Gene expression profiling of hedgehog pathway genes in epithelial cancers
Epitel kanserlerde hedgehog yolağı genlerinin gen ifade profili
- Tez No: 180645
- Danışmanlar: DOÇ. DR. IŞIK YULUĞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Hedgehog (Hh) sinyal yolu birçok kanser tipinde incelenmiş ve önemli etkileri olduğugösterilmiştir ama meme, kolon ve karaciğer kanserlerinde kapsamlı olarakçalışılmamıştır. Bu çalışmada BCL2, SHH, SMO, IHH, PTCH1, GLI1, GLI2 ve GLI3 genifadesi profili 15 meme, 14 kolon ve 15 hepatoselüler karsinom (HSK) hücre hattında, 29primer meme tümörü örneğinde ve 3 eşleştirilmiş normal doku örneği havuzunda nicelgerçek zamanlı RT-PCR ile analiz edilmiştir. Meme hücresi hatlarının Hh yolundakihedef gen ifadesi düzeyi farklıdır ve bu yol sadece bazı meme karsinomu hücre hatlarındamuhtemelen liganddan bağımsız bir yolla aktive edilir. Çalışılan tüm meme kanserihatlarında PTCH1, SMO, GLI3 ve BCL2 ifadesi yüksek bulunmuştur. Hedef genlerinifade profilleri çalışılan meme hücresi hatlarının %93'ünde estrojen reseptörü durumunudoğru tahmin etmiştir. HSK hücre hatlarında Hh yolu gen ifadesi profili iyifarklılaşmamış HSK hücre hatlarını iyi farklılaşmış olanlardan Ayırdedici FonksiyonAnalizi (DFA) kullanıldığında kusursuz olarak ayırmıştır. Yüksek SMO ve IHHifadelerinin iyi farklılaşmış HSK hücre hatlarında normal dışı Hh yolu aktivitesi içinbelirteçler olduğu bulunmuştur. Kolon kanseri hücre hatlarında bazı genler içindüzenlemesi bozulmuş ifade profili gözlenmiştir. Primer meme tümörü örneklerindeörneklerin ER durumunun öngörülmesi ile bu çalışmaya dahil edilen genlerin ifadesiarasında çok kuvvetli bir ilişki bulunmuştur.Bu çalışma kanser hücre hatları ve meme kanseri doku örneklerinde Hh yolunun anahedef genlerinin transkripsiyonel gen ifadesi profillerini gösteren ilk kapsamlı çalışmadır.
Özet (Çeviri)
The Hedgehog (Hh) pathway has been investigated in many cancer types and shown tohave important effects, but not effectively studied in breast, colon and liver cancers. Inthis study, gene expression profile of Hh pathway was analyzed in breast, colon, andhepatocellular carcinoma (HCC) cell lines and primary breast tumor samples byquantitative real-time RT-PCR. Breast cell lines have different levels of target geneexpression in the Hh pathway, such that this pathway is activated only in some of the celllines possibly through a ligand-independent pathway. In the breast cancer cell lines,PTCH1, SMO, GLI3 and BCl2 had high expression. Expression profiles predictedestrogen receptor status correctly in 93% of the cell lines. Hh pathway gene expressionprofile differentiates poorly differentiated HCC cell lines from well differentiated ones inDiscriminant Function Analysis (DFA) perfectly. High SMO and IHH expressions havebeen found to be markers for aberrant Hh pathway activity in the well differentiated HCCcell lines. In colon cancer cell lines deregulated expression profile among the genes wereobserved. In primary breast tumor samples, there was a very strong prediction for ERstatus of the samples. This is the first comprehensive study that shows the geneexpression profiles of the main target genes of the Hh pathway in cancer cell lines andbreast cancer tissue samples.
Benzer Tezler
- ECM-guided ıntegrative network modeling for patient stratification
ECM yönlendirmeli entegre ağ modellemesiyle hasta siniflandirmasi
ASLI DANSIK
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyolojiKoç ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURCAN TUNÇBAĞ
DR. ÖĞR. ÜYESİ ECE ÖZTÜRK
- Glioblastoma multiforme ve glioblastoma multiforme kanser kök hücreleri ile astrosit ko-kültürlerinde, siklopamin inhibisyonu ile sonıc hedgehog sinyal yolağı ve ilişkili mekanizmalarda karşılıklı bağlantıların moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of sonic hedgehog signaling pathway with cylopamin inhibition and relationship between related mechanisms with molecular methods on glioblastoma multiforme and glioblastoma multiforme cancer stem cells and astrocyte co-cultures
DUYGU KOCATÜRK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Histoloji ve EmbriyolojiEge ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞEGÜL UYSAL
- Dietilnitrozaminle karaciğer hasarı oluşturulan ratlardaembelin'in etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of embelin on diethylnitrosamine-induced liver damage in rats
AYDIN AKCILAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
PatolojiAfyon Kocatepe ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİKMET KELEŞ
- PTCH1 geninde meydana gelen epigenetik değişimlerin mide kanserli olgularda incelenmesi
Epigenetic analysis of PTCH1 gene in the patients with gastric cancer
ERCE MATPAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiBezm-İ Alem Vakıf ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. BİRSEN ELİBOL
PROF. DR. ADEM AKÇAKAYA
- Targeting circulating breast cancer stem cells via mTOR and WNT inhibitors after bone metastasis
Sirküle meme kanseri kök hücrelerinin kemik metastazı sonrası mTOR ve WNT inhibitörleri ile hedeflenmesi̇
ÖZLEM ALTUNDAĞ ERDOĞAN
Doktora
İngilizce
2025
BiyokimyaHacettepe ÜniversitesiKök Hücre Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BETÜL ÇELEBİ SALTIK