Geri Dön

Nonlinear oscillations of proteins

Proteinlerde lineer olmayan salınımlar

  1. Tez No: 181219
  2. Yazar: VEYSİ DEMİR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. TEOMAN TURGUT, PROF. DR. PEMRA DORUKER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2006
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 71

Özet

Proteinlerdeki kollektif salınım hareketleri lineer olmayan üzellikler güstero omektedir. Proteinlerdeki büyük deformasyonlar aynı zamanda kollektif de-uuformasyonlardır. Bu deformasyonlar oda sıcaklığı enerjisi kB Toda 'ye güreg odaha düşuk enerjidedirler. Dolayısı ile proteinlerdeki yavaş salınımlar Klasikusü sMekaniksel metodlar yardımı ile incelenebilir. Bu şalışmamızda lineer ol-csmayan etkilerin sistemin kollektif frekansları uzerindeki etkilerinin büyüklüğuü u u ugünü gürebilmek işin Hamilton-Jakobi Perturbasyon metodu yardımı ile kollek-uo ctif frekanslar işin genel bir ifade bulmaya şalıştık. Sonuşta kollektif frekanslarınc cs ssistemin harmonik frekanslarından (A/Rij )2 ile değiştiğini gürdük. Burada0gs g ou0A dengeden uzaklaşıldığında bu iki rezüdü şifti arasindaki mesafeyi, Rij isesg u usiki rezüdü arasındaki denge uzaklığı güstermektedir.uu go1

Özet (Çeviri)

Slow modes of proteins exhibit nonlinear characteristics. Large deformationsin proteins correspond to collective deformations. These are at relatively lowenergy compared to kB Troom where Troom is approximately 3000 K. Thereforethe dynamics of slow modes can be understood through Classical Mechanicalmethods. In this work, we investigate the collective frequencies of proteins tosee how big the effects of the nonlinearity on the collective modes of proteins.To do this, we take advantage of Canonical Perturbation Theory. We see thatslow mode frequencies deviate from normal frequencies by (A/Rij )2 where A00is a typical residue fluctuation from its equilibrium position and Rij is thedistance between residue pairs at an equilibrium state.1

Benzer Tezler

  1. Tahin-pekmez karışımlarının doğrusal olmayan reolojik davranışlarının incelenmesi

    Investigation of nonlinear rheological behaviors of tahini-molasses mixtures

    GÜLAY AKKAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FİLİZ ALTAY

  2. İki serbestlikli sistemlerin lineer olmayan titreşimleri

    Nonlinear oscillations of two-degree freedom systems

    M.YAŞAR ERTEMEL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1992

    İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF. DR. HASAN ENGİN

  3. Nonlinear vibration analysis of a parametrically excited rectangular metallic plate

    Parametrik olarak tahrik edilen metalik dikdörtgen plağın lineer olmayan titreşim analizi

    N.MUSTAFA ÜSTERTUNA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1998

    Makine MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÜNAY ANLAŞ

  4. Investigation of nonlinear oscillations in the gas discharge-semiconductor system: Effect of different fluid modelling approaches

    Gaz boşaltımı-yarı iletken sistemlerde lineer olmayan salınımların araştırılması: Farklı akışkan modellerin etkisi

    CİHAN YEŞİL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Fizik ve Fizik MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İSMAİL RAFATOV

  5. Sıçan uterus düz kasının spontan ativitesinin nonlineer analizi

    Nonlinear analysis of the spontaneous activity of the rat uterus smooth muscle

    BİLGE GÜVENÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    BiyofizikHacettepe Üniversitesi

    Biyofizik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NECLA ÖZTÜRK

    YRD. DOÇ. DR. SUHA YAĞCIOĞLU