Statistical thermodynamics of residue fluctuations in native proteins
Aminoasit hareketliliklerinin istatistiksel termodinamik formülasyonu
- Tez No: 216303
- Danışmanlar: PROF. DR. BURAK ERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Polimer Bilim ve Teknolojisi, Biophysics, Polymer Science and Technology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mühendislik Bilimleri Bölümü
- Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 57
Özet
Tezimizde, proteinlerdeki aminoasitlerin hareketlerinin izobarik ve izotermal ortamdaki istatistiksel termodinamiği formüle edildi. Aminoasit hareketliliğini inceleyen iki elastik ağ modeli (ENM), Gaussian Ağ Modeli (GNM) ve Anisotropik Ağ Modeli'nin (ANM) temelleri bu formülasyon üzerinden incelendi, gerçeğe yakınlıkları tartışıldı. Buradan hareketle genelleştirilmiş bir elastik ağ modelinin nasıl olması gerektiği istatistiksel mekanik diliyle sunuldu. Sonuçlarımız moleküler dinamik simülasyonları ile doğrulandı. Buna ek olarak, proteinlerin, genel olarak, ana salınım ekseni ile ana yapısal ekseninin çakışık olduğu gözlemlendi ve böylelikle tümel aminoasit hareketleri ile protein geometrisi arasında bir bağlantı olduğu gösterilmiş oldu.
Özet (Çeviri)
We have formulated the statistical thermodynamics of residue fluctuations of native proteins at constant temperature and pressure. The underlying assumptions of the two elastic network models, the Gaussian Network Model (GNM) and the Anisotropic Network Model (ANM) are studied and their limits of validity are discussed. The statistical mechanical model adopted allows generalization of the elastic network models. We have validated our results by using trajectories obtained from extensive molecular dynamics simulations. Analysis of the trajectories shows that the principal axes of the fluctuation correlation matrix coincide with the principal axes of the radius of gyration tensor. This establishes the connection between residue fluctuations and protein geometry.
Benzer Tezler
- Amlodipin ve valsartan'ın hipertansif hastalarda perilipin, irisin ve adropin seviyelerine etkisi
The effect of amlodipine and valsartan on the level of perilipin, irisin and adropin to hypertensve patients
NERMİN AKKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
BiyokimyaTurgut Özal ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜSAMETTİN ERDAMAR
- Gestasyonel diyabetli kadınlarda yaşam kalitesi ve depresyon durumlarının incelenmesi
The examination of life quality and the event of depression in the period of pregnancy of diabetic women
REYHAN AYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
HemşirelikHaliç ÜniversitesiHemşirelik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEZİHE KIZILKAYA BEJİ
- Genç bayan ve erkeklerde göz çevresi antropometrik ölçümlerinin karşılaştırılmalı olarak incelenmesi
A comparative study of measurements of the soft orbits in young women and men
MELTEM AÇAR GÜDEK
- Futbolcularda l-arjinin suplemantasyonunun anaerobik performans ve toparlanma üzerine etkisi
The effect of l-arginine supplementation on the footballer's anaerobic performance and recovery
AHMET MOR
Doktora
Türkçe
2014
SporOndokuz Mayıs ÜniversitesiBeden Eğitimi ve Spor Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TÜLİN ATAN
- Serebral palsi'li çocuklarda su içi egzersizlerin spastisite ve motor fonksiyonlar üzerine etkisi
EFFECTİVENESS OF AQUATİC EXERCİSES ON SPASTİCİTY AND MOTOR FUNCTİONS OF CHİLDREN WİTH CEREBRAL PALSY
SEVDA ADAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonAfyon Kocatepe ÜniversitesiFiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÜMİT DÜNDAR