Geri Dön

MicroRNA target prediction by constraint programming

MikroRNA hedef genlerinin kısıtlı mantık programlama yöntemiyle tahmin edilmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 202737
  2. Yazar: MEHMET TUĞRUL TEKBULUT
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. UĞUR SEZERMAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Biology, Bioengineering, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Kısıt programlama, Constraint programming
  7. Yıl: 2006
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

MikroRNA'lar (kısaca miRNA) gen anlatımının düzenlenmesinde önemli islevleri olan, ortalama uzunlugu 22nt olan küçük RNA'lardır. MikroRNA'ların larval gelisiminde, hücre gelismesinde ve farklılasmasında, sineklerde yag metabolizmasında, bitkilerde yaprak ve çiçek gelismesinde önemli islevleri kesfedilmistir. MikroRNA dizilerinin birbirinden çok uzak olan canlılarda bile büyük ölçüde korunmus olmaları önemli evrimsel islevleri olduguna isaret etmektedir. MikroRNA'lar hücre çekirdegindeki transkripsiyon sonrası sitoplazmaya geçerek, hedefledikleri komplementer mRNA'lara baglanarak ya mRNA'nın kesilerek yokedilmesiyle, ya da protein translasyonunun engellenmesiyle islevlerini görürler. Bitki mikroRNA'ları hedeflerine mRNA'ların protein kodlayan bölgesinden baglanır ve mRNA'yı keserek islev görür. Hayvanlarda ise mRNA'nın 3' ucundaki kod tasımayan bölgelerine oldukça karmasık bir sekilde baglanan mikroRNA'lar protein sentezinin baskılanmasına neden olmaktadır. MikroRNA'lar ya suni mutasyon çalısmaları ya da biyoinformatik yöntemleriyle kesfedilmektedir. Bugüne kadar insan dahil çesitli canlılardan klonlanan mikroRNA'ların sayısı bini geçmis olmakla birlikte çok azının islevleri tanımlanabilmistir. MikroRNA hedeflerinin biyoinformatik yöntemleriyle kesfedilmesi yönünde son bir yılda yogun bir çalısma ve yayın olmustur. Hayvanlardaki baglanmaların karmasıklıgı biyoinformatik yöntemlerle miRNA hedeflerinin belirlenmesini güçlestirmektedir. Bu tezde hayvanlardaki mikroRNA'ların hedeflerinin belirlenmesinde denenmemis bir yöntem olan Kısıtlı Mantık Programlama yöntemi denenmektedir. Sözü geçen metodla micTar adı verilen bir yazılım paketi gelistirilmis ve Drosophila genomuna uygulanmıstır.

Özet (Çeviri)

MicroRNAs (miRNAs) are small regulatory RNAs of about 22 nucleotide long sequences that perform important functions such as larval development switches, cell proliferation and differentiation, apoptosis, fat metabolism, control of leaf and flower development. MicroRNA sequences are highly conserved across even unrelated species, a fact which suggests a key role in the evolutionary development. MicroRNAs are transcribed in the nucleus and perform their functions in the cytoplasm by binding to the complementary target mRNAs. MicroRNAs modulate gene expression either by suppressing translation or by mRNA cleavage and degradation. Plant microRNAs bind to their target mRNA on the coding region, almost perfectly, and perform their function by the cleavage of the mRNA, while animal microRNAs, bind imperfectly to their target mRNA, on the 3? UTR region, and perform their functions by suppressing translation. MicroRNAs are discovered by both mutational studies and by computational methods. Hundreds of microRNAs have been cloned and sequenced in several organisms including humans, but to date, only few of them have known functions. The experimental techniques to understand the functions of miRNAs are time consuming and expensive which makes computational methods necessary. The identification of targets of plant microRNAs is straightforward due to near-perfect binding, but the imperfect binding of animal miRNAs to target mRNAs makes the computational target prediction rather difficult. In this thesis a new method is proposed for microRNA target prediction in animals using Constraint Logic Programming. With the established method a package micTar was developed to identify targets in Drosophila genome.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    316492

    Classification of short biosequences

    Kısa biyodizilimlerin sınıflandırılması

    ALPER TUNGA KALKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    BiyoteknolojiBaşkent Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HASAN OĞUL

  2. Tez No

    70521

    Hepatit G virüsünün çeşitli risk gruplarında ve sağlıklı populasyonda prevalansının belirlenmesi

    Başlık çevirisi yok

    AYHAN PEKBOY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    MikrobiyolojiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MURAT GÜNAYDIN

  3. Tez No

    70548

    Floresan in situ hibridizasyon (FİSH) yöntemi ile X ve Y kromozomlarının belirlenmesi

    Detection of X and Y chromosomes by floresan in situ hybridization (FISH) method

    METİN BİRIŞIK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Tıbbi BiyolojiGaziantep Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. M. EMİN ERDAL

  4. Tez No

    91450

    Hemodiyaliz (HD) hastalarında ve kan transfüzyonu alan HD hastalarında ALT, AST, Anti-HCV ve HCV-RNA testlerinin tanıdaki yeri

    The Importance of the ALT, AST, Anti-HCV, HCV-RNA tests applied to the hemodialysis (HD) patients and to thdee HD patients undergoing blood transfusion

    OKTAY ALVER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    MikrobiyolojiAtatürk Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERDAL TUNCEL

  5. Tez No

    138441

    Üç farklı tam porselen sisteminin kırılma dirençlerinin karşılaştırılması

    Compare of the three different all ceramic systems fracture resistance

    MUSTAFA ZORTUK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    Diş HekimliğiDicle Üniversitesi

    Protetik Diş Tedavisi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ŞEBNEM ESKİMEZ

Geri Dön