Structural analysis of a 50 KB region on 17q23
17q23 üzerinde bulunan 50 KB?lik bölgenin yapısal analizi
- Tez No: 201895
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, 17q23, EST, T02811, İnsan, Şempanze, Fare, Breast cancer, 17q23, EST, T02811, Human, Chimpanzee, Mouse
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 126
Özet
17q23 amplikon bölgesi meme kanserinde amplifiye olan birçok bölgeden bir tanesidir. Bu tür amplikonlar gen amplifikasyonlarından dolayı aşırı ekspres edilen proto-onkogenleri barındırırlar. Meme kanseri hücre hatlarında ve meme tümörlerinde yapılmış olan kopya sayısı analizleri amplikon içerisinde birçok birbirinden bağımsız bölgenin amplifiye olduğunu belirlemiştir, bu da bazı genlerin çoğalmak üzere seçilerek tümör oluşumu ve gelişimine katkıda bulunduğunu göstermektedir. 17q23 üzerindeki amplikonları karakterize etmek ve olası onkogenleri belirlemek için çeşitli çalışmalar yapılmıştır. 17q23 amplikonunun çoğalmasının meme kanserinde rolünü anlamak amacıyla, bu amplikon üzerindeki belirlenmemiş genleri veya EST'leri (Expressed Sequence Tags-İfade edilen Dizi Etiketleri) karakterize etmek çok önemlidir. Bu çalışmada, insan (H.sapiens), şempanze (P.troglodytes) ve fare (M.musculus) genomlarının in siliko analizleri diziler arsındaki homolijiyi araştırmak ve yeni genleri ortaya çıkarmak amacıyla yapılmıştır. Bu çalışmanın amacı, TBX2 ve TBX4 genleri arasındaki 50 kb'lik bölgenin analizi edilmesi ve bu bölgede yeralan T02811 EST'sinin karakterizasyonudur. Bu üç memelinin genomlarının analizleri ve karşılaştırılması, 50 kb'lik genomik DNA dizisi ve bu bölgede yeralan EST'ler kullanılarak çeşitli biyoinformatik araçlar (BLAST, Pipmaker, Vista, GENSCAN vs.) ile yapılmıştır. Elde edilen sonuçlar göstermektedir ki, 3 tür arasında hazırlanan homoloji haritasına ve EST'lerin pozisyonlarına göre bu bölgede henüz tanımlanmamış çeşitli büyüklüklerde yeni genlerin olması mümkündür. Bu 50 kb'lik bölgede, henüz tanımlanmamış bir genin varlığına dair in siliko ve deneysel ipuçları belirledik. T02811 transkriptini 313 bp'den 1423 bp'ye uzatmayı başardık. Bu yeni gen potensiyel bir onkogen adayı olup olmadığını bulmak için daha fazla karakterizasyon çalışmaları yapılmalıdır. Amplikonlarda bulunan onkogen adaylarının karakterize edilmeleri, genomik amplikon bölgelerinin ve bu bölgelerin tümör oluşumundaki rollerinin anlaşılması açısından önemlidir.
Özet (Çeviri)
17q23 amplicon is one of the many chromosomal regions that undergo amplification in breast tumors. Such amplicons harbor proto-oncogenes that may be overexpressed due to gene amplifications. Copy number analysis in breast cancer cell lines and breast tumors identified several independently amplified regions within the 17q23 amplicon, suggesting that a number of genes are selected for amplification as they may independently contribute to tumor formation and progression. To characterize distinct amplicons on 17q23 and localize putative oncogenes, various studies are done on this region. In order to better understand the role of 17q23 amplification in breast cancer, characterizing unidentified genes or ESTs (Expressed Sequence Tags) on the 17q23 amplicon is crucial. In this study, in silico analysis of human (H.sapiens), chimpanzee (P.troglodytes), and mouse (M.musculus) genomes were performed to examine sequence homology between these 3 species for the purpose of identifying novel genes. The objective of this study was to analyze a 50 kb region between TBX2 and TBX4 genes and characterize the EST T02811 located on that region. Analysis and comparisons of these three genomes were established based on genomic sequences and availability of ESTs with gene prediction programs (BLAST, Pipmaker, Vista, GENSCAN etc.). Based on our results, we prepared a homology map between these 3 species, including positions of ESTs that may indicate novel genes. In this 50 kb region, we found in silico and experimantal evidence for the presence of an unidentified gene. We managed to extend the 313 bp EST T02811 size to 1423 bp which we think is as of yet incomplete. Further studies are needed to characterize this novel gene as a potential oncogene candidate. Characterizing the roles of such candidate oncogenes in amplicons will provide a better understanding of genomic amplicon regions and their roles in tumorigenesis.
Benzer Tezler
- Çandarlı çukurunun miyosen-kuvaterner sismik stratigrafisi ve tektonik evrimi, Kuzey Ege Denizi
Miocene to quaternary seismic stratigraphy and tectonic evolution of the Çandarli through, North-Eastern Aegean Sea
TUBA İSLAM
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Jeoloji Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiJeoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CENK YALTIRAK
- Keban (Elazığ) civarındaki metamorfitlerin yapısal analizi ve tektonik evrimi
Structural analysis and tectonic evolution of the metamorphites in the Keban (Elazığ) vicinity
ALİ KAYA
Doktora
Türkçe
2001
Jeoloji MühendisliğiFırat ÜniversitesiJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET TURAN
- İzmit Körfezi ve çevresinin morfotektoniği
Morphotectonic in the Gulf of Izmit and surroundings
UFUK TARI
Doktora
Türkçe
2007
Jeoloji Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKatı Yer Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OKAN TÜYSÜZ
- Ovaryum ve endometriyum kanserlerinde kromozom düzensizlikleri ve sık rastlanan p53 geni 7. ekzon mutasyonlarının taranması
Chromosomal abnormalities and frequent p53 gene mutations seen in exon 7 in endometrial and ovarian carcinomas
AYFER PAZARBAŞI
Doktora
Türkçe
2004
Tıbbi BiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MÜLKİYE KASAP
- Manisa fayı doğu segmentinin paleosismolojisi ve deprem üretme potansiyeli
Paleoseismology and earthquake potential of Manisa fault
İSMAİL DURAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Jeoloji MühendisliğiDokuz Eylül ÜniversitesiJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN SÖZBİLİR