Nonlinear oscillations of proteins
Proteinlerde lineer olmayan salınımlar
- Tez No: 181219
- Danışmanlar: PROF. DR. TEOMAN TURGUT, PROF. DR. PEMRA DORUKER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Proteinlerdeki kollektif salınım hareketleri lineer olmayan üzellikler güstero omektedir. Proteinlerdeki büyük deformasyonlar aynı zamanda kollektif de-uuformasyonlardır. Bu deformasyonlar oda sıcaklığı enerjisi kB Toda 'ye güreg odaha düşuk enerjidedirler. Dolayısı ile proteinlerdeki yavaş salınımlar Klasikusü sMekaniksel metodlar yardımı ile incelenebilir. Bu şalışmamızda lineer ol-csmayan etkilerin sistemin kollektif frekansları uzerindeki etkilerinin büyüklüğuü u u ugünü gürebilmek işin Hamilton-Jakobi Perturbasyon metodu yardımı ile kollek-uo ctif frekanslar işin genel bir ifade bulmaya şalıştık. Sonuşta kollektif frekanslarınc cs ssistemin harmonik frekanslarından (A/Rij )2 ile değiştiğini gürdük. Burada0gs g ou0A dengeden uzaklaşıldığında bu iki rezüdü şifti arasindaki mesafeyi, Rij isesg u usiki rezüdü arasındaki denge uzaklığı güstermektedir.uu go1
Özet (Çeviri)
Slow modes of proteins exhibit nonlinear characteristics. Large deformationsin proteins correspond to collective deformations. These are at relatively lowenergy compared to kB Troom where Troom is approximately 3000 K. Thereforethe dynamics of slow modes can be understood through Classical Mechanicalmethods. In this work, we investigate the collective frequencies of proteins tosee how big the eï¬ects of the nonlinearity on the collective modes of proteins.To do this, we take advantage of Canonical Perturbation Theory. We see thatslow mode frequencies deviate from normal frequencies by (A/Rij )2 where A00is a typical residue ï¬uctuation from its equilibrium position and Rij is thedistance between residue pairs at an equilibrium state.1
Benzer Tezler
- Tahin-pekmez karışımlarının doğrusal olmayan reolojik davranışlarının incelenmesi
Investigation of nonlinear rheological behaviors of tahini-molasses mixtures
GÜLAY AKKAYA
- Lizozim tayini için moleküler baskılı grafen oksit bazlı yüzey plazmon rezonans biyosensörü
Molecular imprinted graphene oxide-based surface plasmon resonance biosensor for lysozyme sensing
SEÇKİN KILIÇ
- Yumurta bileşenlerinin kek hamuru reolojisine ve kek tekstürüne etkilerinin incelenmesi
Investigation of the effect of egg components on cake batter rheology and cake texture
BATUHAN İNANLAR
- Metamalzeme tabanlı plazmonik nanoanten dizi tasarımları ile biyo-algılama ve savunma sistemlerine yönelik uygulamalar
Design of metamaterial-based plasmonic nanoantenna arrays for applications in bio-sensing and defense systems
AHMET MURAT ERTURAN
Doktora
Türkçe
2024
Konya Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Farklı kültür hücrelerinde agonist uyarımı ile oluşan kalsiyum salınımının ileri yöntemlerle incelenmesi
Investigation of agonist induced calcium release with advanced methods in different cell lines
FİGEN ÇİÇEK