PTPN11 gen mutasyonlarının noonan sendromlu hastalarda taranması
Screening for mutations in the PTPN11 gene in patients with noonan syndrome
- Tez No: 233820
- Danışmanlar: DOÇ.DR. MUSTAFA TEKİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Moleküler Tıp, Biotechnology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: DHPLC, DNA dizi analizi, Noonan sendromu, PTPN11, PCR, SSCP, DHPLC, DNA sequence analysis, Noonan syndrome, PTPN11, PCR, SSCP
- Yıl: 2006
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 47
Özet
Noonan sendromu (NS) otozomal dominant olarak kalıtılan yüzde sendroma özgü degisiklikler, boy kısalıgı, konjenital kalp defektleri, kriptorsidizm, lenfatik displazi, ögrenme güçlükleri ile tanı konulan bir hastalıktır. NS 1/1500-1/2500 dogumda görülür. NS'lu olguların yaklasık %50'sinde PTPN11 geninde mutasyonlar bulunmaktadır. PTPN11 geni tarafından kodlanan SHP-2 proteini bir ?non reseptör protein tirozin fosfataz? (PTP) proteinidir ve amino uçta N-SH2 ve C-SH2, karboksi uçta ise PTP bölgeleri olmak üzere üç bölgeden meydana gelmektedir. PTPN11'de meydana gelen mutasyonların çogu N-SH2 ve PTP bölgelerinde yer almaktadır, bu bölgeler proteinin aktif ve inaktif konformasyonları arasındaki degisimi düzenlemektedirler. Bu çalısmada klinik olarak NS tanısı alan 20 olguda daha önce içinde mutasyon tanımlanmıs PTPN11 geninin 8 eksonu taranmıstır. Bu 8 ekson PCR-SSCP, PCR-DHPLC ve PCR-DNA dizi analizi metodları ile taranmıstır. DNA dizi analizi sonucu üç olguda 8. eksonda p.Asn308Asp degisimi, bir olguda 3. eksonda p.Ala72Ser degisimi, bir olguda 3. eksonda p.Tyr63Cys degisimi ve bir olguda 3. eksonda p.Asn58Asp degisimi heterozigot olarak saptanmıstır. PCR-DHPLC ile bu dört mutasyon gösterilmistir. PCR-SSCP ile yalnızca p.Tyr63Cys ve p.Ala72Ser mutasyonları gösterilmistir. Daha sonra p.Asn308Asp degisimi PCR-RFLP (EcoRV enzimi) ile dogrulanmıstır. Arastırma sonuçları PTPN11 geninde NS'lu hastalarda 3. ve 8. eksonların PCR-DHPLC ile taranmasının baslangıçta olguların önemli bir kısmında mutasyon saptanmasını saglayacagını göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Noonan syndrome (NS) is an autosomal dominant disorder characterized by distinctive facial features, short stature, congenital heart disease, cryptorchidism, and lymphatic dysplasia. This syndrome is estimated to be seen in 1/1500-1/2500 live births. Mutations in the PTPN11 gene are detected in nearly 50% of affected individuals. The PTPN11 gene encodes for a nonreceptor protein tyrosine phosphatase, SHP-2, which contains N-SH2 and C-SH2 domains in the amino terminal and a PTP domain in the carboxy terminal. PTPN11 missense mutations cluster in the N-SH2 and PTP domains, which are involved in switching the protein between its inactive and active conformations. In this study, 20 patients, clinically diagnosed with NS, were screened for mutations in 8 exons of the PTPN11 gene. These exons were screened with PCR-SSCP, PCR-DHPLC, and PCR-DNA sequence analysis protocols. Mutation analysis revealed the p.Asn308Asp alteration in three patients in exon 8, p.Ala72Ser alteration in a patient in exon 3, p.Tyr63Cys alteration in a patient in exon3, and p.Asn58Asp alteration in a patient in exon 3. All mutations were detected with DHPLC. However, only p.Tyr63Cys and p.Ala72Ser mutations were found with SSCP. The p.Asn308Asp mutation was confirmed with a PCR-RFLP protocol. Our results show that it will be practical to first screen exons 3 and 8 of PTPN11 with PCRDHPLC in patients with NS.
Benzer Tezler
- Noonan sendromu tanılı hastalarda klinik bulgular ve moleküler analiz sonuçlarının değerlendirilmesi
Evaluation of clinical findings and molecular analysis results in patients diagnosed with noonan syndrome
ELİF SARIKAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRA KILIÇ
- Miyeloproliferatif neoplaziler'de gen mutasyonlarının sekans analiziyle belirlenmesi
Identification of gene mutations in myeloproliferative neoplasms by sequence analysis
BURCU BÖLÜK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
HematolojiEge ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SUNDE YILMAZ SÜSLÜER
- Genetic and epigenetic evaluation of the candidate genes in human hepatocellular carcinomas
İnsan hepatoselüler karsinomalarındaki aday genlerin genetik ve epigenetik olarak incelenmesi
TOLGA ACUN
Doktora
İngilizce
2010
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. K. CAN AKÇALI
- Glial Tümörlerde DNA Metilasyon Analizi ve Genetik Varyasyonların Belirlenmesi
DNA Methylation Analysis and Determination of Genetic Variations in Glial Tumors
ELİF NUR BOZDAĞ
- Primer ve metastatik melanom hücre hatlarında hotspot mutasyonların karşılaştırılması
Comparison of hotspot mutations in primary and metastatic melanoma cell lines
CANAN DOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Tıbbi BiyolojiAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiKanser Biyolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ENDER ŞİMŞEK