Geri Dön

Determination of statistical correlations between methylated lysine residues of histone H3 tail by molecular dynamics simulations

Moleküler dinamik simülasyonlarıyla histon H3 kuyruğundaki metillenmiş lizin amino asitleri arasındaki istatistiksel korelasyonların belirlenmesi

  1. Tez No: 246839
  2. Yazar: DENİZ ŞANLI
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZLEM KESKİN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Genetik, Bioengineering, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 56

Özet

Histon proteinlerinin post-translasyonel modifikasyonları, ?histon kodu? hipotezinin ortaya atılmasından itibaren Moleküler Biyolojinin en önemli konularından biri haline gelmiştir. Histon H3 kuyruğu, histon proteinlerinin en çok çalışılanı olup, birçok kimyasal modifikasyona uğrayarak farklı fizyolojik prosesleri etkilediği bilinmektedir. Bununla birlikte, son yıllarda yapılan çalışmalarla farklı modifikasyonlar arasında iletişim olduğu ortaya çıkmıştır. Bu modifikasyonların birçoğunun hücre içi etkilerinin bilinmesine rağmen, farklı modifikasyonlar arasındaki bu dinamik iletişimin detaylı mekanizması çözümlenmeyi beklemektedir. Bu çalışmada, histone H3 lizin 4 (H3K4) ve histone H3 lizin 9 (H3K9) metilasyonları arasındaki cooperativitenin, Moleküler Dinamik (MD) simülasyonları ile incelenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, üç farklı histon H3 kuyruğunun (modifiye edilmemiş H3 kuyruğu, üç metil grubu eklenmiş K4 (H3K4me3), üç metil grubu eklenmiş K9 (H3K9me3)) MD simulasyonları gerçekleştirilmiştir. Bunu takiben, amino asitler arasındaki uzaklık değişimi korelasyonlarının araştırılması amacıyla Mod Analizi uygulanmıştır. Bu korelasyonlar yardımıyla, cooperativiteyi uzaklık değişimleri ile ilişkilendirmek amacıyla istatistiksel mekanik formülasyonları elde edilmiştir. Korelasyon fonksiyonu sonuçlarına göre modifikasyonlar arasındaki kontrol mekanizması, istatistiksel temodinamik bazında belirlenmiştir.

Özet (Çeviri)

Post-translational modifications of histone tails have been a very favored topic in Molecular Biology since the proposal of“histone code”hyphothesis. Histone H3 tail is the most well-known one of the histone proteins that undergoes several chemical modifications thus affecting a variety of physiological processes. Moreover, an expanding knowledge of communications between different modifications have emerged in recent years. Although the downstream outcomes of the most of these modifications have been revealed, the detailed mechanism of this dynamic cross-talk between different modifications still remain to be elucidated. In this study, the cooperativity between histone H3 lysine 4 (H3K4) and lysine 9 (H3K9) methylations were aimed to be investigated by Molecular Dynamics (MD) simulations. For this purpose, MD simulations of three types of H3 tails (unmodified H3 tail, tri-methylated K4 (H3K4me3), tri-methylated K9 (H3K9me3)) were carried out. Subsequently, Modal Analysis was performed to the trajectories in order to reveal the distance fluctuation correlations between the residues. By using these residue correlations, statistical mechanical formulations were derived to relate the cooperativity between the methylated residues to the distance fluctuations at residue level. According to the correlation function results, the cross-regulation patterns between the modifications were predicted on statistical thermodynamics basis.

Benzer Tezler

  1. Esansiyel trombositemi ve primer miyelofibroz olgularında TET2 mutasyonu

    TET2 Mutations in essential trombocytemia and primary myelofibrosis cases

    CAN TURAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Hematolojiİstanbul Bilim Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. REYHAN DİZ KÜÇÜKKAYA

  2. Konsolidasyon özelliklerinin arttırılmış veri seti ile istatistiksel analizi

    Statistical analysis of consolidation parameters with data set increased

    ESRA KAHRAMAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. M. AYŞEN LAV

  3. Optik ve radar uydu görüntüleri kullanılarak zeytinin farklı fenolojik dönemlerindeki özelliklerinin araştırılması

    Properties determination of olive at different phenological periods by using optical and radar satellite images

    MEHMET CENGİZ ARSLANOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatTekirdağ Namık Kemal Üniversitesi

    Biyosistem Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SELÇUK ALBUT

  4. Su toplama havzalarının analizinde benzeşim karakteristiklerinin saptanması

    The Determination of similarity characteristics in the analysis of watersheds

    RİFAT M. ÖNAL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1992

    ZiraatAnkara Üniversitesi

    Tarımsal Yapılar ve Sulama Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CENGİZ OKMAN

  5. Marmara Bölgesi için havacılık amaçlı gözlem rasatları ile aletli gözlem rasatları arasındaki ilişkinin yıldırım ve şimşek hadiseleri için ortaya konulması

    Investigation of the relationship between aviation reports and instrumental observations for lightning incident in Marmara Region

    VELİ YAVUZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Meteorolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Meteoroloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALİ DENİZ