Investigation of noncovalent protein-protein interactions by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry
Kovalent olmayan protein-protein etkileşimlerinin matriks yardımlı-laser desorpsiyon iyonlaşmalı kütle spektrometresi ile incelenmesi
- Tez No: 185632
- Danışmanlar: PROF. DR. BEKİR SALİH
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Protein, protein-protein etkileşimi, MALDI-MS, Aβ 1-42 peptidi, antibadi, şiddet sönmesi, kapiler elektroforez, Protein, Protein-protein interaction, MALDI-MS, Aβ 1-42, Antibody, Intensity fading, Capillary electrophoresis
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 157
Özet
Matrix Hazırlamalı Lazer Desorpsiyon yonlaşmalı Kütle Spektrometresi gittikçegelişen ve protein peptit analizlerini de içeren farklı alanlarda kullanılan analitik birtekniktir. Burada sunulan çalışma farklı protein-protein etkileşimlerinin MALDI-MSile analizi için tasarlanmış ve uygulanmıştır. Örneklerin örnek hazırlama veiyonlaşma sırasında kararlı kaldıkları deneysel şartlar bulunmuştur. Aβ 1-42peptidi ve Aβ 1-42 antibadisi arasındaki kovalent olmayan etkileşim çalışılmıştır.Aβ 1-40 antibadisi bağlanmanın özgüllüğünü deneme amacıyla negatif kontrololarak kullanılmıştır. Aβ 1-42 peptidi trypsin ile parçalanmış ve parçalanma ürünleriAβ 1-40 ve Aβ 1-42 antibadileri ile ayrı ayrı etkileştirilmiştir. Aβ 1-40 peptidifibrilleştirilmiş ve TFA ve 1-40 antibadisi fibril bozucu etkisi kapiler elektroforez veMALDI-MS ile incelenmiştir. Çalışmanın ikinci kısmında sığır serum albumini veAβ 1-42 peptidi arasındaki etkileşim farklı çalışma derişimlerinde MALDI-MS ileincelenmiştir. Kapiler elektroforez MALDI deneylerine paralel bir şekildeyürütülmüştür. Şiddet sönümü metodu bağlanmanın derecesini tayin içinuygulanmıştır. Protein A-IgG etkileşimi şiddet sönümü yönteminin protein-proteinetkileşimlerinde uygulanabilirliğini test için çalışılmıştır. Son olarak çok karmaşıkve çok altbirimli bir enzim olan sitokrom C oksidaz enzimi MALDI-MS ve KapilerElektroforez ile incelenmiştir.
Özet (Çeviri)
Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Mass spectrometry (MALDI-MS) is avery important and rapidly evolving analytical tool that is used in many differentareas, including biomolecule interaction analysis. The work described herein wasdevised and implemented using MALDI-MS to investigate different types protein-protein interactions. Experimental conditions have been found in which specificnoncovalent interactions in solution are maintained throughout the samplepreparation and ionization process. Noncovalent interaction between Aβ 1-42peptide and Aβ 1-42 peptide is studied. Aβ 1-42 peptide and Aβ 1-40 antibody wasused as negative control to determine the specificity. Aβ 1-42 peptide wasdigested with trypsin and digestion products were incubated with Aβ 1-42 antibodyand Aβ 1-40 antibody respectively. Fibril form of the Aβ 1-40 peptide wasstudied. The effect of TFA and Aβ 1-40 antibody onto disaggregation of Aβ 1-40peptide was followed by capillary electrophoresis (CE) and MALDI-MS. Interactionof bovine serum albumin (BSA) with Aβ 1-42 was investigated with varyingworking concentrations by MALDI-MS and CE. Intensity fading MS was alsoapplied to determine the degree of interaction with varying working concentrations.Protein A-IgG interaction was further studied to show the applicability of intensityfading approach in determination of protein-protein interactions. Finally, a verycomplex and high molecular weight enzyme, cytochrome C oxidase, was studiedby using CE and MALDI-MS to explore the capability of MALDI-MS in complexprotein-protein interactions.
Benzer Tezler
- Yeni nesil platin komplekslerinin kütle spektrometrik yöntemlerle incelenmesi ve antikanser aktivitelerinin in vitro olarak araştırılması
Investigation of new generation platinum complexes by mass spectrometric methods and their anti-cancer activities in vitro studies
ASLI ÇAL
- Barbunya proteini ve fenolik etkileşiminin incelenmesi
Investigation of kidney bean protein and its phenolic interaction
ELİF DAĞLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Gıda MühendisliğiBursa Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE NESLİHAN DÜNDAR
- Kovalent olmayan boya-protein etkileşimlerinin kapiler elektroforez ve MALDI-MS ile incelenmesi
Investigation of noncovalent dye-protein interactions by capillary electrophoresis and MALDI-MS
CANSEL TUNCER
- Sülfonamid ve karbazol türevlerinin dna/protein etkileşimlerinin spektroskopik ve moleküler kenetlenme yöntemleri ile incelenmesi
Investigation of dna/protein interactions with sulfonamide and carbazol derivatives by spectroscopic and molecular docking methods
FULYA KIPÇAK
- Tanin-prolin etkileşimlerinin model sistemler üzerinde hesapsal olarak incelenmesi
Computational investigation of tannin-proline interactions on model systems
TİMUÇİN GÜNER
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyokimyaEge ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİGEN ZİHNİOĞLU
PROF. DR. CENK SELÇUKİ