Geri Dön

Reconstruction of cardiomyocyte energy metabolism and investigation of the healthy and disease cases by fba and optimization techniques

Kalp hücrelerinde enerji metabolizmasının oluşturulması ve sağıklı ve hastalık koşullarının metabolizma mühendisliği teknikleri ile incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 246250
  2. Yazar: ÇİĞDEM FİLİZ
  3. Danışmanlar: PROF. KUTLU ÜLGEN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Hastalık, Kalp, Kardiyomiyopatiler, Metabolik ağlar, Disease, Heart, Cardiomyopathies, Metabolic networks
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Bölümü
  12. Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Bu araştırmada, bir kalp hücresinin enerji metabolizmasına ait reaksiyon ağı literatür taraması yapılarak ve KEGG ansiklopedisi, Reactome gibi çevrimiçi veritabanları kullanılarak oluşturulmuştur. Karbonhidrat, yağ asitleri ve keton metabolizmaları gibi enerji üretiminde kullanılan metabolizmaları kapsayan bu reaksiyon ağı ile farklı fizyolojik koşullar altındaki hücre davranışları incelenmiştir. Normal koşullar yanında enzim bozuklukları (Primer Karnitin Yetmezliği, Mitokondriyal NADH-CoQ Reduktaz Yetmezliği, HMG-CoA Sentaz Yetmezliği gibi), açlık ve iskemik koşullar altında hücrenin ATP harcamasını maksimize eden akı dağılımları Akı Denklik Analizi kullanılarak hesaplanmıştır. Kalp hücresinin sağlıklı enerji metabolizmasındaki akı aralıklarını elde etmek için ise Akı Değişkenlik Analizi, oluşturulan bu reaksiyon ağına uygulanmıştır. Sağlıklı ve farklı hastalık koşulları altında benzer davranış gösteren reaksiyon kümeleri Özdüzenleyici Haritalar yöntemi kullanılarak elde edilmiştir. Araştırma sonucunda modelin akı aralıklarının ve hücrenin sübstrat tercihlerinin literatürdeki deneysel sonuçlarla benzer özellikler gösterdiği bulunmuştur. Böylece, oluşturulan reaksiyon ağının, gelecek çalışmalarda örnek model olarak kullanılabilir olduğu sonucuna varılmıştır.

Özet (Çeviri)

In the present study, a reaction network of the cardiomyocyte energy metabolism is reconstructed by extensive literature survey and using the information obtained from the online databases of Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) and Reactome. The reconstructed network includes the metabolisms of carbohydrates, fatty acids and ketone bodies used for energy maintenance and it is employed for the investigation of the behaviour of the cell under different physiological conditions. Flux Balance Analysis is applied to the reconstructed network to obtain the flux distributions that maximize the ATP consumption of the cell at healthy normoxic conditions, under physiological stress conditions of fasting and ischemia, and in case of enzyme deficiencies of Primary Carnitine, Mitochondrial NADH-CoQ reductase (complex I) and HMG-CoA Synthase. Flux Variability Analysis is used to obtain the flux ranges of the energy metabolism of the healthy cardiomyocyte. The clustering method of Self-Organizing Maps is applied to obtain the reaction sets that exhibit similar behaviour under different conditions such as healthy and disease cases. As the conclusion of the present study, the flux ranges and the substrate preference of the model cell were found to be in good agreement with the experimental reports given in literature. So the reconstructed reaction network is deduced to be a good candidate for future studies on cardiomyocyte energy metabolism.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    78045

    Reconstruction of x-ray images

    Başlık çevirisi yok

    HÜSEYİN CÜNEYT AKA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1998

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SITKI AYTAÇ

  2. Tez No

    82444

    Reconstruction of urban space through the dialectics of global and local: evolution of urban space in Sultanahmet-İstanbul

    Küresel ve yerel arasındaki diyalektik içinde kentsel mekanın yeniden kurulması: İstanbul Sultanahme'de kentsel mekanın evrimi

    BERİN F. GÜR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    1999

    Jeoloji MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÖNÜL EVYAPAN

  3. Tez No

    143676

    Reconstruction of a 3D human head model from images

    Görüntülerden 3B insan kafası modeli geriçatımı

    REZA ZARE HASSANPOUR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2003

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. VOLKAN ATALAY

  4. Tez No

    176725

    Reconstruction of architectural image in science fiction cinema: A case study on New York

    Mimari imgenin bilim kurgu filmlerinde yeniden kurulumu: New York üzerine bir çalışma

    T. NİHAN HACIÖMEROĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    MimarlıkOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ABDİ GÜZER

  5. Tez No

    211149

    Reconstruction of national identities and citizenship in the context of the eu membership: Hungary, Poland and the Czech Republic

    Ab üyeliği çerçevesinde ulusal kimliklerin ve yurttaşlığın yeniden yapılandırılması: Macaristan, Polonya ve Çek Cumhuriyeti

    EBRU OĞURLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2007

    Uluslararası İlişkilerMarmara Üniversitesi

    Avrupa Birliği Siyaseti ve Uluslararası İlişkiler Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. GÜNAY GÖZKSU ÖZDOĞAN

Geri Dön