Molecular identification of differentially expressed zinc related genes in cultivated bread wheat
Modern ekmeklik buğdayda, farklı ifade edilen çinko ile iliskili genlerin moleküler karakterizasyonu
- Tez No: 223774
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HİKMET BUDAK, PROF. DR. İSMAİL ÇAKMAK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Zn ile iliskili genler, Zn eksikligi, ekmeklik bugday, mRNAdifferential display, Zn-responsive genes, Zn deficiency, bread wheat, mRNA differentialdisplay
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 86
Özet
Çinko (Zn) bitki türlerinin büyümesi için mutlak gerekli bir mikro besin elementedir.Çinko özellikle biyolojik membranların ve enzimlerin yapısal ve islevsel bütünlügü içingerekmektedir. Dolaysıyla, Zn eksikliginde bitkilerin büyüme ve gelismesinde siddetliazalmalar ortaya çıkar. Bitki türleri içinde bugday Zn eksikligine karsı çok duyarlı bir türolarak bilinir. Bitkilerin Zn eksikligine dayanıklılıgını belirleyen moleküler mekanizmalarhakkında çok az bilgi bulunmaktadır. Burada sunulan tez çalısmasının amacı seçilmis birmodern ekmeklik bugday genotipinde degisik dozlardaki Zn uygulamaları sonucu farklıolarak ifade edilen cDNA parçalarını incelemekti. Bu amaç dogrultusunda, belirli sayıdamodern ekmeklik bugday genotipi kullanılarak bir tarama çalısması gerçeklestirildi. Butarama çalısmasında Zn eksikligine dayanıklılık açısından genotipsel olarak kayda deger birvaryasyon gözlemlendi. Tüm ekmeklik modern bugday genotipleri arasından, çinkoeksikligine en dayanıklı genotip olarak Bezostaja belirlendi.Bu çalısmada PCR'a dayalı DNA isaretleyici yöntemlerinden mRNA differentialdisplay metodu kullanılarak, farklı çinko doz uygulamaları sonucunda seçilen ekmeklikbugday genotipinin ifade profili incelenmistir. Bu metod aracılıgı ile, 20 farklı ifade edilencDNA parçası gözlemlenmistir. zole edilen, klonlanan ve dizilimleri bulunan bu 20 cDNAparçasından 14'ü daha önceden belirlenmis, alkol dehidrogenaze, cystathionine gammasynthase, ve cation diffusion facilitator family transporter içeren protein gibi bazı proteindizilimlerine benzerlik göstermistir.
Özet (Çeviri)
Zinc (Zn) is an essential micronutrient required for adequate growth of plant species.Zinc is particularly needed for structural and functional integrity of enzymes and biologicalmembranes and directly involved in synthesis of protein. Consequently, Zn deficiency resultsin severe decreases in growth and yield. Among the crop species, wheat is very sensitive toZn deficiency. There is very limited information on the molecular mechanisms affectingexpression of high Zn deficiency tolerance. Our objective in this study is, therefore, toidentify the differentially expressed cDNA fragments in response to varying levels of Znapplications in a tolerant cultivated wheat genotype. For this purpose, we performed ascreening experiment by using a number of cultivated bread wheat genotypes which displayeda considerable variation in response to Zn deficiency. Among various modern bread wheatgenotypes tested, Bezostaja was selected as the most tolerant genotype. mRNA differentialdisplay method has been used to study the expression profile of Bezostaja genotype exposedto different Zn treatments. We observed 20 differentially expressed cDNA bands by usingmRNA differential display. Out of 20 cDNA fragments that were isolated, cloned andsequenced, 14 cDNAs displayed similarity with previously identified metal Zn bindingproteins and enzymes such as; alcohol dehydrogenase, cystathionine gamma synthase, andcation diffusion facilitator family transporter containing protein.
Benzer Tezler
- Çinko eksik koşullarda yetiştirilmiş Hordeum spontaneum C. Koch gövdesinden kurulmuş baskılayıcı çıkarım hibridizasyon kütüphanesinden seçilen cDNA'ların moleküler ve biyoinformatik analizleri
Molecular and bioinformatics analysis of cDNA's selected from stem suppression subtractive hybridization library of Hordeum spontaneum C. Koch grown under zinc deficient conditions
BAHAR IŞIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
GenetikYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ŞENAY VURAL KORKUT
- Genetic and genomic architecture of salt tolerance in bread wheat
Ekmeklik buğdayda tuz toleransının genetik ve genomik mimarisi
BABAR HUSSAIN
Doktora
İngilizce
2018
BiyolojiSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
Prof. Dr. HİKMET BUDAK
- Identification of interconnected markers for T-cell acute lymphoblastic leukemia
T-hücresi akut lenfoblastik lösemi için birbirine bağlı marker tanımlanması
EMİNE GÜVEN MAIOROV
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
BiyoistatistikKoç ÜniversitesiBiyokimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM KESKİN
- Hiperkolesterolemik tavşanlarda aorta dokusunda farklı olarak eksprese edilen proteinlerin tanımlanması
Identification of differentially expressed proteins in hypercholesterolemic rabbit aorta tissue
ELİF KAĞA
- Analysis of differentially expressed genes in breast cancer: BRCA1-induced gene expression profiles and meta-analysis gene signature
Meme kanserinde farklılaşmış ifade gösteren genlerin analizi: BRCA1 tarafından indüklenen gen ifade profilleri ve meta-analiz gen imzası
BALA GÜR DEDEOĞLU
Doktora
İngilizce
2009
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. IŞIK G. YULUĞ