Computer-aided characterization of proteins and anticancer agents
Proteinlerin ve kanser ilaçlarının bilgisayar destekli karakterizasyonu
- Tez No: 82935
- Danışmanlar: PROF. DR. İVET B. BAHAR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 1999
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 148
Özet
ÖZET Moleküler biyolojideki gelişmeler, biyolojik sistemlerin ve hastalıkların analizinde yeni yaklaşımlar ortaya koymuştur. Biyomoleküler sistemlerin denge ve fonksiyon temellerini incelemek amacı ile bilgisayar destekli modelleme çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Bunun için, protein yapılarını ve ilaç aktivitelerini içeren bilgi bankaları istatistiksel yöntemlerle incelenmiştir. îlk aşamada, yanal grupların yerleşme özellikleri ve ampirik çözücü etkisi altında etkileşme potansiyellerinin değişimi incelenmiştir. Amino asit tipine özgü ve ana zincirin yapısına bağlı bir yanal yapı izomer kümesi oluşturmak üzere 302 benzer olmayan proteinin kristal yapısı incelenmiştir. Bu izomerik konumlar daha sonra yanal grupların yerleştirilmesinde kullanılmış, sonuç olarak gerçek yapılara göre 1.35 Â'luk ortalama karekök sapma değeri olan yapılar elde edilmiştir. Öte yandan, 152 protein-protein bileşiğinin yüzeysel bölgeleri, çözücü ve rezidü etkisi altında enerji parametreleri elde atmek için incelenmiştir. Çözücü etkisi altındaki potansiyellerin daha ayırt edici oldukları gözlemlenmiştir. Daha sonra, yumurta beyazından elde edilen lizozom proteinin termodinamik özelliklerini belirlemek amacı ile deneysel bir çalışma gerçekleştirilmiştir. Polivinil pirolidon polimerinin proteinin çözülmüş globüler durumu üzerindeki etkisi incelenmiştir. Polimerle işlenmiş proteinin ısısal davranışındaki değişim diferansiyel taramalı kalorimetre ile değişik pH ortamlannda araştırılmıştır. Gerçek yapıdan çözülmüş globüler yapıya, oradan da bozulmuş yapıya geçiş sıcaklıkları ölçülmüştür. Geçiş sıcaklıklarının düşen pH değerleri ile azaldığı tespit edilmiştir. Son olarak, 122 kanser ilacı, 60 çeşit insan tümörü üzerindeki aktivitelerine göre istatistiksel yöntemlerle sınıflandırılmıştır. Bileşikler buna göre iki ana gruba bölünmüştür: îlk grup DNA'ya zarar veren, ikinci grup ise nükleotit biosentezini ve mitoz bölünmeyi azaltan ilaçlardan oluşmuştur. Bu çalışmada biyolojik sistemlerin kinetik ve termodinamik özellikleri incelenerek, ilgili biyofiziksel proseslerinin denetlenmesine yönelik bilgi elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
IV ABSTRACT The development of molecular biology opened up new approaches to the molecular analysis of biological systems and diseases. Computer-aided modeling studies are performed to investigate the principles dominating the stability and function of biomolecular systems. To this aim, databases of protein structures and drug activities are examined by statistical methods. First, the packing characteristics of sidechains and the effect of connectivity on empirical solvent-mediated potentials are examined. 302 non homologous protein structures are analyzed to extract a residue-specific backbone-dependent library for sidechains. The isomeric states are utilized in packing sidechains which results an average root-mean-square deviation of 1.35 Â with respect to native structures. On the other hand, the interfacial regions of 152 protein complexes are examined by similar statistical methods for extracting energy parameters corresponding to inter-residue interactions under solvent- and residue-mediation. The solvent-mediated potentials are shown to be significantly more residue-specific and thereby discriminative compared to the residue-mediated ones. An experimental study is carried out to visualize thermodynamics of hen egg white lysozyme protein. The effect of polyvinyl pyrrolidone on the stability of the molten globular state is studied. The thermal behavior of the polymer-processed protein is examined by differential scanning calorimetry at different pH. Two transition temperatures for the changes: native (N)->molten globule (MG), and MG-»denatured (D) are observed. The transition temperatures are observed to decrease with decreasing acidity of the solution. 122 anticancer agents are characterized by their growth inhibitory activities against 60 human tumor types. Clustering segregates the compounds into two major groups: The first includes the compounds that act as DNA-damaging agents while the second includes those which inhibit nucleotide biosynthesis and thereby mitosis. The present examination of thermodynamic and kinetic aspects of several biological systems provides insight as to the biophysical principles of the related processes.
Benzer Tezler
- Benzotiyazol türevi kalkonların sentezi, biyolojik aktivite, teorik hesaplama ve moleküler yerleştirme çalışmaları
Synthesis, biological activity, theoretical calculation, and molecular docking studies of benzothiazole derivative chalcones
AHMAD BADREDDIN MUSATAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
KimyaSakarya ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ZENGİN
DOÇ. DR. ALPARSLAN ATAHAN
- Yeni anti-theilerial ilaçların geliştirilmesi için theileria annulata peptidil prolil izomeraz geninin klonlanması ve inhibitör adaylarının in silico incelenmesi
Theileria annulata peptidyl prolyl isomerase gene cloning and in silico analysis of candidate inhibitors for new anti-theilerial drug design
SEZEN SPAHI
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK BALIK
- Development of 3D food printer and use of mushrooms in 3D food printer within the scope of new plant-based food production
3D gıda yazıcısı geliştirme ve mantarların bitkisel bazlı yeni ürün geliştirme çalışmaları kapsamında 3D yazıcıda kullanımı
EVREN DEMİRCAN
Doktora
İngilizce
2023
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BERAAT ÖZÇELİK
- Delaunay teselasyonu sonucunda elde edilen tetrahedronların küresellik değerleri ile protein yüzeylerinin ve protein komplekslerinin arayüzlerinin karakterizasyonu
Characterization of the surfaces of proteins and the interfaces of protein complexes with the sphericity values of tetrahedra obtained by Delaunay tesselation
MEHMET GEZGİNCİ
Doktora
Türkçe
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELİFE ZERRİN BAĞCI
- Meme kanserinin PD-L1 proteinleri aracılığıyla potansiyel teşhisine yönelik yeni nesil benzotiyazol türevlerinin sentezi ve karakterizasyonu
Synthesis and characterization of new generation benzothiazole derivatives for potential diagnosis of breast cancer through PD-L1 proteins
BÜŞRA YAZICI
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR ALPTÜRK
DR. ÖZGÜR YILMAZ