Phylogenetic analysis of 16S rRNA for determination of microbial community in anoxic marin sediments of Haliç
Mikrobiyal komünitenin belirlenmesi ile Haliç anoksik deniz sedimentlerinde 16S rRNA'nın filogenetik analizi
- Tez No: 224042
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HAKAN BERMEK, PROF. DR. ORHAN İNCE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Çevre Mühendisliği, Environmental Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bölümü
- Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
Haliç tekstil, altın işleme, evsel ve endüstriyel atıksuların deşarjı ve tersanenin bulunması sebebiyle Türkiye' deki nehir ağızları arasından en çok kirlenenidir. Bölge İstanbul ve hatta Bizans döneminden beri eğlence yeri olmasından dolayı jeolojik öneme sahiptir.İlk defa olarak Haliç'in üç noktasından alınan anoksik deniz sedimentleri kimyasal analizler ve DNA'ya dayalı filogenetik metodlarla ?Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)?, arkea ve bakterilere spesifik oligonükleotid primerlerle Polymerase Chain Reaction (PCR) ve klonlama yöntemleriyle mikrobiyal kommünite analizi yapılmıştır.Oluşturulan klon kütüphanesi sonuçları şöyledir: Valide Sultan Köprüsündeki dominant arkeal klonlar sırasıyla kültür edilmemiş arke % 29,5, , Methanosarsinales %16, kültür edilmemiş ökaryot %9.8, Methanomikrobiales %8.1, Eyüp bölgesinde kültür edilmemiş arke %26.6, kültür edilmemiş ökaryot %13.3, Metanosaeta %10, Metanomikrobiales %10, Metanosarsina %5, Methanogenik endosimbiont %5, Metanosarsinales %3.3, belirlendi ve Adalar Sonrası bölgesinde kültür edilmemiş arke %19.3, Metanosaeta %16.1, Metanosarsinales %11.2, Metanomikrobiales %9.6, Metanospirillase %9.6. Dominant bakteriyel klon tipleri Valide Sultan Köprüsü ve Eyüp bölgelerinde Epsilon ve Deltaproteobakteri grubuna aittir. Adalar Sonrası bölgesinde ise Klorofleksi dominant gruptur.Bu sonuçlar gösteriyor ki metan ve sülfür bileşiklerinin bu yoğun kirli bölgelerdeki mikrobiyal kommünite tarafından kullanılması enerji üretiminin temelini oluşturur. Ortaya çıkartılan organizmaların sekans sonuçları potansiyel olarak anaerobik metan oksidasyonuna ve sülfat redüklenmesiyle alakalıdır.
Özet (Çeviri)
Haliç has been the most polluted estuarine environment in Turkey that is exposed to textile, shipyard, pharmaceutical, domestic and gold processing wastewaters. The region is important because of geological position that has been the most popular recreation area in İstanbul and also in Bizantium period.The microbial community of the anoxic sediments of the three stations of Haliç was analysed for the first time in terms of chemical analyses and DNA-based molecular phylogenetic methods including Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) and performing Polymerase Chain Reaction (PCR) and cloning 16S rRNA genes amplified with Bacteria and Archaea-specific primers and sequencing.The results indicated dominant archael clone sequences in Valide Sultan Köprüsü (H3) station belong to order uncultured archaeon %29.5, Methanosarcinales %16, uncultured Eucaryotha %9.8, Methanomicrobiales %8.1, in Eyüp (H4) station we identified members of uncultured archaeon %26.6, uncultured eucaryotha %13.3, Methanosaeta %10, Methanomicrobiales %10, Methanosarcina %5, Methanogenic endosymbiont %5, Methanosarcinales %3.3, and Adalar Sonrası (H1) stations belong to order uncultured archaeon %19.3, Methanosaeta %16.1, Methanosarcinales %11.2, Methanomicrobiales %9.6, Methanospirillaceae %9.6 respectively. Dominant bacterial clone types in H3 and H4 belong to Epsilon and Delta-proteobacteria group. Chloroflexi is the dominant clone type in H1 station.These results suggest that utilization and cycling of methane and sulfur compounds may play the major role in the energy production and maintainence of microbial communities in these highly polluted environments. Sequences oforganisms potentially associated with processes such as anaerobic methane oxidation and sulfate reduction were thus identified.
Benzer Tezler
- Microbiota analysis in dishwashers by using the next generation sequencing
Bulaşık makinalarındaki mikrobiotanın belirlenmesinde yeni nesil dna dizi analiz tekniğinin kullanılması
DUYGU KAVADARLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEVİN GÜL-KARAGÜLER
PROF. DR. MELEK TÜTER
- Maruldan izole edilen mikroorganizmaların biyokimyasal ve moleküler yöntemlerle tanılanması, fitaz ve kitinaz aktivitelerinin tayini
Biochemical and molecular identification, chitinase and phytase activity determination of microorganisms isolated from lettuce
YUNUS IŞIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyoteknolojiAtatürk ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NESLİHAN DİKBAŞ
- Kars Kağızman Kötek köyü ve Erzurum Pasinlerdeki termal su kaynaklarındaki bakteri çeşitliliğinin tanımlanması, karakterizasyonu ve çeşitli hidrolaz enzimleri üretebilme potansiyellerinin belirlenmesi
Identification, characterization, and determination of the potential to produce various hydrolytic enzymes of bacterial diversity in the hot spring sources of Kötek village in Kars Kağızman and Pasinler in Erzurum
MUHAMMED MEHDİ ERDOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyomühendislikKafkas ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ORHAN ULUÇAY
- Kibyra antik popülasyonunda arkeogenomik analizlerle paleopatoloji etmeninin tespiti
Determination of paleopathology factor in the ancient population of Kibyra by archaeogenomic analysis
SEVGİ YORULMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
AntropolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE MERGEN
- Ham derilerden izole edilen halofilik arkelerin hidrolitik enzim kapasitelerinin belirlenmesi, fenotipik ve filogenetik olarak tanımlanması
Determination of hydrolytic capabilities of halophilic archaea isolated from hides and skins and their phenotypic and phylogenetic identification
SADİ TURGUT BİLGİ
Doktora
Türkçe
2012
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Bölümü
DOÇ. BİNNUR MERİÇLİ YAPICI