Molecular interactions leading to initiation of transcription: A computational study
Transkripsiyon başlangıcını sağlayan moleküler etkileşimler: Hesapsal bir çalışma
- Tez No: 224035
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CENK SELÇUKİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Biochemistry, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 53
Özet
Bu çalışmada, moleküler modelleme teknikleri kullanılarak, transkripsiyon başlangıcında, ilgili DNA promotor bölgelerinin seçiminden sorumlu olan ? proteininin bu işlevde önemli rol oynadığı düşünülen amino asit öğeleri çalışılmıştır. Çalışmada, hesaplanan potansiyel enerji ve optimizasyon sonucunda oluşan moleküler geometri esas alınmıştır. Daha önce, farklı metodlarla işlevleri gösterilen amino asit öğelerinin, bu görevleri bu defa moleküler modelleme teknikleri kullanılarak gösterilmiştir. Çalışmada, moleküler modelleme yoluyla elde edilen sonuçlar, daha önce X-ışnı kristallograsi ve moleküler genetik çalışmalarla elde edilen sonuçlarla örtüşmektedir, buna ek olarak, bu görevlerin yerine getirilmesinde, DNA promoter bölgesindeki nükleotidler/bazlar ve ilgili ? amino asitleri arasındaki moleküler etkileşimler ortaya çıkarılmış, transkripsiyon başlangıcı için gerekli olan bazı moleküler etkileşimler gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, amino acid residues of ?, which is responsible from the recognition of relevant promotor regions on DNA, were studied via molecular modeling techniques. Mainly, calculated energy and molecular geometry yielded after optimizations were used. Contributions of these amino acid residues, which were previously shown by different methods, were shown via molecular modeling techniques this time. Results of the study is supportive to the results obtained previously by X-ray crystallography and molecular genetics studies. In addition to that, interactions between nucleotides of promotor DNA and amino acids of ? were shown and specific molecular interactions required for transcription initiation were revealed.
Benzer Tezler
- Characterization of hoxb13 activity in prostate cancer
HOXB13 aktivitesinin prostat kanserindeki karakterizasyonu
BETÜL ERSOY FAZLIOĞLU
Doktora
İngilizce
2022
BiyolojiKoç ÜniversitesiHücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NATHAN ALLAN LACK
- Investigation of the effects of the bag-1 – hsc70/hsp70 interaction on the bag-1 complexes in erad mechanism and ubiquitin/proteasome system
Bag-1 – hsc70/hsp70 etkileşiminin erad yolağı ve ubikitin/proteazom sistemindeki bag-1 komplekslerine olan etkisinin incelenmesi
EZGİ BAŞTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi
Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods
GÜLŞAH AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- SA-4-1BBL as a platform to develop adjuvant systems for prophylactic and therapeutic vaccines
Başlık çevirisi yok
GÜNEŞ DİNÇ
- Synthesis of mono/di-[1-(2-anthryl)-1-phenylethylene] telechelic poly(methyl methacrylate), polystyrene, and polyisobutylene and related copolymerizations via photochemical reversible cycloaddition reactions
Mono/di-[1-(2-antril)-1-feniletilen telekelik poli(metil metakrilat), polistiren, ve poliisobütilen sentezi ve fotokimyasal tersinir bağlanma tepkimeleri yolu ile kopolimerizasyonları
ÇİMEN ÖZGÜÇ
Doktora
İngilizce
2018
Polimer Bilim ve TeknolojisiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TURGUT NUGAY