A simplified modelling of protein-protein interactions: Barnase-barstar interaction by computational methods
Protein-protein etkileşiminin sadeleştirilmiş bir modeli: Hesapsal metotlar kullanılarak barnase-barstar etkileşiminin incelenmesi
- Tez No: 251316
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CENK SELÇUKİ, YRD. DOÇ. DR. ALPER TUNGA AKARSUBAŞI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 43
Özet
Metabolik aktivite regülasyonu, biyokimyasal reaksiyon katalizlenmesi, hücrelerin yapısal bütünlüğünün muhafaza edilmesi gibi çok önemli yaşamsal faliyetlerin sorumlusu proteinlerdir. Bu sorumluluklarını birbirleri arasındaki sinyal mekanizmaları ile yerine getirdikleri için aralarındaki etkileşimler, üzerinde en çok düşünülen konulardan biri olmuştur.Bu çalışmada, barnase ve barstar proteinlerinin etkileşimi moleküler mekanik yaklaşımı ile incelenmiştir. Protein kompleksinin kristal yapısı baz alınarak, ara yüzey geometri optimizasyonu ile çözümlenmeye çalışıldı. Barnase proteinin aktif bölgesinde bulunan Glu73 amino asiti üç farklı ortamda, dört farklı amino asit ile değiştirilmiştir. Sistemde su moleküllerinin varlığı ile birlikte zvitteriyonik (çift kutuplu) ortam, gaz ortamı ve protein sekanslarının uçlarına CH3 eklenerek üç farklı ortam yaratıldı. Elde edilen enerjiler, amino asitlerin R-grupları ile H2O molekülleri arasındaki etkileşimlerin ve farklı olabilecek pH değerlerinin etkisinin önemini gösterdi. Karara vardırıcı sonuç ise protein sekanslarının uçlarına CH3 eklenerek yaratılan ortamda orjinal barnase-barstar kompleksini en gerçekçi sonuçlarla taklit edebilmemiz olmuştur.
Özet (Çeviri)
Proteins are responsible for regulation of metabolic activity, catalyzing biochemical reactions, maintaining structural integrity of cells/organisms. All these vital and extremely important responsibilities are maintaining by the signaling mechanisms between proteins. Consequently, protein interactions are that thought over the most.In the current study, interaction of barnase-barstar proteins is analyzed by molecular mechanics. Having an X-ray crystallographic data of the protein complex, binding interface has been examined by geometry optimization processes. Glu73; the main amino acid at the active site of barnase has been mutated into four different amino acids in three different conditions; zwitterionic form of proteins, form of proteins in gaseous surroundings and with CH3 addition to the terminal groups of protein sequences, with water molecules. The obtained energies indicated the effect of molecular interactions between H2O molecules and R-groups of amino acids and the pH of the system. The concluding result was that in the condition with CH3 addition to the terminal groups of protein sequences gave the most realistic energies mimicking the original structure of the barnase-barstar.
Benzer Tezler
- Artificial intelligence based methods for the solution of protein folding problem by using coarse-grained lattice and off-lattice models
Protein katlanma probleminin çözümü için kaba-taneli kafes ve kafes-dışı modelleri kullanan yapay zeka tabanlı yöntemler
BERAT DOĞAN
Doktora
İngilizce
2015
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAMER ÖLMEZ
- Hierarchically porous high surface area polymers with interconnected pores for fast and selective albumin adsorption
Hızlı ve seçici albümin adsorpsiyonu için hiyerarşik ve birbirine bağlı gözenek yapısına sahip olan yüksek yüzey alanlı polimerler
MERVE SÜSLÜKAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik ÜniversitesiPolimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERDEM YAVUZ
- Simulation of protein structure by a simplified model: Application to the rop dimer
Protein yapısının basitleştirilmiş bir modelle simülasyonu
E. DEMET AKTEN
Yüksek Lisans
İngilizce
1996
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Bölümü
PROF. DR. İVET BAHAR
PROF. DR. BURAK ERMAN
- A cellular automaton based electromechanical model of the heart
Hücresel otomaton yöntemi ile kalbin elektromekanik modellenmesi
CEREN BORA
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
Tıbbi BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ERGİN TÖNÜK
YRD. DOÇ. DR. YEŞİM SERİNAĞAOĞLU DOĞRUSÖZ
- Accelerating molecular docking using machine learning methods
Kenetleme hesaplarının makine öğrenme metotları ile hızlandırılması
ABDULSALAM YAZID BANDE
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı
Assist. Prof. Dr. SEFER BADAY