Nonlinear oscillations of proteins
Proteinlerde lineer olmayan salınımlar
- Tez No: 181219
- Danışmanlar: PROF. DR. TEOMAN TURGUT, PROF. DR. PEMRA DORUKER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 71
Özet
Proteinlerdeki kollektif salınım hareketleri lineer olmayan üzellikler güstero omektedir. Proteinlerdeki büyük deformasyonlar aynı zamanda kollektif de-uuformasyonlardır. Bu deformasyonlar oda sıcaklığı enerjisi kB Toda 'ye güreg odaha düşuk enerjidedirler. Dolayısı ile proteinlerdeki yavaş salınımlar Klasikusü sMekaniksel metodlar yardımı ile incelenebilir. Bu şalışmamızda lineer ol-csmayan etkilerin sistemin kollektif frekansları uzerindeki etkilerinin büyüklüğuü u u ugünü gürebilmek işin Hamilton-Jakobi Perturbasyon metodu yardımı ile kollek-uo ctif frekanslar işin genel bir ifade bulmaya şalıştık. Sonuşta kollektif frekanslarınc cs ssistemin harmonik frekanslarından (A/Rij )2 ile değiştiğini gürdük. Burada0gs g ou0A dengeden uzaklaşıldığında bu iki rezüdü şifti arasindaki mesafeyi, Rij isesg u usiki rezüdü arasındaki denge uzaklığı güstermektedir.uu go1
Özet (Çeviri)
Slow modes of proteins exhibit nonlinear characteristics. Large deformationsin proteins correspond to collective deformations. These are at relatively lowenergy compared to kB Troom where Troom is approximately 3000 K. Thereforethe dynamics of slow modes can be understood through Classical Mechanicalmethods. In this work, we investigate the collective frequencies of proteins tosee how big the eï¬ects of the nonlinearity on the collective modes of proteins.To do this, we take advantage of Canonical Perturbation Theory. We see thatslow mode frequencies deviate from normal frequencies by (A/Rij )2 where A00is a typical residue ï¬uctuation from its equilibrium position and Rij is thedistance between residue pairs at an equilibrium state.1
Benzer Tezler
- Tahin-pekmez karışımlarının doğrusal olmayan reolojik davranışlarının incelenmesi
Investigation of nonlinear rheological behaviors of tahini-molasses mixtures
GÜLAY AKKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİLİZ ALTAY
- İki serbestlikli sistemlerin lineer olmayan titreşimleri
Nonlinear oscillations of two-degree freedom systems
M.YAŞAR ERTEMEL
- Nonlinear vibration analysis of a parametrically excited rectangular metallic plate
Parametrik olarak tahrik edilen metalik dikdörtgen plağın lineer olmayan titreşim analizi
N.MUSTAFA ÜSTERTUNA
Yüksek Lisans
İngilizce
1998
Makine MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNAY ANLAŞ
- Investigation of nonlinear oscillations in the gas discharge-semiconductor system: Effect of different fluid modelling approaches
Gaz boşaltımı-yarı iletken sistemlerde lineer olmayan salınımların araştırılması: Farklı akışkan modellerin etkisi
CİHAN YEŞİL
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Fizik ve Fizik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İSMAİL RAFATOV
- Sıçan uterus düz kasının spontan ativitesinin nonlineer analizi
Nonlinear analysis of the spontaneous activity of the rat uterus smooth muscle
BİLGE GÜVENÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
BiyofizikHacettepe ÜniversitesiBiyofizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NECLA ÖZTÜRK
YRD. DOÇ. DR. SUHA YAĞCIOĞLU