Geri Dön

A simplified modelling of protein-protein interactions: Barnase-barstar interaction by computational methods

Protein-protein etkileşiminin sadeleştirilmiş bir modeli: Hesapsal metotlar kullanılarak barnase-barstar etkileşiminin incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 251316
  2. Yazar: BANU BURUK
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. CENK SELÇUKİ, YRD. DOÇ. DR. ALPER TUNGA AKARSUBAŞI
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2008
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 43

Özet

Metabolik aktivite regülasyonu, biyokimyasal reaksiyon katalizlenmesi, hücrelerin yapısal bütünlüğünün muhafaza edilmesi gibi çok önemli yaşamsal faliyetlerin sorumlusu proteinlerdir. Bu sorumluluklarını birbirleri arasındaki sinyal mekanizmaları ile yerine getirdikleri için aralarındaki etkileşimler, üzerinde en çok düşünülen konulardan biri olmuştur.Bu çalışmada, barnase ve barstar proteinlerinin etkileşimi moleküler mekanik yaklaşımı ile incelenmiştir. Protein kompleksinin kristal yapısı baz alınarak, ara yüzey geometri optimizasyonu ile çözümlenmeye çalışıldı. Barnase proteinin aktif bölgesinde bulunan Glu73 amino asiti üç farklı ortamda, dört farklı amino asit ile değiştirilmiştir. Sistemde su moleküllerinin varlığı ile birlikte zvitteriyonik (çift kutuplu) ortam, gaz ortamı ve protein sekanslarının uçlarına CH3 eklenerek üç farklı ortam yaratıldı. Elde edilen enerjiler, amino asitlerin R-grupları ile H2O molekülleri arasındaki etkileşimlerin ve farklı olabilecek pH değerlerinin etkisinin önemini gösterdi. Karara vardırıcı sonuç ise protein sekanslarının uçlarına CH3 eklenerek yaratılan ortamda orjinal barnase-barstar kompleksini en gerçekçi sonuçlarla taklit edebilmemiz olmuştur.

Özet (Çeviri)

Proteins are responsible for regulation of metabolic activity, catalyzing biochemical reactions, maintaining structural integrity of cells/organisms. All these vital and extremely important responsibilities are maintaining by the signaling mechanisms between proteins. Consequently, protein interactions are that thought over the most.In the current study, interaction of barnase-barstar proteins is analyzed by molecular mechanics. Having an X-ray crystallographic data of the protein complex, binding interface has been examined by geometry optimization processes. Glu73; the main amino acid at the active site of barnase has been mutated into four different amino acids in three different conditions; zwitterionic form of proteins, form of proteins in gaseous surroundings and with CH3 addition to the terminal groups of protein sequences, with water molecules. The obtained energies indicated the effect of molecular interactions between H2O molecules and R-groups of amino acids and the pH of the system. The concluding result was that in the condition with CH3 addition to the terminal groups of protein sequences gave the most realistic energies mimicking the original structure of the barnase-barstar.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    392991

    Artificial intelligence based methods for the solution of protein folding problem by using coarse-grained lattice and off-lattice models

    Protein katlanma probleminin çözümü için kaba-taneli kafes ve kafes-dışı modelleri kullanan yapay zeka tabanlı yöntemler

    BERAT DOĞAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TAMER ÖLMEZ

  2. Tez No

    658454

    Hierarchically porous high surface area polymers with interconnected pores for fast and selective albumin adsorption

    Hızlı ve seçici albümin adsorpsiyonu için hiyerarşik ve birbirine bağlı gözenek yapısına sahip olan yüksek yüzey alanlı polimerler

    MERVE SÜSLÜKAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Polimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ERDEM YAVUZ

  3. Tez No

    50485

    Simulation of protein structure by a simplified model: Application to the rop dimer

    Protein yapısının basitleştirilmiş bir modelle simülasyonu

    E. DEMET AKTEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1996

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Bölümü

    PROF. DR. İVET BAHAR

    PROF. DR. BURAK ERMAN

  4. Tez No

    286089

    A cellular automaton based electromechanical model of the heart

    Hücresel otomaton yöntemi ile kalbin elektromekanik modellenmesi

    CEREN BORA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    Tıbbi BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ERGİN TÖNÜK

    YRD. DOÇ. DR. YEŞİM SERİNAĞAOĞLU DOĞRUSÖZ

  5. Tez No

    857941

    Accelerating molecular docking using machine learning methods

    Kenetleme hesaplarının makine öğrenme metotları ile hızlandırılması

    ABDULSALAM YAZID BANDE

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı

    Assist. Prof. Dr. SEFER BADAY

Geri Dön