Geri Dön

Study of protein-protein interfaces using Gaussian network model

Protein-protein arayüzlerinin Gaussian ağ modellenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 245873
  2. Yazar: SEREN SONER
  3. Danışmanlar: PROF. TÜRKAN HALİLOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Bölümü
  12. Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 78

Özet

Arayüz tipleri, proteinlerin fonksiyonlarını gerçekleştirme mekanizmalarını anlamakta kullanışlıdırlar. Arayüz tipi zorunlu, zorunlu olmayan, veya kristal (biyolojik olmayan) şeklinde sınıflandırılır. Önceki araştırmalarda arayüz tipi, korunum, arayüzdeki aminoasit dağılımı, hidrofobiklik, şekil gibi çeşitli dizilim ve yapı bazlı yöntemlerle tayin edilmeye çalışılmıştır. Bu tezde, arayüz tipini tahmin etmek icin proteinlerin Gaussian Ağ Modellenmesi ile elde edilen aminoasitlerin dalgalanmasına dayanan bir metod geliştirilmistir. Puanlama fonksiyonu, arayüz tipini tanımlamak için alanları, kompleks yapı üzerindeki arayüzde ilişkilenen bölgeleri ve kompleksin zincirlerinin izole durumlarındaki önerilebilir bağlanma noktalarını analiz etmektedir. Metodun güvenilirliği iki veritabanı üzerinde test edilmiştir; PPI-Pred ve CAPRI. PPI-Pred veritabanındaki 111 proteinden zorunlu proteinlerde başarılı tahmin oranı yüzde 82, zorunlu olmayan proteinlerde başarılı tahmin oranı yüzde 76.5'tir. CAPRI yarışmasında ise, 1600 model arasından seçilen on modelden altısı başarılı olmuştur. Bu durum, metodun aynı zamanda biyolojik ve biyolojik olmayan arayüzleri ayırmaktabaşarılı olduğunu da gostermiştir. Kompleks yapıların arayüz tipinin tahmini için bir web sunucusu kurulmuştur (http://www.prc.boun.edu.tr/appserv/prc/interprot/).

Özet (Çeviri)

The interface type of the proteins are useful in determining the functioning mechanism of proteins. The interface type may either be obligatory, non-obligatory or crystal (non biological). Previous studies have tried to find the interface type by various sequence and structure based methods such as residue interface propensity, conservation, hydrophobicity, shape etc.. In this thesis, a methodology based on the fluctuations of residues by the Gaussian Network Model (GNM) was developed to predict the interfacetype for a given protein complex structure. The scoring function identifies the interface type by analysing the domains, the associating regions across the interface of the complex structure and the plausible binding sites of the chains of the complex structure in their isolated states. The reliability of this method was tested on two datasets; PPIPred, and CAPRI. Out of 111 proteins in the PPI-pred dataset, correct evaluation rate was 82 percent for obligatory proteins and 76.5 percent for non-obligatory proteins. Inthe CAPRI experiment, on the other hand, 6 out of 10 submitted models in a pool of predicted models of 1600, were successful. The latter suggests that the method is also successful in discriminating the biological and non-biological interfaces. A web server is built for the prediction of the type of the interface for any given protein complex structure (http://www.prc.boun.edu.tr/appserv/prc/interprot/).

Benzer Tezler

  1. Tez No

    232595

    Determination of protein-protein binding sites using machine learning tools

    Protein-protein bağlanma bölgelerinin makine öğrenmesi kullanılarak tahmini

    FİDAN SÜMBÜL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU

  2. Tez No

    553969

    Deneysel ve modelleme yöntemleri ile poliüretan filmlerdeki pürüzlülük ve kristalinitenin fibrinojen adsorpsiyonu üzerindeki etkilerinin belirlenmesi

    Determining the effects of roughness and crystallinity on fibrinogen adsorption on polyurethane films with experimental and modeling methods

    GİZEM KELEŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS

  3. Tez No

    856982

    Metal içeren hekzahistidin zincirlerinin modellenmesi ve metalin amino asit etkileşimlerindeki rolünün incelenmesi

    Modeling of metal-containing hexahistidine chains and examining the role of metal in amino acid interactions

    ALPARSLAN NUMAN YILDIZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİNE YURTSEVER

  4. Tez No

    648530

    HotRegion v2.0: A new method to predict hot regions in protein-protein interfaces

    HotRegion v2.0: Protein-protein etkileşim arayüzlerindeki sıcak bölgeleri tahmin etmek için yeni bir yöntem

    DAMLA ÖVEK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    BiyolojiKoç Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY

    PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA

  5. Tez No

    904941

    Multiview contrastive autoencoder-transformer approach for protein-protein interface representation: Unveiling biological and functional insights

    Protein-protein arayüzü gösterimi için çoklu görünümlü karşılaştırmalı otomatik kodlayıcı-transformatör yaklaşımı: Biyolojik ve işlevsel içgörülerin ortaya çıkarılması

    DAMLA ÖVEK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKoç Üniversitesi

    Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY

    PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA

Geri Dön