Geri Dön

An Optimization approach to study the dynamics of cotranslational folding

Proteinlerin katlanma mekanızmasını anlamak için bir optimizasyon yaklaşımı

  1. Tez No: 180428
  2. Yazar: ŞERİFE ŞENTÜRK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. YAMAN ARKUN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2006
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 79

Özet

FormuÖğrencinin Adı : Şerife ŞentürkAna Bilim Dalı : Hesaplamalı Bilim ve Mühendislik (CMSE)Tez Başlığı : Proteinin katlanması mekanizmasını anlamak için biroptimizasyon yaklaşımıÖzetBu tezde, önceden geliştirilmiş olan bir optimizasyon modeli, protein zincirlerinin ribozomtarafından üretimi sırasında nasıl katlandığının anlaşılması için kullanılmıştır. Proteinlerribozomda üretilirken, zincirin oluşan kısmı ribozom tünelinde katlanmaya başlamaktadır veayrıca ribozomdan çıkan amino asitler kendi aralarında özelliklerine uygun şekillerebürünmektedir ve aynı zamanda zincirin geri kalan kısmının üretimi devam etmektedir. Buoptimizasyon modelinde, katlanma problemi fiziksel belirleyicilere ve dinamik modelhesaplamalarına uygun olarak, bir tür enerji şeklini minimize eden bir kontrol problemi olarakformule edilmiştir. Kullanılan optimizasyon modelinin büyüklüğü zincirin o anda kaç taneamino asitten oluştuğuna göre değişmektedir. Bu çalışmada, otuz altı amino asitten oluşan vehızlı katlandığı bilinen bir protein, chicken villin headpiece, üzerine çalışılmıştır. Model,proteinin değişik üretim hızlarında nasıl katlandığının anlaşılması için her amino asitindeğişik hızlarda daha önceden var olan zincire eklenmesi şeklinde kurgulandırılmıştır.Proteinin katlanma süreci, proteinin ikincil yapılarına bakılarak ilk aralık, orta aralık ve sonaralık olarak sınıflandırılmış ve bu aralıklar için zincirlerin katlanma mekanizması analizedilmiştir. Ayrıca, lokal olmayan etkileşmelerin proteinin katlanması üzerine olan önemlietkisi vurgulanmıştır.Danışman: Prof. Dr. Yaman Arkun Tarih: 02.11.06Enstitü Müdürü: Prof. Dr. Süleyman Özekici Tarih: 02.11.06

Özet (Çeviri)

FormName of the Student : Şerife ŞentürkProgram of Study : Computational Science and EngineeringThesis Title : An Optimization Approach To Study the Dynamics ofCo-translational FoldingAbstractAn optimization model is implemented to obtain the possible pathways for the folding ofthe protein chain as the protein folds in the exit tunnel of the ribosome during andfollowing its synthesis. In this model, the folding problem is formulated as an optimalcontrol problem in which a particular form of energy is minimized subject to the dynamicmodel predictions and physical constraints. It is assumed that the chain grows and foldsat the same time while it is still being synthesized. The optimization models changeaccording to the length of the partial chain. The co-translational folding dynamics of afast-folding protein, chicken villin headpiece protein, is simulated. The model isimplemented using different growth rates for the protein to fold and the results for thedifferent growth rates are compared. The folding dynamics is analyzed as a processcomposed of early stage, intermediate stage and late stage according to the secondarystructure property of chicken villin protein. Also, the important role of long-range contactpairs is presented and the input variables are analyzed.Advisor: Prof. Dr. Yaman Arkun Date: 02.11.06Director: Prof. Dr. Süleyman Özekici Date: 02.11.06

Benzer Tezler

  1. Dynamic analysis and design optimization of a vehicle suspension system

    Araç süspansiyon sistemlerinin dinamik incelenmesi ve tasarım iyileştirilmesi

    EMRE ÖLÇEROĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Makine MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. İPEK BAŞDOĞAN

  2. Dynamic model-based path planning optimization and control for USV in inland waterways

    İç su yollarında kullanılan İDA'lar için dinamik model tabanlı yol planlama optimizasyonu ve kontrolü

    FERHAN BÜYÜKÇOLAK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Mekatronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÖKHAN TANSEL TAYYAR

  3. The effect of investor sentiment on non-ferrous metals contracts at LME and optimizing a metals commodity portfolio

    LME'de işlem gören endüstriyel metal sözleşmelerinde yatırımcı duygusu etkisi ve metal emtia portföyü optimizasyonu

    EKİN AÇIKGÖZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Ekonometriİstanbul Teknik Üniversitesi

    İşletme Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OKTAY TAŞ

  4. Thermal and mechanical performance of cementitious PCM composites

    Çimentolu FDM kompozitlerinin ısıl ve mekanik performansları

    ERMAN YİĞİT TUNCEL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BEKİR YILMAZ PEKMEZCİ

  5. Stability analysis of multiple time-delay systems and design of time-delay filters

    Çoklu zaman gecikmeli sistemlerin kararlılık analizi ve gecikme tabanlı filtre tasarımı

    BARAN ALİKOÇ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kontrol ve Otomasyon Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ALİ FUAT ERGENÇ