Reconstruction of cardiomyocyte energy metabolism and investigation of the healthy and disease cases by fba and optimization techniques
Kalp hücrelerinde enerji metabolizmasının oluşturulması ve sağıklı ve hastalık koşullarının metabolizma mühendisliği teknikleri ile incelenmesi
- Tez No: 246250
- Danışmanlar: PROF. KUTLU ÜLGEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Bölümü
- Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 144
Özet
Bu araştırmada, bir kalp hücresinin enerji metabolizmasına ait reaksiyon ağı literatür taraması yapılarak ve KEGG ansiklopedisi, Reactome gibi çevrimiçi veritabanları kullanılarak oluşturulmuştur. Karbonhidrat, yağ asitleri ve keton metabolizmaları gibi enerji üretiminde kullanılan metabolizmaları kapsayan bu reaksiyon ağı ile farklı fizyolojik koşullar altındaki hücre davranışları incelenmiştir. Normal koşullar yanında enzim bozuklukları (Primer Karnitin Yetmezliği, Mitokondriyal NADH-CoQ Reduktaz Yetmezliği, HMG-CoA Sentaz Yetmezliği gibi), açlık ve iskemik koşullar altında hücrenin ATP harcamasını maksimize eden akı dağılımları Akı Denklik Analizi kullanılarak hesaplanmıştır. Kalp hücresinin sağlıklı enerji metabolizmasındaki akı aralıklarını elde etmek için ise Akı Değişkenlik Analizi, oluşturulan bu reaksiyon ağına uygulanmıştır. Sağlıklı ve farklı hastalık koşulları altında benzer davranış gösteren reaksiyon kümeleri Özdüzenleyici Haritalar yöntemi kullanılarak elde edilmiştir. Araştırma sonucunda modelin akı aralıklarının ve hücrenin sübstrat tercihlerinin literatürdeki deneysel sonuçlarla benzer özellikler gösterdiği bulunmuştur. Böylece, oluşturulan reaksiyon ağının, gelecek çalışmalarda örnek model olarak kullanılabilir olduğu sonucuna varılmıştır.
Özet (Çeviri)
In the present study, a reaction network of the cardiomyocyte energy metabolism is reconstructed by extensive literature survey and using the information obtained from the online databases of Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) and Reactome. The reconstructed network includes the metabolisms of carbohydrates, fatty acids and ketone bodies used for energy maintenance and it is employed for the investigation of the behaviour of the cell under different physiological conditions. Flux Balance Analysis is applied to the reconstructed network to obtain the flux distributions that maximize the ATP consumption of the cell at healthy normoxic conditions, under physiological stress conditions of fasting and ischemia, and in case of enzyme deficiencies of Primary Carnitine, Mitochondrial NADH-CoQ reductase (complex I) and HMG-CoA Synthase. Flux Variability Analysis is used to obtain the flux ranges of the energy metabolism of the healthy cardiomyocyte. The clustering method of Self-Organizing Maps is applied to obtain the reaction sets that exhibit similar behaviour under different conditions such as healthy and disease cases. As the conclusion of the present study, the flux ranges and the substrate preference of the model cell were found to be in good agreement with the experimental reports given in literature. So the reconstructed reaction network is deduced to be a good candidate for future studies on cardiomyocyte energy metabolism.
Benzer Tezler
- Reconstruction of urban space through the dialectics of global and local: evolution of urban space in Sultanahmet-İstanbul
Küresel ve yerel arasındaki diyalektik içinde kentsel mekanın yeniden kurulması: İstanbul Sultanahme'de kentsel mekanın evrimi
BERİN F. GÜR
Doktora
İngilizce
1999
Jeoloji MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖNÜL EVYAPAN
- Türk kamu mali yönetiminin yeniden yapılandırılması
Reconstruction of the Turkish public financial administration
BİLTEKİN ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Kamu YönetimiAnkara ÜniversitesiKamu Yönetimi ve Siyaset Bilimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TURGUT TAN
- Ekonomik kalkınma sürecinde Türkiye'de sağlık sektörünün yeniden yapılanması
Reconstruction of Turkey's health sector in the process of economic development
İSMAİL MAZGİT
- Reconstruction of x-ray images
Başlık çevirisi yok
HÜSEYİN CÜNEYT AKA
Yüksek Lisans
İngilizce
1998
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SITKI AYTAÇ
- Gerçekliğin yeniden inşası: Gruplar arası tehdit algısı bağlamında sanal gerçeklikle empatinin değişimlenmesinin sosyal mesafe düzeyi ve yardım etme davranışı üzerindeki etkisi
Reconstruction of reality: The effect of empathy manipulation with virtual reality on social distance level and helping behavior in the context of intergroup threat perception
ESRA ERDEM
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
PsikolojiHacettepe ÜniversitesiPsikoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YASEMİN ABAYHAN