Geri Dön

In vivo and in vitro analyses of mrna expression of robo2 in zebrafish in the context of pi3k/akt/tor pathway

Zebrabalığında robo2'nin pi3k/akt/tor yoluyla ilişkili olarak ın vıvo ve ın vıtro ıfade analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 180609
  2. Yazar: ERTUĞRUL DALKIÇ
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ÖZLEN KONU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2006
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 93

Özet

Robo2 sinir sisteminin önemli bir akson rehberliği reseptörüdür. Slit reseptörüolan bu protein, aksonların büyüme bölgelerinde itici bir görev üstlenir. Bununyanında, normal hücre göçünde de rolü olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada,zebrabalığında robo2 geninin yeni bir izoformu (robo2_tv2) bulunmuştur. Bu izoformalternatif olarak normalde kullanılmayan bir korunmuş alternatif egzonu (CAE)içermektedir. Robo2_tv2 farklı şekillerde sinirsel olmayan hücrelerde ifade edilirken,robo2_tv1 ifadesi göz ve beyin gibi sinirsel hücrelerle sınırlıdır. Bulgularımız CAE yedenk düşen amino asit sekansının zebrabalığı ve memeliler arasında önemli ölçüdekorunduğunu göstermiştir. Ayrıca CAE amino asit sekansının robo1 ve robo4'te dekorunduğunu bulduk. Zebrabalığının yanında sıçanda yaptığımız çalışmalar daalternatif CAE kullanımının değişik erişkin hayvan dokularında korunduğunugösterdi. Bu sonuçlar, alternatif robo2 izoformlarının dokulara özel olarak kullanımınıönermektedir.Bunun yanında, robo2 geninin PI3K/AKT/TOR yolağı üyeleriyle olası biryakınlığı deneysel ve bilgisayar destekli çalışmalar sonucu gösterilmiştir. Mathavan etal. (2005) mikroarray çalışmasının biyoinformatik analizi Robo2 nin PI3K/AKT/TORyolağı üyeleriyle ilişkili olduğunu gösterdi. Bu genler arasında Rheb, Gsk3alpha,PP2A ve birçok Wnt sinyal yolağı üyesi yer aldı. Stuart el al. (2003) korunmuşbirlikte ifade ağı analizi Robo2 ve Tor u indirekt komşu olarak gösterdi. Pik3r2, Akt2,Gsk3b genleri sekans ve ifade olarak analiz edildi ve zebrabalığında korunduğugösterildi. Rapamycin verilmesi ve serum değerinin değiştirilmesi sonrasında builginilen genlerin ifadeleri RT-PCR ve real-time RT-PCR metodlarıyla analiz edildive bu genlerin bahsi geçen koşullarda transkript olarak değişik ifadelerdebulunabileceği gösterildi ancak bu deneylerdeki örnek sayısı istatiksel olarak geçerlibir sonuca varmak için yeterli olmamıştır.Gelecek çalışmalarda, alternatif CAE kullanımının fonksiyonel ilişkisiçalışılacaktır. Değişik robo2 izoformlarının değişik kondisyonlardaki davranışı kanserde dahil olmak üzere çalışılacaktır.

Özet (Çeviri)

Robo2 is an axon guidance receptor, well-known for its repulsive role in thenervous system. In addition, Robo2 might regulate cell migration both duringembryogenesis or in adulthood. In this study, a novel isoform of the zebrafish robo2(robo2_tv2), which included an otherwise alternatively spliced exon (CAE), has beencharacterized. Robo2_tv2 was expressed differentially in most non-neuronal tissues ofadult zebrafish whereas Robo2_tv1 expression to a great extent was restricted to thebrain and eye. Our findings demonstrated that the amino acid sequence coded by CAEof the Robo2 gene was highly conserved between zebrafish and mammals, and alsocontained conserved motifs shared with Robo1 and Robo4 but not with Robo3.Furthermore, we provided an account of differential transcription of the CAEhomolog in various tissues of the adult rat. These results has suggested that thealternatively spliced Robo2 isoforms may exhibit tissue specificity.In addition, we investigated the transcriptional neighbors of Robo2 based oncomputational and experimental methods. Bioinformatics analysis of a publishedzebrafish microarray data by Mathavan et al. (2005) demonstrated that Robo2expression might be correlated with a number of genes involved in thePI3K/AKT/GSK3B/TOR signaling; these genes included Rheb, Gsk3alpha, PP2A,and several Wnt signaling members. Analysis of a conserved coexpression network(Stuart et al. 2003) also placed Robo2 and Tor as indirect neighbors. Accordingly,several PI3K/AKT/GS3B/TOR signaling members, namely, Pik3r2, Akt2, Gsk3bwere characterized in terms of their sequence conservation and tissue-specificexpressions for the first time in zebrafish. Phylogenetic analysis has shown that thesegenes were moderately to highly conserved among different vertebrate taxa. RT-PCRand real-time RT-PCR analyses in various adult tissues and under specific growth-regulatory conditions (e.g., TOR inhibition, and serum starvation) suggested that Tor,Pi3kr2, Akt2 and Gsk3b mRNA might be regulated at the transcriptional level.However, these preliminary findings need to be further confirmed by using multipleindependent experiments due to high variability and small fold changes thatcharacterized the expression levels.Future studies are planned to identify functional relevance for the alternativeusage of CAE and determine how different isoforms respond to conditions thatmodulate cell growth/proliferation pathways involved in cellular stress conditionsincluding cancer.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    651306

    Günlük hayatta sıklıkla kullanılan fitalatların metabolitleri mono etil hekzil fitalat ((MEHP) ve mono bütil fitalatın (MBP) olası etkilerinin ın vivo ve in vitro yöntemlerle araştırılması

    Investigation with in vivo and in vitro methods for possible effects of mono ethyl hexyl phthalate and mono butyl phthalate that are phthalate metabolites frequently used in daily life

    GÖZDE KARABULUT

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURHAYAT BARLAS

  2. Tez No

    387801

    Osteokalsin ve osteonektin mRNA gen ekspresyonu düzeyi incelenerek, mineral trioksit agregat ve portland siman'ın diş dentin rejenerasyonu üzerine etkilerinin karşılaştırılması

    Comparison of the dentin regeneration properties of mineral trioxide aggragate (MTA) and portland cement (PC) with assessing osteocalcin and osteonectin mRNA expression rates

    ZEYNEP ÖNCEL TORUN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Diş HekimliğiGATA

    Restoratif Diş Tedavisi ve Endodonti Ana Bilim Dalı

    PROF. YAŞAR MERİÇ TUNCA

  3. Tez No

    810193

    Prostat kanserinde rol oynayan potansiyel mrna:mirna:lncrna' ların etkileşim ağının biyoinformatik analizler ile belirlenmesi

    Identification of potential mrnas:mirnas:lncrnas network involved in prostate cancer by bioinformatics analysis

    ÇAĞDAŞ AKTAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Bilim ve TeknolojiEge Üniversitesi

    Sağlık Biyoinformatiği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BUKET KOSOVA

  4. Tez No

    805133

    Larinks kanserinde kras-3'UTR-LCS6 varyantı (RS61764370) ile ıl-6/JAK2/STAT3 sinyal yolağı arasındaki ilişkisinin incelenmesi

    Investigation of the relationship between kras-3'UTR-LCS6 variant (RS61764370) and il-6/JAK2/stat3 signaling pathway in laryngeal carcinoma

    MUHAMMED BURAK KAPLAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    GenetikSelçuk Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TÜLÜN ÇORA

  5. Tez No

    808949

    Investigation of NFİB function and regulation of its putative target genes in human neural stem cell and SH-SY5Y neuroblastoma cell lines

    İnsan sinir kök hücre ve SH-SY5Y nöroblastom hücre hatlarında NFIB işlevinin ve potansiyel hedef genlerinin regülasyonunun incelenmesi

    BETÜL ULUCA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI KUMBASAR

Geri Dön