Light cycler real time PCR teknolojisi ile faktör V geninde yeni mutasyon taraması
A new mutation detection in factor V gene with light cycler real time PCR technology
- Tez No: 256325
- Danışmanlar: PROF. DR. NEJAT AKAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 46
Özet
Kanın vasküler sistem içinde akışkanlığının sağlanması koagülan ve antikoagülan faktörlerin dengelenmesi ile sağlanmaktadır. Bu denge kalıtsal ve edinsel faktörlerle gerçekleşir. Koagülasyon kaskatında; 1990 yılının başında Amer ve arkadaşları, trombozlu bir hastada aktive protein C'nin aktivitesini inhibe eden plazmadaki bir kısmın varlığını ileri sürdüler. Daha sonra Dahlbäck tarafından aktive protein C direncinin mekanizması tanımlandı. 1994 yılında da Bertina, FV'in 10.ekzonunda bulunan G1691A değişiminin aktive protein C direncine neden olduğunu tanımlamıştır.Faktör V Leiden geninin tanısında en sık kullanılan teknoloji Real Time PCR'dır. Bu teknolojide nokta mutasyon tespitinde hibridizasyon probları kullanılır. Probları 2 kısımdan oluşur ve mutasyon bölgesine spesifiktir. Hibridizasyon problarında tanı erime sıcaklığı eğrileriyle gerçekleştirilir. Kit içerisinde çıkan pozitif kontrolün erime sıcaklıkları temel alınarak diğer örnekler değerlendirilir. Örneklerin erime sıcaklıkları pozitif kontrolün erime sıcaklığından ±2Cº sapma gösterebilir. Baz kompozisyonu, nükleotidin yeri ve dış etkenler erime sıcaklığını etkiler.2002 yılından itibaren tromboz tanısıyla gelen ve Real Time PCR ile FVL çalışılan 4100 hasta sonuçları taranmış ve 13 hastada pozitif kontrolün erime sıcaklığından ±2Cº'den fazla sapma gözlenmiştir. Bu örneklere DNA dizi analizi yapıldığında probun erime sıcaklığına neden olacak ve gen dizisinde FVL mutasyonuna yakın başka bir mutasyon gözlenmemiştir.Örnekler DNA bankamızdan tekrar izole edildi ve Real Time PCR cihazı ile çalışmaları tekrarlanmıştır. Sonuçlarda pozitif kontrolün erime sıcaklığından sapma gözlenmemiştir. Sapmaya neden olabilecek başka parametrelere bakıldığında; nanodrop ölçümü sırasında izolasyondan önceki DNA'larda protein, fenol gibi kirleticilerin bulunduğu gözlenmiştir.
Özet (Çeviri)
The risk of venous thrombosis is increased when the hemostatic balance between pro- and anticoagulant forces is shifted in favor of coagulation. If this is caused by an inherited defect, the resulting hypercoagulablestate conveys a lifelong increased risk of thrombosis. Mutations in the genes coding for proteins in the coagulation cascade were found to be associated with increased risk for venous thrombosis. Dahlbäck et al. described a predisposition to thrombosis caused by a poor anticoagulant response to activated protein C (APC). A year later Bertina et al., reported that a point mutation in exon 10 of the gene encoding blood coagulation factor V.Real Time PCR is a system, which analyses a mutation Factor V Leiden. In this technique hybridization probe can be used to detect and monitor single nucleotide mutation. The probe has 2 part and its specific to mutation. With the melting curve analysis the hybridization probes melt off, two fluorescent dyes are no longer in close proximity and the fluorescence will degrees. The resulting melting peaks allow discrimination between the homozygous as well as the heterozygous genotype. The anchor probe has a higher Tm than the mutation probe. During the experiment tm degree of the unknown samples may vary ±2ºC from the tm degree of positive control. Differences in base composition, nucleotide position, and nearest-neighbor environments all affect Tm.There were 4100 diagnostic samples for thrombophilia screening starting 2002 in our department. We found 13 patients with a variation of Tm degree more than ±2ºC. Results of DNA sequencing showed only FVL.In order to delineate the reason for the artifact of the Tm degree, DNA of the patients were isolated again and the study was repeated by LC and sequencing. The shift of the LC experiment was within normal range indicating that they are FVL.Our study showed that DNA quality and quantity is important and needs to be analyzed prior to laboratory procedures and archival and not well-kept DNA samples may cause the same variation, which causes an artifact
Benzer Tezler
- JAK2V617F mutasyonunun altın nanoflares kullanılarak tespiti
Detection of JAK2V617F mutation using gold nanoflares
ERHAN APTULLAHOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SELÇUK SÖZER TOKDEMİR
- HCV viral yükünün saptanmasında real time PZR temelinde bir yöntem geliştirilmesi
Development of a new method based on real time PCR for assessment of HCV viral load.
ABBAS ALİ HUSSEİNİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİTHAT BOZDAYİ
- Hepatit delta virüsü (HDV) tanısında 'real time' PZR temelinde yeni bir yöntem geliştirilmesi
Development of a new method based on real time PCR in the diagnosis of hepatitis delta virus (HDV)
YASEMİN ÇELİK
Doktora
Türkçe
2009
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. İRFAN SOYKAN
- Saanen keçilerinde ısı şok proteini 60 (HSP 60) ve ısı şok proteini 70 (HSP 70) genlerinin kantitatif analizi
Quantitative analysis of heat shock protein 60 (HSP 60) and heat shock protein 70 (HSP 70) genes in saanen goats
SELÇUK ERTÜRK ADIYAMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
BiyokimyaAdnan Menderes ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FUNDA KIRAL
- Tuz ve kuraklık stresi altında geliştirilmiş farklı fasulye (Phaseolus vulgaris L.) çeşitlerinde lea-3 geni mRNA ifade seviyelerinin kantitatif real-tıme pcr yöntemiyle incelenmesi
Screening of lea-3 gene mRNA expression levels using with quantitative real-time pcr in different beans (Phaseolus vulgaris L.) subjected to salt and drought stress
İLKER BÜYÜK