Determination of statistical correlations between methylated lysine residues of histone H3 tail by molecular dynamics simulations
Moleküler dinamik simülasyonlarıyla histon H3 kuyruğundaki metillenmiş lizin amino asitleri arasındaki istatistiksel korelasyonların belirlenmesi
- Tez No: 246839
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZLEM KESKİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Genetik, Bioengineering, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 56
Özet
Histon proteinlerinin post-translasyonel modifikasyonları, ?histon kodu? hipotezinin ortaya atılmasından itibaren Moleküler Biyolojinin en önemli konularından biri haline gelmiştir. Histon H3 kuyruğu, histon proteinlerinin en çok çalışılanı olup, birçok kimyasal modifikasyona uğrayarak farklı fizyolojik prosesleri etkilediği bilinmektedir. Bununla birlikte, son yıllarda yapılan çalışmalarla farklı modifikasyonlar arasında iletişim olduğu ortaya çıkmıştır. Bu modifikasyonların birçoğunun hücre içi etkilerinin bilinmesine rağmen, farklı modifikasyonlar arasındaki bu dinamik iletişimin detaylı mekanizması çözümlenmeyi beklemektedir. Bu çalışmada, histone H3 lizin 4 (H3K4) ve histone H3 lizin 9 (H3K9) metilasyonları arasındaki cooperativitenin, Moleküler Dinamik (MD) simülasyonları ile incelenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, üç farklı histon H3 kuyruğunun (modifiye edilmemiş H3 kuyruğu, üç metil grubu eklenmiş K4 (H3K4me3), üç metil grubu eklenmiş K9 (H3K9me3)) MD simulasyonları gerçekleştirilmiştir. Bunu takiben, amino asitler arasındaki uzaklık değişimi korelasyonlarının araştırılması amacıyla Mod Analizi uygulanmıştır. Bu korelasyonlar yardımıyla, cooperativiteyi uzaklık değişimleri ile ilişkilendirmek amacıyla istatistiksel mekanik formülasyonları elde edilmiştir. Korelasyon fonksiyonu sonuçlarına göre modifikasyonlar arasındaki kontrol mekanizması, istatistiksel temodinamik bazında belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Post-translational modifications of histone tails have been a very favored topic in Molecular Biology since the proposal of“histone code”hyphothesis. Histone H3 tail is the most well-known one of the histone proteins that undergoes several chemical modifications thus affecting a variety of physiological processes. Moreover, an expanding knowledge of communications between different modifications have emerged in recent years. Although the downstream outcomes of the most of these modifications have been revealed, the detailed mechanism of this dynamic cross-talk between different modifications still remain to be elucidated. In this study, the cooperativity between histone H3 lysine 4 (H3K4) and lysine 9 (H3K9) methylations were aimed to be investigated by Molecular Dynamics (MD) simulations. For this purpose, MD simulations of three types of H3 tails (unmodified H3 tail, tri-methylated K4 (H3K4me3), tri-methylated K9 (H3K9me3)) were carried out. Subsequently, Modal Analysis was performed to the trajectories in order to reveal the distance fluctuation correlations between the residues. By using these residue correlations, statistical mechanical formulations were derived to relate the cooperativity between the methylated residues to the distance fluctuations at residue level. According to the correlation function results, the cross-regulation patterns between the modifications were predicted on statistical thermodynamics basis.
Benzer Tezler
- Esansiyel trombositemi ve primer miyelofibroz olgularında TET2 mutasyonu
TET2 Mutations in essential trombocytemia and primary myelofibrosis cases
CAN TURAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Hematolojiİstanbul Bilim Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. REYHAN DİZ KÜÇÜKKAYA
- Konsolidasyon özelliklerinin arttırılmış veri seti ile istatistiksel analizi
Statistical analysis of consolidation parameters with data set increased
ESRA KAHRAMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. M. AYŞEN LAV
- Optik ve radar uydu görüntüleri kullanılarak zeytinin farklı fenolojik dönemlerindeki özelliklerinin araştırılması
Properties determination of olive at different phenological periods by using optical and radar satellite images
MEHMET CENGİZ ARSLANOĞLU
Doktora
Türkçe
2019
ZiraatTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiBiyosistem Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELÇUK ALBUT
- Su toplama havzalarının analizinde benzeşim karakteristiklerinin saptanması
The Determination of similarity characteristics in the analysis of watersheds
RİFAT M. ÖNAL
Doktora
Türkçe
1992
ZiraatAnkara ÜniversitesiTarımsal Yapılar ve Sulama Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CENGİZ OKMAN
- Marmara Bölgesi için havacılık amaçlı gözlem rasatları ile aletli gözlem rasatları arasındaki ilişkinin yıldırım ve şimşek hadiseleri için ortaya konulması
Investigation of the relationship between aviation reports and instrumental observations for lightning incident in Marmara Region
VELİ YAVUZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Meteorolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMeteoroloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ DENİZ