Evaluation of microrna sequence composition and expression
Mikrorna'ların dizi bileşenleri ve ifade düzeylerinin araştırılması
- Tez No: 199022
- Danışmanlar: Y.DOÇ.DR. CENGİZ YAKICIER, Y.DOÇ.DR. ÖZLEN KONU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: dinükleotid, randomizasyon, microRNA, microarray, bioinformatics, CpG dinucleotide, randomization
- Yıl: 2005
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
ÖZETMIKRORNA'LARIN DİZİ BİLEŞENLERİ VE İFADEDÜZEYLERİNİN ARAŞTIRILMASIKoray Doğan KayaM.S. in Molecular Biology and GeneticsTez Danışmanları: Yard. Doç. Dr. Özlen Konu, Yard. Doç. Dr. M. Cengiz YakıcıerAğustos 2005, 70 sayfaMikroRNA'lar, mesajcı RNA'ların 3' ucunda yer alan protein kodlamayanbölgelere (3'UTR) baz tamamlama ile bağlanan yaklaşık 22 nükleotid uzunluğundakiribonükleik asitlerdir. miRNA'lar embriyonik gelişim, hücre bölünmesi ve apoptozgibi birçok hücresel olayda önemli rol oynarlar. Daha önceki biyoenformatikçalışmalar, mikroRNA'ların ve hedef mesajcı RNA'ların tahmini ve ifade kontrolleriüzerinde yoğunlaşmıştır. Bu çalışmada ise, olgun ve öncül mikroRNA'ların ikili veüçlü baz kompozisyonları değerlendirildi. Ek olarak, bir randomizasyon yaklaşımıkullanılarak ikili baz komposizyonundaki sapmaların istatistiksel onemi dearaştırıldı. Memeli genomuna ait özgün bir karakter olan CpG motif nadirliğininmiRNA sekanslarınında belirgin bir özelliği olduğu ortaya çıkarıldı. Aynı zamanda,yayımlanmış insan ve fare mikroarray verilerine dayanarak, beyin haricindekidokularda, bir veya birden fazla CpG motifi içeren miRNA'ların bu motifiiçermeyenlerden daha az miktarda ifade edildiği de gösterildi. miRNA'ların CpGkullanımı ve ortalama ifade düzeyleri arasındaki negatif korelasyonun neden vesonuçları memeli bağışıklık ve metilasyon mekanizmaları açılarından tartışıldı.mikroRNA, mikrodizilim, biyoenformatik, CpG
Özet (Çeviri)
ABSTRACTEVALUATION OF MICRORNA SEQUENCE COMPOSITION ANDEXPRESSIONKoray Doğan KayaM.S. in Molecular Biology and GeneticsSupervisors: Asst. Prof. Dr. Özlen Konu, Asst. Prof. Dr. M. Cengiz YakıcıerAugust 2005, 70 pagesMicroRNAs are small, ~22nt in length, ribonucleic acids, which bind to3?UTR regions of mRNAs by base complementation. They play crucial roles in theregulation of embryonic development, and in many cellular events such asproliferation, apoptosis, and differentiation. Previous bioinformatics studies haveconcentrated on the prediction and transcriptional regulation of miRNA and targetsequences. In the present study, the dinucleotide and trinucleotide composition ofpremature and mature microRNAs were evaluated. Moreover, the significance ofbiased dinucleotide usage was determined using a randomization approach. Thescarcity of CpG motif, a generalized characteristic of mammalian genomes, wasfound to be a prominent feature also in miRNA sequences. Furthermore, miRNAsthat contain one or more CpG motif(s) were found to be expressed at relatively lowerlevels in multiple adult tissues, except in the brain, based on existing human andmouse microarray datasets. The implications of the negative correlation between theCpG usage and the average expression level of miRNAs were discussed in the lightof mammalian immune defenses and methylation characteristics.
Benzer Tezler
- Dizilim verisinden mikrorna fonksiyon tahmini
Predicting microrna expression from sequence
MEHMET EMRE TUNCER
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
BiyomühendislikBaşkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN OĞUL
- Aterosklerozlu hastaların koroner arter plaklarında ve dolaşımlarındaki mikrorna-221/222 ifade düzeylerinin incelenmesi
Evaluation of microrna-221/222 expression levels in patients with coronary artery in atherosclerotic plaque and circulation
ASLIHAN ESRA BİLDİRİCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Tıbbi BiyolojiCumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SERDAL ARSLAN
- Meme kanseri gelişiminde risk faktörü olarak BRCA1 ve BRCA2 genlerinin mirna bağlanma bölgelerindeki genetik varyasyonların değerlendirilmesi
Evaluation of genetic variations ın mirna-binding sites of BRCA1 and BRCA2 genes as risk factors for the development of early-onset and/or familial breast cancer
SEYİT ALİ VOLKAN POLATKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Genel CerrahiUludağ ÜniversitesiGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ŞEHSUVAR GÖKGÖZ
- DCX ve PAFAH1B1 genlerindeki tek nükleotit polimorfizmlerin (SNP) In silico olarak değerlendirilmesi
Evaluation of Single Nükleotide Polymorphisms(SNP) in DCX and PAFAH1B1 genes as In silico
AHMET TAMER
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
NörolojiÜsküdar ÜniversitesiNörobilim Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MESUT KARAHAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA KAMAN
- Erken yaş meme kanserli hastalarda CHEK2 genindeki genetik varyasyonların değerlendirilmesi
The evaluation of CHEK2 mutation gene in early onset breast cancerpatients
FUAT AKSOY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Genel CerrahiBursa Uludağ ÜniversitesiGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ŞEHSUVAR GÖKGÖZ