P53 geninin nokta mutasyonunu sentetik oligonükleotit kullanarak tespit edebilen optik tabanlı DNA biyosensörünün geliştirilmesi
Development of an optical DNA biosensor for the detection of point mutations in p53 gene using synthetic oligonucleotites
- Tez No: 238658
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AHMET YAVUZ ORAL, DOÇ. DR. FERRUH ÖZCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mühendislik Bilimleri, Engineering Sciences
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 76
Özet
Bu çalışmada prizma çiftleyici DNA hibritleşmesini doğrudan (etiketsiz) algılamak amacıyla kullanılmıştır. Prizma çiftleyici ince dielektrik filmlerin kırınım indislerini yüksek doğruluk payı ile ölçen bir alettir. Bu da prizma çiftleyiciyi film yüzeyine DNA immobilize olması ya da film yüzeyinde DNA hibritleşmesi sonucu meydana gelen ufak kırınım indisi değişimlerinin algılanması için uygun kılar. SiO2 ? TiO2 imce filmleri cam altlıklara dalga kılavuzu özelliğine ve DNA immobilize edilebilicek kimyada bir yüzeye sahip bir tabaka oluşturmak amacıyla sol-jel daldırarak kaplama yöntemiyle elde edilmiştir. 3-Aminopropyltriethoxysilane (APTES) kaplama yüzeyine uygulanarak tek tabaka oluşması amaçlanmıştır. Daha sonra bu tek tabakanın üzerine çapraz bağlayıcı görevi görecek olan 1,4 phenylene diisothiocyanate (PDC) uygulanmıştır. PDC bir yanından APTES tabakasında bulunan amin gruplarına diğer yanından prob oligonükleotitlerde bulunan amin gruplarına bağlanarak immobilizasyonu C-N bağları aracılığıyla gerçekleşmesini sağlaması beklenmektedir. Hibritleşme işlemleri 80°C ve 45 °C sıcaklıklarda gerçekleştirilmiştir. Ayrıca analit oligonükleotitlerin içinde bulunduğu çözelti de değiştirilerek etkisi incelenmiştir. Prizma çiftleyici ile prob oligonükleotit immobilizasyonundan önce, prob oligonükleotit immobilizasyonundan sonra ve yüzeye analit uygulanmasından sonra ölçüm alınmıştır. Bu deneylerle karşılaştırmak amacıyla Flüoresan Mikroskobu ile de görüntüler her deneyden sonra alınmıştır.
Özet (Çeviri)
In this study, prism coupler is introduced as a label free optical detection method of DNA hybridization. Prism coupler possesses the ability to measure the refractive index of thin dielectric films with high accuracy. This makes it very suitable to measure the minute changes in the refractive index caused by the immobilization and hybridization of oligonucleotides. SiO2 ? TiO2 thin films were deposited onto glass substrates by a sol-gel method to obtain a layer with a good waveguide property (for proper prism coupler measurement), a suitable surface chemistry (oligonucleotide immobilization), and a porous surface (high surface area to increase the number of available sites for immobilization). The chemical analyses of the films were made with FTIR and the surface morphology of the films were observed with SEM. 3-Aminopropyltriethoxysilane (APTES) was applied to the thin film surface and self assembled monolayers were formed by the bonding of Si atoms available in APTES and hydroxyl groups available on the thin film surface. 1,4 phenylene diisothiocyanate (PDC) was used as a homobifunctional crosslinker to immobilize the probe oligonucleotides on the surface. Amine groups available in the amino ? modified probe oligonucleotides and APTES form a covalent bond with the carbon atoms at both ends of the crosslinker PDC. Hybridization procedures are carried out at 80°C (a temperature close to the melting temperature of the oligonucleotide) and at 45°C. Refractive index measurements are taken by using a prism coupler before probe oligonucleotide immobilization, after probe DNA immobilization and after hybridization. The solution which contained the target oligonucleotites were also switched from water to HEPES buffer solution to observe the difference. The samples were observed with a Fluorescence Microscope to compare with the Prism Coupler Results.
Benzer Tezler
- BRCA1 185delAG, 5382insC ve BRCA2 6174delT, V2466A mutasyonlarının multipleks polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile tek adımda belirlenmesi
Determination of BRCA1 185delAG, 5382insC ve BRCA2 6174delT, V2466A mutations with multiplex polymerase chain reaction method in A single step
MERVE TECER
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Genetikİstanbul Bilim ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. VEYSEL SABRİ HANÇER
- DHPLC metodu ile P53 geninin 248. ve 249. amino asitlerini kodlayan kodonlarda oluşan mutasyonların tespiti
Detection of mutations coding amino acids 248 and 249 of P53 gene using DPHLC method
ŞÜKRÜ ERHAN ERGEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
Tıbbi BiyolojiMarmara ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEYAZIT ÇIRAKOĞLU
- Parafin içinde saklanan malign melanom biyopsi örneklerinde p53 geninin DGGE ve dizi analizi; p16, retinoblastoma ve CDK4 genlerinin FISH yöntemi ile incelenmesi
Evaluation of the p53 gene by DGGE and sequence analysis and p16, retinoblastoma and CDK4 genes by FISH in parafin-embedded malign melanom biopsy specimens
KIVANÇ ÇEFLE
- Akciğer tümörlerinde ve cerrahi sınırındaki histopatolojik normal dokularda K-ras geni kodon 12 mutasyonu ve P53 gen mutasyonlarının araştırılması
Investigation of K-ras codon 12 and p53 gene mutations in tumor tissues and surgical margins of lung cancer
ÖZGÜR VATAN
- Investigation of possible effects of progesterone receptor gene rs518162 polymorphism in brain tumors biyomedikal ana bilim dali
Olası etkilerinin araştırılması progesteron reseptör geni rs518162beyin tümörlerinde polimorfizm
NOUR ABDUL RAZZAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyomühendislikAltınbaş ÜniversitesiBiyomedikal Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZLEM KURNAZ GÖMLEKSİZ