Geri Dön

Effects of cystein/cystine engineering on thermal stability of formate dehydrogenase from Candida methylica

Sistein/sistin mühendisliğinin Candida methylica format dehidrogenazının termostabilitesine etkisi

PDF İndir

  1. Tez No: 246804
  2. Yazar: OSMAN DOLUCA
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Biochemistry, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2008
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 44

Özet

Endüstriyel NAD(P)H rejenerasyonu için aday proteinlerden Format Dehidrogenaz sıkça çalışılmaktadır. Birçok avantajına rağmen, termostabilite açısından henüz yeterli bulunmamaktadır. Termostabilite kazandırmak için var olan farklı metodlardan, Pseudomonas sp. 101 esas alınarak oluşturulmuş homoloji modellemesi seçilerek uygulanmıştır. Bu modelleme ile candida methylica FDH'inde sülfür köprüleri oluşturulmamış iki sistein amino asidi tespit edilmiştir. Farklı hidrofobik ceplerde bulunan sisteinlerin yüksek sıcaklıklarda okside olabileceği tespit edilmiştir. Termostabilitenin arttırılması için kullanılan ilk yöntemde sisteinler C23V ve C262V mutasyonlarıyla valin amino asidi ile değiştirilmesi planlanmıştır. İkinci yaklaşımda ise bu sisteinlerle bağ oluşturabilecek şekilde I239C ve A153C mutasyonları tasarlanmıştır. Bu mutasyonlar sonucunda sülfür köprülerinin oluşturulması ile entalpi açısından bir değişim olmaksızın katlanmamış halin entropisini düşürerek stabiliteyi arttırması planlanmıştır. Bu çalışmada pQE-2 ekspresyon vektörüne yerleştirilmiş cmFDH geni Invitrogen Gene TailorTM site-directed mutagenesis sistem ile mutasyona uğratılmıştır. Kinetik ve Termostabilite deneyleri gerçekleştirilerek %50 benzerlik gösteren psFDH'e dayalı homoloji modelleme ile elde edilmiş bilginin sistein/sistin mühendisliği için yeterli olmadığı gösterilmiştir.

Özet (Çeviri)

Formate dehydrogenases (FDH) have been widely studied as a candidate for industrial NAD(P)H regeneration. Despite of its distinctive advantages, the limitation in the thermostability of the enzyme stays as an important problem. There are different approches to increase the thermostabilty of the enzymes, here we apply protein engineering based on homology modelling using Pseudomonas sp. 101 FDH which has %50 similarity. The wild type FDH from candida methylica does not contain disulphide bridges, but does possess two cysteine residues buried in seperate hydrophobic pockets. Cysteine residues are particulary susceptible to atmospheric oxidation at elevated temperatures. One approach to increase thermostability is to replace both cysteine resides by valine, C23V and C262V. The second approach will be to stabilize via engineering disulphide bridges into the protein: I239C (to partner C262) and A153C (to partner C23 in the other subunit). If a disulphide bridge can be engineered into the native fold without introducing an enthalpic cost (strain), such a bridge would stabilise the native state by decreasing the entropy of the protein?s unfolded state. In this study, we summarize our mutations that have been introduced into cmFDH gene in 6xHis-tag pQE-2 expression vector by using Invitrogen Gene TailorTM site-directed mutagenesis system. Kinetic and thermostability studies were performed following the production of both wild type and mutant FDHs. Results have shown that Cystein/Cystine engineering require more structural information for homology modelling based studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    56669

    The Effects of cysteine 43 mutation on catalytic properties and thermostability of thermoplasma acidophilum citrate synthase

    Sistein-43 mutasyonunun thermoplasma acidoplium sitrat sentetaz enziminin katalitik özellikleri ve yüksek ısıya dayanıklılığı üzerindeki etkileri

    İPEK ERDURAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1996

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK

  2. Tez No

    590353

    Tiyol-metakrilat polimerizasyonu ile affinite monolitlerinin sentezi ve histidin işaretli protein izolasyonunda kullanımı

    The synthesis of affinity monolitshs by thiol-methacrylate polymerization and their usage in histidine tagged protein separation

    FATMA ÇAMBAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyomühendislikHacettepe Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜLEYMAN ALİ TUNCEL

    DOÇ. DR. EDA ÇELİK AKDUR

  3. Tez No

    431111

    Asi̇tle yikama i̇şlemi̇nde kullanilabi̇lecek i̇nhi̇bi̇törleri̇n i̇ncelenmesi̇

    The investigation of inhibitors that can be used in process of acid leaching

    AYŞE YAVAŞ BAYINDIR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Kimya MühendisliğiGazi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MÜBECCEL ERGUN

  4. Tez No

    600

    Halı ipliği yapımında kullanılan yünlerin teknolojik özellikleri üzerinde araştırmalar

    Investigations on the technological properties of wools which are used in woollen carpet yarn production

    BEKİR YILMAZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1985

    Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge Üniversitesi

    Tarım Ürünleri Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA HARMANCIOĞLU

  5. Tez No

    120140

    Serin alkali proteaz enziminin hücreiçi üretimini kontrol eden alanin ve serin grubu amino asitlerin enzim üretimine etkisi

    Effects of controlling alanine and serine group amino acids on serine alkaline protease production

    ARZU BAYRAM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2002

    Kimya MühendisliğiAnkara Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TUNÇER H. ÖZDAMAR

Geri Dön