Investigation of the effects of MAS5, RMA and gcRMA preprocessing methods on an affymetrix zebrafish genechip® dataset using statistical and network parameters
MAS5, RMA ve gcRMA ön işleme metotlarının bir affymetrix zebrafish genechip® veri kümesi üzerine etkilerinin istatistiksel parametreler ve ağ parametreleri kullanılarak araştırılması
- Tez No: 255976
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ÖZLEN KONU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Genetik, Biostatistics, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 125
Özet
Mikrodizi veri ön işlemesi, ifade profili çıkarma çalışmalarının kesinlik ve tekrar edilebilirliğinin önemli bir belirleyici faktörüdür. Güncel çalışmalar, farklılaşmış ifade analizleri kullanılarak ön işleme metodolojilerinin kontrol probları içeren mikrodizi veri kümeleri ve qRT-PCR doğrulamaları yoluyla karşılaştırılması üzerine yoğunlaşmıştır. Diğer yaklaşımlarsa dizi ve prob boyunca karşılaştırmalarla birlikte, seçilmiş gen ağ parametrelerinin karşılaştırmalarını içermektedir. Ancak zebrabalığı GeneChip veri kümelerinde henüz böyle bir karşılaştırma kullanılmamıştır, ayrıca, bilinen ağ parametreleriyle ilgili olarak anlatımı artan veya azalan gen öbeklerinin detaylı analizi farklı ön işleme metodolojileri üzerinden iyi bir biçimde tanımlanmamıştır. Bu çalışmada bir zebrabalığı hipoksi mikrodizi veri seti (GSE4989; Marques et al. 2008) MAS5, RMA ve gcRMA metodları ile analiz edilmiştir. Karşılaştırmalar, farklı ifade edilen gen öbekleri açısından ?öbeklenme katsayısı?, ?derece dağılımı? ve ?aradalık merkeziyeti? olarak adlandırılan ağ parametreleri referans alınarak yapılmıştır. Bulgularımız gcRMA ve RMA metotlarının farklı ifade edilen genler ve ağ parametreleri açısından daha yüksek bir benzerlik gösterdiğini işaret etmektedir. Bunun yanı sıra ağ analizi, anlatımı artan ve azalan gen öbeklerinin farklı ağ yapılarına sahip olduğunu, pozitif korelasyon gösteren probsetler açısından anlatımı azalan probsetlerin her üç ön işleme metodunda da daha yüksek öbeklenme katsayısı değerleri ve ağ grafiğinde daha fazla bağlantıya sahip olduğunu göstermiştir. Bu durum MAS5 metoduna göre gcRMA ve RMA metotları tarafından işlenen verilerde daha ön plana çıkmıştır. Bu durum da ön işleme metotlarının gen ifade ağlarının yapılarını şekillendirmekte farklı etkilerinin olduğunu göstermektedir. RMA, gcRMA ve MAS5 ile ön işlemeye tabi tutulan verilerden oluşturulan ağlar arasında ağ topolojisi bakımından en az değişiklik gösteren bir probset öbeği seçilmiş ve zebrabalığı hipoksi veriseti için fonksiyonel olarak analiz edilmiştir. Bu tezin sonuçları, ağ yapılarının anlatımı artan ve azalan gen kümeleri açısından ön işleme metotları tarafından değiştirildiğini önermektedir. Buna göre, farklı ifade edilen gen kümelerinin tespitinin tekrarlanabilirliğini arttırmak için ağ topolojilerindeki değişimlere dayanıklı genleri filtrelemek yararlı olabilir.
Özet (Çeviri)
Microarray data preprocessing is an important determinant of the accuracy and repeatability of expression profiling studies. Recent studies have focused on comparison of preprocessing methodologies using differential expression analysis of spike-in datasets and qRT-PCR confirmations. Other approaches include comparison of array-wise and probe-wise correlation and of selected gene network parameters. However, zebrafish GeneChip datasets have not been used in such comparisons; furthermore, detailed analysis of upregulated and downregulated gene sets with respect to known network parameters are not well characterized across different preprocessing methodologies. In this study we re-analyzed a public zebrafish hypoxia microarray dataset (GSE4989; Marques et al. 2008) using MAS5, RMA, and gcRMA methods. Comparisons were made in terms of differentially expressed gene sets and defined network parameters, namely, clustering coefficient, degree distribution, and betwenness centrality. Our findings indicated that gcRMA and RMA exhibited greater similarity to each other in terms of differentially expressed genes, and network parameters. In addition, the network analysis demonstrated that upregulated and downregulated gene sets had distinct network structures; downregulated probesets had greater clustering coefficients and degree distributions for positively correlated probesets in all three preprocessing methods. However, gcRMA and RMA methods accentuated this difference further than MAS5 did, suggesting that preprocessing methods differ in their modulation of gene expression network structure. A selected group of probesets that showed invariant network structure parameters across RMA, gcRMA and MAS5 was determined and analyzed functionally for the zebrafish hypoxia dataset. The results of this thesis suggest that preprocessing methods may alter network structure of the datasets differentially with respect to upregulated and downregulated gene sets. Accordingly, it might be beneficial to filter differentially expressed genes that are robust to such network topology modulation to increase the repeatability of gene sets.
Benzer Tezler
- Uyku yetersizliğinin anaerobik performans ve toparlanma sürecine etkisinin incelenmesi
Investigation of the effects of sleep deprivation on anaerobic performance and recovery process
KUTLU AYDIN
Doktora
Türkçe
2014
SporAbant İzzet Baysal ÜniversitesiAntrenörlük Eğitimi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÜMİD KARLI
- Beslenmenin hipotalamik kontrolünde irisin hormonunun etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of irisin hormone on the hypothalamic control of feeding
SUAT TEKİN
- Ratlarda gebelik süresince uygulanan akrilamidin fetal beyin gelişimine etkilerinin ve E vitamini'nin koruyucu rolünün araştırılması
Investigation of the effects of acrylamide, administered during pregnancy on the fetal brain development and protective role of vitamine E in rats
MEHMET ERMAN ERDEMLİ
Doktora
Türkçe
2015
Anatomiİnönü ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUSUF TÜRKÖZ
YRD. DOÇ. DR. ZÜMRÜT DOĞAN
- Çinko oksit nanoparçacıklarının (ZnO-NP) insan dermal fibroblast hücreleri üzerindeki etkisinin proteomiks yaklaşımla değerlendirilmesi
Investigation of the effects of zinc oxide nanoparticles (ZnO-NP) on human dermal fibroblast cells by proteomics approach
ÖZAL MUTLU
- Kesici takım, kesme hızı ve malzeme cinsinin yüzey pürüzlülüğüne etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of cutting tools, cutting speed and material type in surface roughness
MEHMET CEVİZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Makine MühendisliğiTrakya ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CENK MISIRLI