Algorithms for effective querying of graph-based pathway databases
Çizge tabanlı yolak veri tabanlarının etkin sorgulanması için algoritmalar
- Tez No: 199383
- Danışmanlar: DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Graph Algorithms, Graph Querying, Biological Pathways, PathwayDatabases.iii
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 97
Özet
Bilimsel merak, kalıtım-ülşekli bilginin sistem seviyesindeki araştırmalarınaoc syünelirken, molekül düzeyindeki hücresel süreşler hakkında uretilen verilero uu u uc ühızlanan bir oranla artmaktadır. Cizge tabanlı yolak ontolojiler ve veri tabanlarışbu tarz bilgiler işin geniş bir kullanım alanına sahiptir. Bu güsterim, hücreselc s o uağların programlı bir şekilde bütünleştirilmesinin yanı sıra yapısal ve dinamikg s uu süzelliklerini tahmin etmeye yünelik olarak şizge teorinin iyi anlaşılmış kavramlarıo o c s skullanılarak araştırılmasını mümkün kılmaktadır. Bu kapsamda, büyle bütünleşiks uu o uu sgeniş ağların, ilgili alt-ağların etken algoritmalar ve yazılım araşlarının yardımıylasg g cseşilerek şıkarılması amacıyla, etkili olarak sorgulanması zaruridir.c cBu amaşla, protein-protein etkileşiminden, metabolik yolaklara hatta sinyalc syolaklarına her türlü şizge tabanlı yolak veri tabanlarına uygulanabilir olmaku ucuzere, basit komşuluk sorgularından en kısa yol yolaklarına ve geri beslemeü sdüngülerine pek şok şizge teorik algoritmalar beraberinde bir sorgulama şerşevesiou cc ccgeliştirdik. Bu algoritmalar ayrıca yolak veritabanı işinde mevcut bileşik veyas c sbirbirinin işine yerleştirilmiş yapıları da oluşturulabilir ve Patika (Entegrasyonc s s sve Bilgi Kazanma işin Yolak Analiz Araşları) yazılımlarının sorgulama unsurlarıc cişerisinde uygulanmıştır. Ayrıca, süzkonusu algoritmaların geniş bir şizge tabanlıc s o s cyolak veritabanı işin biyolojik olarak ünem arz eden pek şok sorgunun cevap-c o clandırılması işin kullanışlı olduğu gürülmüştür.c s g o u us uAnahtar süzcükler : Cizge Algoritmaları, Cizge Sorgulama, Biyolojik Yolaklar,ou ş şYolak Veri Tabanları.iv
Özet (Çeviri)
As the scientiï¬c curiosity shifts toward system-level investigation of genomic-scale information, data produced about cellular processes at molecular level hasbeen accumulating with an accelerating rate. Graph-based pathway ontologiesand databases have been in wide use for such data. This representation has madeit possible to programmatically integrate cellular networks as well as investigatingthem using the well-understood concepts of graph theory to predict their struc-tural and dynamic properties. In this regard, it is essential to eï¬ectively querysuch integrated large networks to extract the sub-networks of interest with thehelp of eï¬cient algorithms and software tools.Towards this goal, we have developed a querying framework along with a num-ber of graph-theoretic algorithms from simple neighborhood queries to shortestpaths to feedback loops, applicable to all sorts of graph-based pathway databasesfrom PPIs to metabolic pathways to signaling pathways. These algorithms canalso account for compound or nested structures present in the pathway data, andhave been implemented within the querying components of Patika (PathwayAnalysis Tools for Integration and Knowledge Acquisition) tools and have provento be useful for answering a number of biologically signiï¬cant queries for a largegraph-based pathway database.
Benzer Tezler
- Efficient querying of sbgn maps stored in a graph database
Çizge veri tabanında depolanan sbgn haritalarının etkili sorgulanması
MUSTAFA ENES KARACA
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- Learning in extreme conditions: Online and active learning with massive, imbalanced and noisy data
Başlık çevirisi yok
ŞEYDA ERTEKİN
Doktora
İngilizce
2009
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolThe Pennsylvania State UniversityBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. C. LEE GILES
- Üç boyutlu yüz tanımada lokal özellik temelli yöntemlerin kullanımı ve karşılaştırılması
Comparison and usage of local feature based methods for 3d face recognition
MUHAMMED ENES ATİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiGeomatik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZAİDE DURAN
- Active learning methods based on statistical leverage scores
İstatistiksel kaldıraç değerlerine dayalı etkin öğrenme metotları
CEM ORHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖZNUR TAŞTAN OKAN
- Effective area coverage for wireless and actor networks
Algılayıcı ve aktör ağlar için etkin kapsama alanı
ALİ SİNAN BUYRUK
Yüksek Lisans
İngilizce
2004
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolYeditepe ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ŞEBNEM BAYDERE