Prism : a system for the query, visualization and analysis of protein interfaces and their networks
Prısm : protein arayüzlerinin sorgulanması, incelenmesi, ve görselleştirilmesi için bir sistem
- Tez No: 182091
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ATTİLA GÜRSOY, YRD. DOÇ. DR. ÖZLEM KESKİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 122
Özet
Hücrede meydana gelen bir çok biyolojik süreçte, proteinler arasındaki karmaşık etkileşim ağlarıgözlemlenir. Hesaplamalı biyolojinin en büyük hedefi, hücre denen bu son derece karışık yapıdakimekanizmanın bilgisayar ortamında benzetimi olarak özetlemek mümkündür. Bu bağlamda, proteinlerarasında atom seviyesinde meydana gelen etkileşimler, biyolojik ağların yapıtaşlarıdır. Günümüzde,bir çok deneysel ve işlemsel yöntem yaygın bir şekilde kullanılarak protein etkileşim verisi eldeedilmektedir. Ancak, önemli bir etkileşim veri kaynağı olan protein bileşikleri çoğu zaman göz ardıedilir. Bu tezde, protein bileşiklerinden elde edilmiş arayüzlerin sorgulanması, incelenmesi, vegörselleştirilmesi için geliştirmiş olduğumuz yazılımsal sistem (PRISM) ve onun sonuçlarısunulmuştur. Protein arayüz verikümesi ve onlara benzer proteinlerin listesini kullanarak, tüm ilgilibilgiler bir ilişkisel veritabanında saklanmıştır. Veritabanının içeriği Internet sayfamız aracılığıylakullanıma sunulmuştur. Sitemizin tasarımında protein arayüzlerinin araştırılmasında kullanılabilecekçevrimiçi araçlara yer verilmiştir. İkili benzerlik verisi kullanılarak bir etkileşim haritası çıkartılıp,buna ilaveten, etkileşim verisinin görselleştirilmesi ve grafiksel ortamda araştırılmasına yönelik biraraç geliştirilmiştir. Veritabanımızdaki mevcut bilgiler, protein arayüzleri hakkında biyolojik açıdananlamlı bazı çıkarımlarda ve protein etkileşim verisi üzerinde grafik kuramı tabanlı incelemelerdebulunmada kullanılmıştır.
Özet (Çeviri)
Many biological processes in the cell are carried out by a complex network of interactions amongnumerous proteins. The ultimate goal of computational biology would be to simulate this extremelycomplex machinery called the cell, using in silico methods. In that sense, binary interactions occurringat the atomic level between individual proteins are the building blocks of biological networks. Today,there are many experimental and computational methods used extensively for the generation of proteininteraction data. However, one important source of interactions is often overlooked: proteincomplexes. Here, we present PRISM, our software system used for the query, visualization andanalysis of protein interfaces obtained from protein complexes of known structures. Starting with thedataset of protein interfaces and a list of similar proteins to those interfaces, all relevant informationabout them are collected in a relational database. The content of the database is made availablethrough our website. The design of the website also incorporates additional on-line tools used for thepurpose of exploring protein interfaces. An interaction map is generated using the pairwise similaritydata. In addition, a graphical tool is developed which can be used for the visualization and explorationof interaction data. We have used the data stored in our database to extract some biologically relevantinferences about protein interfaces, and to perform a graph theoretic analysis of protein interactionnetworks.
Benzer Tezler
- İstanbul-Paşaköy-B.Bakkalköy arası enerji nakil hattı kamulaştırma bilgi sistemi pilot çalışması
Başlık çevirisi yok
NURAY BAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiJeodezi ve Fotogrametri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GONCA COŞKUN
- Türk popülasyonunda 10 STR lokusunun allel frekanslarının SGM plus ile belirlenmesi ve bunların adli vakalarda değerlendirilmesi
Allele frequencies analysis by SGM-plus for 10 STR loci in the Turkish population and their forensic evaluation
ABDÜLMUTTALİP ÖZKORKMAZ
- Strong and weak light-matter interactions in plasmonic and optical cavities
Plazmonik ve optik kavitelerde güçlü ve zayıf ışık madde etkileşimleri
NAHİT POLAT
Doktora
İngilizce
2023
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüFotonik Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SİNAN BALCI
- Yaşam ve mekanlardaki geçişler
Başlık çevirisi yok
İREM MOLLAAHMETOĞLU FALAY
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERHAN YÜREKLİ
- Risley prizmalı elektro optik görüntüleme sistemin dinamik modellenmesi ve kontrolü
Dynamic modelling and control of electro optical imaging system with risley prism
MAHMUT SAMİ GÜÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Mühendislik BilimleriSelçuk ÜniversitesiMekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALİ YAŞAR