Statistical thermodynamics of residue fluctuations in native proteins
Aminoasit hareketliliklerinin istatistiksel termodinamik formülasyonu
- Tez No: 216303
- Danışmanlar: PROF. DR. BURAK ERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Polimer Bilim ve Teknolojisi, Biophysics, Polymer Science and Technology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mühendislik Bilimleri Bölümü
- Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 57
Özet
Tezimizde, proteinlerdeki aminoasitlerin hareketlerinin izobarik ve izotermal ortamdaki istatistiksel termodinamiği formüle edildi. Aminoasit hareketliliğini inceleyen iki elastik ağ modeli (ENM), Gaussian Ağ Modeli (GNM) ve Anisotropik Ağ Modeli'nin (ANM) temelleri bu formülasyon üzerinden incelendi, gerçeğe yakınlıkları tartışıldı. Buradan hareketle genelleştirilmiş bir elastik ağ modelinin nasıl olması gerektiği istatistiksel mekanik diliyle sunuldu. Sonuçlarımız moleküler dinamik simülasyonları ile doğrulandı. Buna ek olarak, proteinlerin, genel olarak, ana salınım ekseni ile ana yapısal ekseninin çakışık olduğu gözlemlendi ve böylelikle tümel aminoasit hareketleri ile protein geometrisi arasında bir bağlantı olduğu gösterilmiş oldu.
Özet (Çeviri)
We have formulated the statistical thermodynamics of residue fluctuations of native proteins at constant temperature and pressure. The underlying assumptions of the two elastic network models, the Gaussian Network Model (GNM) and the Anisotropic Network Model (ANM) are studied and their limits of validity are discussed. The statistical mechanical model adopted allows generalization of the elastic network models. We have validated our results by using trajectories obtained from extensive molecular dynamics simulations. Analysis of the trajectories shows that the principal axes of the fluctuation correlation matrix coincide with the principal axes of the radius of gyration tensor. This establishes the connection between residue fluctuations and protein geometry.
Benzer Tezler
- Determination of statistical correlations between methylated lysine residues of histone H3 tail by molecular dynamics simulations
Moleküler dinamik simülasyonlarıyla histon H3 kuyruğundaki metillenmiş lizin amino asitleri arasındaki istatistiksel korelasyonların belirlenmesi
DENİZ ŞANLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyomühendislikKoç ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM KESKİN
- Computer-aided characterization of proteins and anticancer agents
Proteinlerin ve kanser ilaçlarının bilgisayar destekli karakterizasyonu
Z.ÖZLEM KESKİN
Doktora
İngilizce
1999
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İVET B. BAHAR
- Protein katlanması dinamiği: Transfer edilebilir etkileşim potansiyeli dizaynı ve farklı komplekslik seviyelerine sahip yeni monte carlo ve moleküler dinamik protein modellerinin geliştirilmesi
Protein folding dynamics: designing transferable interaction potentials and developing New monte carlo and molecular dynamic protein models with different level of complexities
GÖKHAN SELAMET
Doktora
Türkçe
2023
Tıbbi BiyolojiGaziantep ÜniversitesiBiyoenformatik ve Bilişimsel Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUĞBA TAŞKIN TOK
PROF. DR. HÜSEYİN KAYA
- Thermodynamic, structural and dynamical analyses of random coil state of proteins
Proteinlerin rastgele sarım halinin termodinamik, yapısal ve dinamik analizleri
ÇİĞDEM SEVİM BAYRAK
Doktora
İngilizce
2013
BiyomühendislikKoç ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURAK ERMAN
- Understanding Rho GTPase interactions with scaffolding proteins and Ras protein shuttling mechanisms
Rho GTPazlarin iskele proteinlerle etkileşimlerinin ve Ras proteinlerinin nakil mekanizmasinin anlaşilmasi
EMİNE SILA ÖZDEMİR
Doktora
Türkçe
2018
BiyokimyaKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY