Investigation of noncovalent protein-protein interactions by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry
Kovalent olmayan protein-protein etkileşimlerinin matriks yardımlı-laser desorpsiyon iyonlaşmalı kütle spektrometresi ile incelenmesi
- Tez No: 185632
- Danışmanlar: PROF. DR. BEKİR SALİH
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Protein, protein-protein etkileşimi, MALDI-MS, Aβ 1-42 peptidi, antibadi, şiddet sönmesi, kapiler elektroforez, Protein, Protein-protein interaction, MALDI-MS, Aβ 1-42, Antibody, Intensity fading, Capillary electrophoresis
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 157
Özet
Matrix Hazırlamalı Lazer Desorpsiyon yonlaşmalı Kütle Spektrometresi gittikçegelişen ve protein peptit analizlerini de içeren farklı alanlarda kullanılan analitik birtekniktir. Burada sunulan çalışma farklı protein-protein etkileşimlerinin MALDI-MSile analizi için tasarlanmış ve uygulanmıştır. Örneklerin örnek hazırlama veiyonlaşma sırasında kararlı kaldıkları deneysel şartlar bulunmuştur. Aβ 1-42peptidi ve Aβ 1-42 antibadisi arasındaki kovalent olmayan etkileşim çalışılmıştır.Aβ 1-40 antibadisi bağlanmanın özgüllüğünü deneme amacıyla negatif kontrololarak kullanılmıştır. Aβ 1-42 peptidi trypsin ile parçalanmış ve parçalanma ürünleriAβ 1-40 ve Aβ 1-42 antibadileri ile ayrı ayrı etkileştirilmiştir. Aβ 1-40 peptidifibrilleştirilmiş ve TFA ve 1-40 antibadisi fibril bozucu etkisi kapiler elektroforez veMALDI-MS ile incelenmiştir. Çalışmanın ikinci kısmında sığır serum albumini veAβ 1-42 peptidi arasındaki etkileşim farklı çalışma derişimlerinde MALDI-MS ileincelenmiştir. Kapiler elektroforez MALDI deneylerine paralel bir şekildeyürütülmüştür. Şiddet sönümü metodu bağlanmanın derecesini tayin içinuygulanmıştır. Protein A-IgG etkileşimi şiddet sönümü yönteminin protein-proteinetkileşimlerinde uygulanabilirliğini test için çalışılmıştır. Son olarak çok karmaşıkve çok altbirimli bir enzim olan sitokrom C oksidaz enzimi MALDI-MS ve KapilerElektroforez ile incelenmiştir.
Özet (Çeviri)
Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Mass spectrometry (MALDI-MS) is avery important and rapidly evolving analytical tool that is used in many differentareas, including biomolecule interaction analysis. The work described herein wasdevised and implemented using MALDI-MS to investigate different types protein-protein interactions. Experimental conditions have been found in which specificnoncovalent interactions in solution are maintained throughout the samplepreparation and ionization process. Noncovalent interaction between Aβ 1-42peptide and Aβ 1-42 peptide is studied. Aβ 1-42 peptide and Aβ 1-40 antibody wasused as negative control to determine the specificity. Aβ 1-42 peptide wasdigested with trypsin and digestion products were incubated with Aβ 1-42 antibodyand Aβ 1-40 antibody respectively. Fibril form of the Aβ 1-40 peptide wasstudied. The effect of TFA and Aβ 1-40 antibody onto disaggregation of Aβ 1-40peptide was followed by capillary electrophoresis (CE) and MALDI-MS. Interactionof bovine serum albumin (BSA) with Aβ 1-42 was investigated with varyingworking concentrations by MALDI-MS and CE. Intensity fading MS was alsoapplied to determine the degree of interaction with varying working concentrations.Protein A-IgG interaction was further studied to show the applicability of intensityfading approach in determination of protein-protein interactions. Finally, a verycomplex and high molecular weight enzyme, cytochrome C oxidase, was studiedby using CE and MALDI-MS to explore the capability of MALDI-MS in complexprotein-protein interactions.
Benzer Tezler
- Yeni nesil platin komplekslerinin kütle spektrometrik yöntemlerle incelenmesi ve antikanser aktivitelerinin in vitro olarak araştırılması
Investigation of new generation platinum complexes by mass spectrometric methods and their anti-cancer activities in vitro studies
ASLI ÇAL
- Kovalent olmayan boya-protein etkileşimlerinin kapiler elektroforez ve MALDI-MS ile incelenmesi
Investigation of noncovalent dye-protein interactions by capillary electrophoresis and MALDI-MS
CANSEL TUNCER
- Sülfonamid ve karbazol türevlerinin dna/protein etkileşimlerinin spektroskopik ve moleküler kenetlenme yöntemleri ile incelenmesi
Investigation of dna/protein interactions with sulfonamide and carbazol derivatives by spectroscopic and molecular docking methods
FULYA KIPÇAK
- Tanin-prolin etkileşimlerinin model sistemler üzerinde hesapsal olarak incelenmesi
Computational investigation of tannin-proline interactions on model systems
TİMUÇİN GÜNER
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyokimyaEge ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİGEN ZİHNİOĞLU
PROF. DR. CENK SELÇUKİ
- Investigation of the effects of gluten-green tea phenols interaction on immunogenic gluten peptides
Gluten-yeşil çay fenolleri etkileşiminin immunojenik gluten peptitleri üzerine etkilerinin incelenmesi
MERVE AKSOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Gıda MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BERAT AYTÜL HAMZALIOĞLU