Dünyanın değişik yörelerinden izole edilen Rhizoctonia zeae (Waitea circinata var. zeae) izolatlarının filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi
Determination of phylogenetic relationships of Rhizoctonia zeae (Waitea circinata var. zeae) isolates isolated from the various regions of the world
- Tez No: 233103
- Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM ÖZKOÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Waitea circinata var. zeae, Rhizoctonia zeae, PCR-RFLP, rDNA-ITS dizi analizi, Waitea circinata var. zeae, Rhizoctonia zeae, PCR-RFLP, rDNA-ITS sequence analysis
- Yıl: 2009
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 74
Özet
DÜNYANIN DEĞİŞİK YÖRELERİNDEN İZOLE EDİLEN Rhizoctonia zeae (Waitea circinata var. zeae) İZOLATLARININ FİLOGENETİK İLİŞKİLERİNİN BELİRLENMESİBu çalışmada, dünyanın değişik bölgelerinden izole edilmiş, Waitea circinata var. zeae izolatları (22 adet) kullanılmıştır.Çalışmalar sırasında, elde edilmiş olan izolatların öncelikle kültürel morfolojisi incelenmiş, bu özelliklerin literatürde belirtilen özelliklerle uyumlu olduğu tespit edilmiştir. İzolatların morfolojik olarak değişken olduğu belirlenmiş olsa da, kültürel morfolojiye dayalı olarak Waitea circinata var. zeae içinde altgrup ayrımı yapılamamıştır.Makroskobik anastomoz çalışmaları Waitea circinata türü içindeki izolatlar arasında genetik bir ilişkinin varlığını göstermiş fakat, bu özelliklerle ilişkili grupların ayrımı yapılamamıştır.İzolatlar genetik olarak 2 farklı yöntemle değerlendirilmiştir: rDNA-ITS PCR-RFLP ve rDNA-ITS dizi analizi. Her iki yöntemde de, öncelikle ITS 1 ve ITS 4 primerleri kullanılarak rDNA-ITS gen bölgesi PCR işlemi ile çoğaltılmıştır.PCR-RFLP çalışmasında, elde edilen DNA bölgesi saflaştırıldıktan sonra HhaI, MseI ve Taq?I restriksiyon enzimleri ile kesilmiştir. Enzimatik kesim sonucu oluşan şablonlar kullanılarak UPGMA ağacı elde edilmiştir. Elde edilen ağaç bazı izolatlar hariç grupların ayrılabildiğini ve her grup içindeki farklılıklar olduğunu göstermiştir.rDNA-ITS dizi analizi ile her bir izolatın ilgili DNA bölgesinin dizileri belirlenmiş ve hizalama yapıldıktan sonra 2 farklı filogenetik teknik ile analiz edilmiştir. Bu analizlerin sonucunda, grupların ayrımının rDNA-ITS dizi analiziyle PCR-RFLP'ye göre daha iyi bir şekilde yapılabildiği görülmüş ve özellikle Waitea circinata var. zeae içinde 2 alt grubun olabileceği ilk kez tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
DETERMINATION OF PHYLOGENETIC RELATIONSHIPS OF Rhizoctonia zeae (Waitea circinata var. zeae) ISOLATES ISOLATED FROM THE VARIOUS REGIONS OF THE WORLDIn this study, isolates of Waitea circinata var. zeae (22 piece), isolated from various regions of the world, were used.During studies, cultural morphologies of isolates obtained were examined and determined that these properties was in consonance with the literature. Although it was found out that isolates were different morphologically, subgroup differention in relation with these properties were not made.Macroscopic anastomosis reactions implied presence of genetic relationship among isolates within Waitea circinata var. zeae, but failed to differ the isolates.The isolates were analysed with 2 different genetic methods: rDNA-ITS PCR-RFLP and rDNA-ITS sequence analysis. For these two methods, rDNA-ITS regions were initially amplified by PCR using universal primers ITS1 and ITS 4.For PCR-RFLP analysis, the purified PCR products were digested with restriction enzymes HhaI, MseI and Taq?I. Then UPGMA trees were obtained using the resultant enzyme patterns. The tree revealed that the groups were able to distinguish from each other and differences in groups existed.With rDNA-ITS sequence analysis, phylogenetic relations between isolates were determined with 2 different phylogenetic algoritms (NJ and Parsimoni) after aligning the homolog DNA residues. In results of these analysis, it was determined that differentiation of the group could make better with ITS-sequence anlysis than those of PCR-RFLP and Waitea circinata var. zeae were able to cluster 2 sub-group at first time in the world.
Benzer Tezler
- Elma zararlıları Cydia pomonella ve Yponomeuta malinellus patoloji ve mikrobiyal kontrolleri
The Pathology and microbial control of apple pests, Cydia pomonella and Yponomeuta malinellus
ÖMER ERTÜRK
Doktora
Türkçe
2002
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZİHNİ DEMİRBAĞ
- Cumhuriyet Döneminde meydana gelen sel baskınları (1950-1970)
Sel functions in the Republican Period (1950-1970)
AHMET BURAK GÖNÜLLÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
TarihMarmara ÜniversitesiTürk Tarihi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SÜLEYMAN BEYOĞLU
- Doğal, tarihsel ve arkeolojik alanların turizm potansiyelinin belirlenmesi: Göller bölgesi örneği
The Determination of natural, historical and archeological sites for tourism potential: The case of lakes district
ALİ TÜRK
- Futbol ekonomisinde naklen yayın gelirlerinin bölüşümünün analizi
Analysis of sharing TV broadcast rights in economy of football
TOLGA GÜREŞ
- Türkiye'nin Filistin politikası (1945-1974)
Turkey?s policy towards Palestine (1945-1974)
ALİ BULDUM
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
TarihKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTarih Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA SITKI BİLGİN