Geri Dön

Phylogenetic analysis of 16S rRNA for determination of microbial community in anoxic marin sediments of Haliç

Mikrobiyal komünitenin belirlenmesi ile Haliç anoksik deniz sedimentlerinde 16S rRNA'nın filogenetik analizi

  1. Tez No: 224042
  2. Yazar: SEHER BAHAR AÇIKSÖZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. HAKAN BERMEK, PROF. DR. ORHAN İNCE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Çevre Mühendisliği, Environmental Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2008
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bölümü
  12. Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 80

Özet

Haliç tekstil, altın işleme, evsel ve endüstriyel atıksuların deşarjı ve tersanenin bulunması sebebiyle Türkiye' deki nehir ağızları arasından en çok kirlenenidir. Bölge İstanbul ve hatta Bizans döneminden beri eğlence yeri olmasından dolayı jeolojik öneme sahiptir.İlk defa olarak Haliç'in üç noktasından alınan anoksik deniz sedimentleri kimyasal analizler ve DNA'ya dayalı filogenetik metodlarla ?Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)?, arkea ve bakterilere spesifik oligonükleotid primerlerle Polymerase Chain Reaction (PCR) ve klonlama yöntemleriyle mikrobiyal kommünite analizi yapılmıştır.Oluşturulan klon kütüphanesi sonuçları şöyledir: Valide Sultan Köprüsündeki dominant arkeal klonlar sırasıyla kültür edilmemiş arke % 29,5, , Methanosarsinales %16, kültür edilmemiş ökaryot %9.8, Methanomikrobiales %8.1, Eyüp bölgesinde kültür edilmemiş arke %26.6, kültür edilmemiş ökaryot %13.3, Metanosaeta %10, Metanomikrobiales %10, Metanosarsina %5, Methanogenik endosimbiont %5, Metanosarsinales %3.3, belirlendi ve Adalar Sonrası bölgesinde kültür edilmemiş arke %19.3, Metanosaeta %16.1, Metanosarsinales %11.2, Metanomikrobiales %9.6, Metanospirillase %9.6. Dominant bakteriyel klon tipleri Valide Sultan Köprüsü ve Eyüp bölgelerinde Epsilon ve Deltaproteobakteri grubuna aittir. Adalar Sonrası bölgesinde ise Klorofleksi dominant gruptur.Bu sonuçlar gösteriyor ki metan ve sülfür bileşiklerinin bu yoğun kirli bölgelerdeki mikrobiyal kommünite tarafından kullanılması enerji üretiminin temelini oluşturur. Ortaya çıkartılan organizmaların sekans sonuçları potansiyel olarak anaerobik metan oksidasyonuna ve sülfat redüklenmesiyle alakalıdır.

Özet (Çeviri)

Haliç has been the most polluted estuarine environment in Turkey that is exposed to textile, shipyard, pharmaceutical, domestic and gold processing wastewaters. The region is important because of geological position that has been the most popular recreation area in İstanbul and also in Bizantium period.The microbial community of the anoxic sediments of the three stations of Haliç was analysed for the first time in terms of chemical analyses and DNA-based molecular phylogenetic methods including Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) and performing Polymerase Chain Reaction (PCR) and cloning 16S rRNA genes amplified with Bacteria and Archaea-specific primers and sequencing.The results indicated dominant archael clone sequences in Valide Sultan Köprüsü (H3) station belong to order uncultured archaeon %29.5, Methanosarcinales %16, uncultured Eucaryotha %9.8, Methanomicrobiales %8.1, in Eyüp (H4) station we identified members of uncultured archaeon %26.6, uncultured eucaryotha %13.3, Methanosaeta %10, Methanomicrobiales %10, Methanosarcina %5, Methanogenic endosymbiont %5, Methanosarcinales %3.3, and Adalar Sonrası (H1) stations belong to order uncultured archaeon %19.3, Methanosaeta %16.1, Methanosarcinales %11.2, Methanomicrobiales %9.6, Methanospirillaceae %9.6 respectively. Dominant bacterial clone types in H3 and H4 belong to Epsilon and Delta-proteobacteria group. Chloroflexi is the dominant clone type in H1 station.These results suggest that utilization and cycling of methane and sulfur compounds may play the major role in the energy production and maintainence of microbial communities in these highly polluted environments. Sequences oforganisms potentially associated with processes such as anaerobic methane oxidation and sulfate reduction were thus identified.

Benzer Tezler

  1. Microbiota analysis in dishwashers by using the next generation sequencing

    Bulaşık makinalarındaki mikrobiotanın belirlenmesinde yeni nesil dna dizi analiz tekniğinin kullanılması

    DUYGU KAVADARLI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NEVİN GÜL-KARAGÜLER

    PROF. DR. MELEK TÜTER

  2. Maruldan izole edilen mikroorganizmaların biyokimyasal ve moleküler yöntemlerle tanılanması, fitaz ve kitinaz aktivitelerinin tayini

    Biochemical and molecular identification, chitinase and phytase activity determination of microorganisms isolated from lettuce

    YUNUS IŞIK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyoteknolojiAtatürk Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NESLİHAN DİKBAŞ

  3. Kars Kağızman Kötek köyü ve Erzurum Pasinlerdeki termal su kaynaklarındaki bakteri çeşitliliğinin tanımlanması, karakterizasyonu ve çeşitli hidrolaz enzimleri üretebilme potansiyellerinin belirlenmesi

    Identification, characterization, and determination of the potential to produce various hydrolytic enzymes of bacterial diversity in the hot spring sources of Kötek village in Kars Kağızman and Pasinler in Erzurum

    MUHAMMED MEHDİ ERDOĞAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyomühendislikKafkas Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ORHAN ULUÇAY

  4. Kibyra antik popülasyonunda arkeogenomik analizlerle paleopatoloji etmeninin tespiti

    Determination of paleopathology factor in the ancient population of Kibyra by archaeogenomic analysis

    SEVGİ YORULMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    AntropolojiHacettepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE MERGEN

  5. Ham derilerden izole edilen halofilik arkelerin hidrolitik enzim kapasitelerinin belirlenmesi, fenotipik ve filogenetik olarak tanımlanması

    Determination of hydrolytic capabilities of halophilic archaea isolated from hides and skins and their phenotypic and phylogenetic identification

    SADİ TURGUT BİLGİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Biyoloji Bölümü

    DOÇ. BİNNUR MERİÇLİ YAPICI