Determination of statistical correlations between methylated lysine residues of histone H3 tail by molecular dynamics simulations
Moleküler dinamik simülasyonlarıyla histon H3 kuyruğundaki metillenmiş lizin amino asitleri arasındaki istatistiksel korelasyonların belirlenmesi
- Tez No: 246839
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZLEM KESKİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Biyomühendislik, Genetics, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Histon proteinlerinin post-translasyonel modifikasyonları, ?histon kodu? hipotezinin ortaya atılmasından itibaren Moleküler Biyolojinin en önemli konularından biri haline gelmiştir. Histon H3 kuyruğu, histon proteinlerinin en çok çalışılanı olup, birçok kimyasal modifikasyona uğrayarak farklı fizyolojik prosesleri etkilediği bilinmektedir. Bununla birlikte, son yıllarda yapılan çalışmalarla farklı modifikasyonlar arasında iletişim olduğu ortaya çıkmıştır. Bu modifikasyonların birçoğunun hücre içi etkilerinin bilinmesine rağmen, farklı modifikasyonlar arasındaki bu dinamik iletişimin detaylı mekanizması çözümlenmeyi beklemektedir. Bu çalışmada, histone H3 lizin 4 (H3K4) ve histone H3 lizin 9 (H3K9) metilasyonları arasındaki cooperativitenin, Moleküler Dinamik (MD) simülasyonları ile incelenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, üç farklı histon H3 kuyruğunun (modifiye edilmemiş H3 kuyruğu, üç metil grubu eklenmiş K4 (H3K4me3), üç metil grubu eklenmiş K9 (H3K9me3)) MD simulasyonları gerçekleştirilmiştir. Bunu takiben, amino asitler arasındaki uzaklık değişimi korelasyonlarının araştırılması amacıyla Mod Analizi uygulanmıştır. Bu korelasyonlar yardımıyla, cooperativiteyi uzaklık değişimleri ile ilişkilendirmek amacıyla istatistiksel mekanik formülasyonları elde edilmiştir. Korelasyon fonksiyonu sonuçlarına göre modifikasyonlar arasındaki kontrol mekanizması, istatistiksel temodinamik bazında belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Post-translational modifications of histone tails have been a very favored topic in Molecular Biology since the proposal of“histone code”hyphothesis. Histone H3 tail is the most well-known one of the histone proteins that undergoes several chemical modifications thus affecting a variety of physiological processes. Moreover, an expanding knowledge of communications between different modifications have emerged in recent years. Although the downstream outcomes of the most of these modifications have been revealed, the detailed mechanism of this dynamic cross-talk between different modifications still remain to be elucidated. In this study, the cooperativity between histone H3 lysine 4 (H3K4) and lysine 9 (H3K9) methylations were aimed to be investigated by Molecular Dynamics (MD) simulations. For this purpose, MD simulations of three types of H3 tails (unmodified H3 tail, tri-methylated K4 (H3K4me3), tri-methylated K9 (H3K9me3)) were carried out. Subsequently, Modal Analysis was performed to the trajectories in order to reveal the distance fluctuation correlations between the residues. By using these residue correlations, statistical mechanical formulations were derived to relate the cooperativity between the methylated residues to the distance fluctuations at residue level. According to the correlation function results, the cross-regulation patterns between the modifications were predicted on statistical thermodynamics basis.
Benzer Tezler
- Esansiyel trombositemi ve primer miyelofibroz olgularında TET2 mutasyonu
TET2 Mutations in essential trombocytemia and primary myelofibrosis cases
CAN TURAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Hematolojiİstanbul Bilim Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. REYHAN DİZ KÜÇÜKKAYA
- Cerrahi sonrası hastalar için nöropatik ağrı ölçeği'nin Türkçe geçerlik güvenirlik çalışması ve postoperatif nöropatik ağrının uyku kalitesi ile ilişkisinin belirlenmesi
Turkish validity and reliability study of the postoperative neuropathic pain scale for patients and determination of the relationship between postoperative neuropathic pain and sleep quality
KÜBRA KALINCA TOPCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
HemşirelikAtatürk ÜniversitesiCerrahi Hastalıklar Hemşireliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEYNEP KARAMAN ÖZLÜ
- Türk toplumundaki bireylerin diş boyutları ile yüz oranları arasındaki ilişkinin belirlenmesi
Determination of the relationship between tooth dimensions and face ratios of individuals in turkish society
FERİDUN ABAY
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2025
Diş HekimliğiOrdu ÜniversitesiOrtodonti Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN ÖZKAN
- Evli kadınların cinsel özgüven düzeyleri ile cinsel yaşam kalitesi arasındaki ilişkinin belirlenmesi
Determination of the relationship between married women's sexual self-confidence levels and their sexual life quality
ZEHRA SELEN DOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Kadın Hastalıkları ve DoğumSivas Cumhuriyet ÜniversitesiDoğum ve Kadın Hastalıkları Hemşireliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİLÜFER TUĞUT
- Süt sığırlarında besin madde tüketimi ve bazı kan metabolizma değerleri ile döl verimi ilişkilerinin saptanması
Determination of relationships between reproduction parameters and nutrient intake and some blood metabolites in dairy cows
ENGİN ÜNAY