Memeli kültür hücrelerinde hücre içi kalsiyum sinyalinde görev alan elemanların entegre bir sistem olarak incelenmesi
Examination of cooperation of the elements taking part in intracellular calcium signaling as an integrated system in mammalian culture cells
- Tez No: 225361
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET UĞUR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 73
Özet
Kalsiyum (Ca2+), hücre içi ve hücreler arası iletişimde çok önemli görevleri olan bir iyondur. Memeli kültür hücrelerindeki Ca2+ sinyal mekanizmasında görev alan başlıca elemanlar, hücre içi Ca2+ deposu görevi gören endoplazmik retikulum, depodaki Ca2+'un sitoplazmaya çıkışını sağlayan inositol 1,4,5-trisfosfat (IP3) reseptörü (IP3R), bu reseptörün fonksiyonunu düzenleyen IP3 ve Ca2+, sitoplazmadaki Ca2+'u uzaklaştıran SERCA ve PMCA pompaları, ve hücre içi Ca2+ tamponlarıdır.Bu çalışmada, LEICA SP5 konfokal mikroskop kullanılarak HEK-293 ve LTK-8 hücrelerinde hücre içi Ca2+ derişimi ve IP3 kinetiği takip edilmiştir. SERCA inhibisyonu için CPA, PMCA'yı bloke etmek için ise lanthanum (La3+) kullanılmıştır. Daha sonra ise, bu çalışmada elde edilen bulgular, hücre içi Ca2+ sinyalini bir matematiksel model çevresinde bir araya getirmek için kullanılmıştır. Bu süreçte hücre içi değişkenlerin zamanla değişimini ifade eden denklemler, MATLAB tarafından sayısal olarak çözülmüştür. Bu denklemlerdeki parametreler, rastgele arama yöntemi ile belirlenmiştir.Oluşturulan matematiksel model sonucu yapılan simülasyonlar, deney datası ile temel noktalarda tutarlılık göstermektedir. Ca2+ osilasyonları ve kuantal Ca2+ yanıtları dahil pek cok kompleks olgu, kullanılan modelleme şeması ile açıklanabilmiştir. Ayrıca model, bu olguların altında yatan nedenlere dair de pek çok olası öngörüyü beraberinde getirmektedir. Bu sonuç, hücre içi kalsiyum sinyalinin modellenmesinde deneysel olarak doğrulanamayacak şekilde IP3R'ye pek cok ozellik atfeden modellerdense, sistemin butunune hakim olan görece basit modellerin, hem kompleks deneysel sonuçları açıklayabileceğini hem de sisteme dair daha iyi bir bakış açısı kazandırabileceğini örneklemektedir.
Özet (Çeviri)
Calcium (Ca2+) is a very important ion in intra- and intercellular signaling. Ca2+ acts as a signal molecule by the spatiotemporal changes in its concentration. Endoplasmic reticulum, inositol 1,4,5-trisphosphate (IP3) receptor (IP3R), IP3, Ca2+, SERCA, PMCA and Ca2+ buffers together regulate the Ca2+ signal.The experiments included tracking the cytosolic Ca2+ and IP3 changes in HEK-293 and LTK-8 cells. Also CPA and lanthanum (La3+) are used to block SERCA and PMCA, respectively. The results of these experiments are consequently used to implement a mathematical model of intracellular Ca2+ signaling. Throughout the modeling stage, the differential equations describing the cellular processes are numerically solved by MATLAB, which parameters are determined by random search constrained by actual measurements in the literature.The simulations performed with the constructed mathematical model are consistent with the data in its basic aspects. Many complicated phenomena such as quantal calcium release and calcium oscilations could be modeled with the given modelling framework. Furthermore, this model has the ability of making predictions and proposing mechanisms that determines the behaviour of the system. These results leads to the conclusion that instead of modeling IP3R in a complex manner by assuming that the behavior of the whole system depends on IP3R, a model describing the system as a whole is adequate to explain complex experimental data and provides better understanding about the mechanisms of this signaling.
Benzer Tezler
- miR-506 ifadesi arttirilan MCF-7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücrelerinde metforminin apoptotik hücre ölümü üzerine etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of metformin on apoptotic cell death in MCF-7 and MDA-MB-231 breast cancer cells with increased miR-506 expression
SURAYA QAYOUMI
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyolojiİstanbul Kültür ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZGE RENCÜZOĞULLARI
- A549 küçük hücreli dışı akciğer kanseri hücrelerinde cdk 4/6 inhibitörü palbociclib'in enflamasyon ile ilgili etkilerinin araştırılması
Investigation of infammation-related effects of cdk 4/6 inhibitor palbociclib in a549 non-small cell lung cancer cells
ŞULE KAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Biyolojiİstanbul Kültür ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP NARÇİN ÜNSAL
- HCT 116 ve HT 29 kolon karsinoma hücrelerinde epibrassinolid tarafından tetiklenen apoptotik süreçte poliaminlerin rolü
Başlık çevirisi yok
DENİZ COŞKUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Biyolojiİstanbul Kültür ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP NARÇİN ÜNSAL
- Effect of DNA topoisomerase IIß on transdifferentiation of mesenchymal stem cells into neural cells
DNA topoizomeraz IIß' nın mezenkimal kök hücrelerinin sinirsel transfarklılaşması üzerine etkisi
BÜŞRA MAMMADOV
- Immunomodulatory potential of human umbilical cord tissue-derived mesenchymal stromal cell (UCX®) exosomes in combination with immunosuppressive 'A151' oligodeoxynucleotide
İnsan göbek kordonu dokusundan elde edilen mezenkimal kök hücre (UCX®) eksozomlarının immünbaskılayıcı oligodeoksinükleotid A151 ile birlikte immün düzenleyici etkileri
ÖZLEM BULUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Allerji ve İmmünolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İHSAN GÜRSEL