A fuzzy logic approach for regulation in flux balance analysis
Akı denge analizi içerisindeki düzenleme için fuzzy lojik yaklaşımı
- Tez No: 196838
- Danışmanlar: PROF. AMABLE HORTAÇSU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 198
Özet
ÖZETAKI DENGE ANAL Z ÇER S NDEK DÜZENLEME Ç NFUZZY LOJ K YAKLAŞIMIDeneysel olarak yapılan çalışmalarda teknolojik gelişmeler hem karışık biyolojiksistemlerin incelenmesine hem de bilgisayar ortamında bakteriyel davranışların tahminedilmesine olanak sağlamaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, deneysel olarak incelenenbakterilerin, zaman içerisinde değişik şeker kullanımına karşı uyumu modellendi ve benzetimiyapıldı. Bakterilerin farklı karbon kaynaklarında en uygun çoğalmaları, sınırlı ortamdametabolik modeller ile çözümü kolaylıkla tahmin edilmektedir. Fakat, bu metodlar karbonkullanım sıralarını ve böylelikle çoklu substrat ortamında büyüme sürecini kestirememektedir.Bu çalışmayla, karbon kullanımını düzenleyen genlerin transkripsiyonel düzenleyici yapısıveya operon, Fuzzy Lojik Biçimselliği içinde tanımlanarak dinamik Akı Denge Analizi (FluxBalance Analysis-FBA) ile birleştirildi. Operonların transkripsiyonu substrat kullanımındandoğan spesifik destekleyiciler ve endükleyiciler tarafından düzenlenmektedir. Bu düzenleyiciyapı karbon kullanımının doğal şeklidir. Fuzzy Lojik Biçimselliği kinetik parametreleregereksinim duyan diferansiyel denklem modellerine alternatif ve ?on?/?off? hükümlerine bağlıBoolean Lojik Biçimselliğinden daha iyi bir yöntemdir.FBA/Fuzzy lojik birleşimi çoklu ortamlarda (glikoz-laktoz, glikoz-laktoz-galaktoz veglikoz-sorbitol-gliserol) Escherichia coli'nin (Koli basili) oksijenli ortamda büyümesibenzetimini ve Lactococcus lactis'in (süt ürünlerinde kullanılan bir tür bakteri) oksijensizortamda büyümesi benzetimini çok iyi yapılabilmektedir. Hesaplanan sonuçlar elimizdebulunan iyi tanımlanmış deneysel veriler ile uyumlu olarak eşleşmektedir. Buna ilave olarak,bu metod bir substratın diğerinin yerine geçmesi ile oluşan lag fazındaki büyümeyi veyaaçıkça büyüme değişikliğini ve uyarı enjeksiyonu ile oluşan substrat kullanımını var olanortamlarda tanımlayabilmektedir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACTA FUZZY LOGIC APPROACH FOR REGULATION IN FLUXBALANCE ANALYSISTechnological advances in experimental observations give the ability to examinecomplex biological systems and the chance to forecast bacterial behaviour in silico. In thisthesis, the experimentally observed behavior by which bacteria are able to establish a timehierarchy of sugar utilization is examined and simulated. The optimal growth of bacteria ondefined carbon sources are easily predicted from the solutions of constraint-based metabolicmodels. However, these methods are unable to predict the sequence of carbon utilization andchanges in cellular behavior of growth in mixed substrates. In this work, a regulatory structuredescribing transcriptional regulation of catabolic genes/operons expressed in Fuzzy LogicFormalism is combined with dynamic Flux Balance Analysis (FBA). The transcription ofoperons is regulated by specific promoters and inducers that evolve from substrate usage. TheFuzzy Logic Formalism is a good alternative to differential equation models that requirekinetic parameter values and superior to Boolean Formalism which automatically setsregulation as ?on?/?off? rules.The FBA/Fuzzy Logic combination was successfully used to simulate aerobic growthof Escherichia coli in mixed double (glucose-lactose) or triple (glucose-lactose-galactose,glucose-sorbitol-glycerol) substrates and anaerobic growth of Lactococcus lactis in a triplesubstrate (glucose-lactose-galactose). When well-defined data are available, the computedresults are in good agreement with the data. The method also allows for the prediction ofgrowth lag periods upon substrate substitution and changes in growth pattern and substrateutilization upon pulse injection of substrates in existing growth media.
Benzer Tezler
- Zaman gecikmeli sistemler için kural kaydırma tabanlı bulanık mantık kontrolör tasarımı
Rule shift based fuzzy controller design for time delay systems
MÜGE ATEŞOVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiKontrol ve Otomasyon Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜJDE GÜZELKAYA
- A novel approach for the incipience of sediment entrainment in a wide range of flow conditions via experimentally driven geno-fuzzy inference system model
Deneysel veri tabanlı geliştirilen özgün genetik-fuzzy yöntemi ile akım şartlarının geniş aralığında sediment hareketinin başlangıcının araştırılması
HUSSEIN BIZIMANA
Doktora
İngilizce
2020
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDÜSSELAM ALTUNKAYNAK
- Bulanık mantık yaklaşımı ile elektrik dağıtım şebekesi projelerinin önceliklendirilmesi
Prioritization of electricity distribution network projects with the fuzzy logic approach
MURAT GÜNDOĞDU
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
EnerjiKütahya Dumlupınar Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA TOSUN
- İnşaat işyerlerinde risk değerlendirmesinin bulanık mantık yöntemi ile modellenmesi: Bir fabrika örneği
Fuzzy logic modeling of risk assessment in construction works: A factory example
ESRA ARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
İnşaat MühendisliğiSivas Cumhuriyet Üniversitesiİş Sağlığı ve Güvenliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MURAT BOSTANCIOĞLU
- Implementation and performance analysis of fuzzy logic and PI controlled non-inverting buck-boost converter
Bulanık mantık ve PI kontrollü tersini vermeyen buck-boost konvertörün uygulaması ve performans analizi
ALI SHAIBU
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. AHMET KARAARSLAN