Efficient querying of sbgn maps stored in a graph database
Çizge veri tabanında depolanan sbgn haritalarının etkili sorgulanması
- Tez No: 539793
- Danışmanlar: PROF. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mühendislik Bilimleri, Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Engineering Sciences, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Çizge görselleştirme, çizgeleri daha anlaşılır ve temsil edilen verilerin analizini daha kolay hale getirmeye çalışan önemli bir araştırma alanıdır. Çeşitli alanlarda, temel çizge tabanlı verilerin etkin bir şekilde analiz edilmesi için çizge görselleştirme teknikleri ve standartları geliştirilmiştir. Systems Biology Graphical Notation (SBGN), biyolojik süreçleri ve yolakları çizge görselleştirme yöntemiyle modellemek için standart bir dildir. SBGN haritaları hakkındaki bilgiler XML tabanlı SBGN-ML dosyalarında saklanabilir. libSBGN, SBGN-ML dosyalarını okumak, yazmak ve nesne yönelimli bir şekilde SBGN haritalarını değiştirmek için kullanılan bir Java/C++ kütüphanesidir. Çizge veritabanları, verileri düğümlerden (köşe) ve bunların ilişkilerinden (kenar) oluşan bir çizge yapısı olarak saklar. Bir çizge veritabanında çizge dolaşma yöntemiyle depolanan verilere erişmek, maliyetli birleşim işlemleri yoluyla ilişkisel veritabanlarındaki tablolanmış verilere erişmekten daha etkilidir. Neo4j, depolanmış çizge verilerini sorgulamak için Cypher adlı tescilli bir dil sağlayan seçkin bir çizge veritabanıdır. Neo4j, üçüncü taraf Java kütüphaneleriyle Neo4j'nin yeteneklerini geliştirmek için Java'da yazılmış kullanıcı tanımlı prosedürleri eklenti olarak geliştirme olanağı sağlar. Bu tez ile, Neo4j çizge veritabanında, SBGN haritalarının, bileşik yapılı düğümleri de destekleyerek modellenmesini sağlıyoruz. Neo4j'de oluşturduğumuz SBGN veri modelini ve libSBGN kütüphanesini kullanarak, Java'da Neo4j eklentisi olarak, çizge tabanlı kullanıcı tanımlı prosedürler geliştirdik. Bu prosedürler, çizge sorgulama algoritmaları yanı sıra bir SBGN haritasından bir veritabanını oluşturmak, bir çizge veritabanından bir SBGN haritasını yüklemek gibi yardımcı işlevler sağlamak için geliştirilmiştir. Bu kullanıcı tanımlı prosedürler SBGN-ML üretmek veya tüketmek için tasarlanmıştır; bu nedenle, SBGN-ML metnini içe/dışa aktarabilen herhangi bir görselleştirme aracı tarafından kullanılabilirler. SBGN haritalarını görüntülemek ve düzenlemek için web tabanlı bir editör olan Newt, bu prosedürleri Cypher ifadeleri ile koşturmak için bir web servisi kullanan ve yerel bir Neo4j veritabanına ev sahipliği yapan bir araç haline getirilmiştir.
Özet (Çeviri)
Graph visualization is an important research area that endeavors to make graphs more understandable and easier to analyze. In various domains, graph visualization techniques and standards are developed to effectively analyze underlying graph based data. Systems Biology Graphical Notation (SBGN) is a standard language for modeling biological processes and pathways through graph visualization. Information about SBGN maps can be stored in XML based SBGN-ML files. libSBGN is a Java/C++ library for reading, writing SBGN-ML and manipulating SBGN maps in an object-oriented manner. Graph databases store data in terms of a graph structure consisting nodes and their relationships. Performing a computation on graph data stored in a graph database by traversals is more efficient than accessing tabled data in relational databases through costly join operations. Neo4j is a prominent graph database that provides a proprietary language named Cypher for querying stored graph data. Neo4j allows writing user defined procedures in Java as plugins to improve capabilities of Neo4j with third party Java libraries. With this thesis, we enable modeling SBGN maps in Neo4j graph database with support for compound structures. Using this SBGN data model in Neo4j, we developed graph based user defined procedures in Java using libSBGN as a plugin to Neo4j. These procedures were used to implement graph query algorithms, such as neighborhood, common stream, and paths between, along with helper functions such as populating a database from an SBGN map and loading an SBGN map from a graph database. These user defined procedures are designed to produce or consume SBGN-ML; hence, they can be used by any visualization tool which can import/export SBGN-ML text. Newt, a web based editor for viewing and editing SBGN maps, is such a tool making use of these procedures and hosting a local Neo4j instance by providing a web service to execute Cypher statements.
Benzer Tezler
- New algorithms and techniques for microprocessor-controlled PWM induction drives
Başlık çevirisi yok
OSMAN KÜKRER
Doktora
İngilizce
1987
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. H. BÜLENT ERTAN
- Adana ili, turunçgil toptan fiyatlarının analizi
Başlık çevirisi yok
USULET ÖZTUNÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
ZiraatÇukurova ÜniversitesiTarım Ekonomisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OĞUZ YURDAKUL
- Öğretim dalı dersliği yönteminin ortaöğretim kuruluşlarında uygulanması ve sınıf dersliği yöntemi ile karşılaştırılması
Başlık çevirisi yok
MEHMET SOYLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Eğitim ve ÖğretimGazi ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. UMUR ERKMAN
- Üniversitelerdeki öğrenci işlerinin mikrobilgisayarlar yardımı ile çözümlenmesine ilişkin bir araştırma
Başlık çevirisi yok
SAİT ESLEK
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEge ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HALİL ŞENGONCA
- Çekirdeksiz kuru üzümde uygulanan politikanın Ege Bölgesinde üretim ve üretici açısından sonuçlarının değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
GÜVEN ÖZERİN