleyman Özekici Date: 02.11.06
Benzer Tezler
- Dynamic analysis and design optimization of a vehicle suspension system
Araç süspansiyon sistemlerinin dinamik incelenmesi ve tasarım iyileştirilmesi
EMRE ÖLÇEROĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
Makine MühendisliğiKoç ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. İPEK BAŞDOĞAN
- Dynamic model-based path planning optimization and control for USV in inland waterways
İç su yollarında kullanılan İDA'lar için dinamik model tabanlı yol planlama optimizasyonu ve kontrolü
FERHAN BÜYÜKÇOLAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Mekatronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖKHAN TANSEL TAYYAR
- The effect of investor sentiment on non-ferrous metals contracts at LME and optimizing a metals commodity portfolio
LME'de işlem gören endüstriyel metal sözleşmelerinde yatırımcı duygusu etkisi ve metal emtia portföyü optimizasyonu
EKİN AÇIKGÖZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Ekonometriİstanbul Teknik Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OKTAY TAŞ
- Thermal and mechanical performance of cementitious PCM composites
Çimentolu FDM kompozitlerinin ısıl ve mekanik performansları
ERMAN YİĞİT TUNCEL
Doktora
İngilizce
2020
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEKİR YILMAZ PEKMEZCİ
- Stability analysis of multiple time-delay systems and design of time-delay filters
Çoklu zaman gecikmeli sistemlerin kararlılık analizi ve gecikme tabanlı filtre tasarımı
BARAN ALİKOÇ
Doktora
İngilizce
2017
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiKontrol ve Otomasyon Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALİ FUAT ERGENÇ