Geri Dön

Investigation of peptide inhibitor binding to ß-lactamase

ß-laktamaza peptit inhibitörlerin bağlanmasının incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 256711
  2. Yazar: NİLAY BÜDEYRİ
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. BERNA SARIYAR AKBULUT, YRD. DOÇ. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyomühendislik, Biology, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Marmara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 109

Özet

ß-laktamazın neden olduğu antibiyotik direnci önemli bir sağlık sorunudur. Bu sorun ile mücadelede ß-laktamaz enzimi önemli bir hedef haline gelmiştir. ß-Laktamaz inhibitör proteini (BLIP), TEM-1 ve SHV-1 gibi A sınıfı ß-laktamazları yüksek ilgiyle inhibe eder. Bu çalışmanın ilk bölümünde, ß-laktamaz inhibitör proteininin yapısı temel alınarak oluşturulan peptit inhibitörlerinin (BLIP'in 45-52 kalıntıları) inhibisyon etkisi hesapsal yöntemlerle araştırılmıştır. Moleküler Dinamik Simülasyonları ile ß-Laktamaz inhibitör proteini ve seçilen peptid üzerinde çeşitli kalıntılar alanine dönüştürülerek bu kalıntıların SHV-1 ß-laktamaza bağlanması değerlendirilmiştir. Peptidin üzerindeki D49A ve Y50A mutasyonları SHV-1 ß-laktamazın yapı ve dinamiğini BLIP'ten farklı şekilde etkilerken Y51A mutasyonu SHV-1 ß-laktamazın yapı ve dinamiğini BLIP'e benzer şekilde etki etmiştir. Çalışmanın ikinci kısmında ise in-vitro ve in-vivo ß-laktamaz inhibisyonu, farklı uzunluktaki iki peptit (ß-laktamaz inhibitör Proteinin A46-Y51 ve C30-D49 kalıntıları) ile incelenmiştir. In-vitro ortamda 400 ?M konsantrasyonda her iki peptidin de ß-laktamazı inhibe ettiği görülmüştür. In-vivo ortamda ise, aynı peptitler 28 ?M konsantrasyonda yeteri kadar inhibisyon etkisi gösterememiştir.

Özet (Çeviri)

ß-Lactamase is an important drug target in combating the increasing problem of ß-lactamase antibiotic resistance. ß-Lactamase inhibitor protein is an effective inhibitor of class A ß-lactamases such as TEM-1 and SHV-1. In the current research, ß-Lactamase inhibitor protein structure was used as the starting point to develop new ß-lactamase inhibitors. In the first part of this study, the inhibition effect ß-lactamase inhibitor protein based peptides (residues 45-52), was investigated by computational methods. Molecular dynamics simulations were performed on various alanine mutants of the ß-lactamase inhibitor protein and the peptides to investigate the contribution of these residues to SHV-1 ß-lactamase structure and dynamics. Y51A mutation on the peptide affected SHV-1 structure and dynamics similar to BLIP while D49A and Y50A mutations altered the SHV-1 structure and dynamics differently from BLIP. In the second part of the study, ß-Lactamase inhibitor protein based peptides of different lengths (A46-Y51 and C30-D49) were used to investigate in-vitro and in-vivo ß-lactamase inhibition. In-vitro ß-lactamase inhibition was observed by both peptides at a concentration of 400 ?M. Under in-vivo conditions, inhibition effect of the same peptides at a concentration of 28 ?M was not sufficiently high.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    290307

    Investigation of penetration of inhibitor into cells and their interactions with intracellular proteins/metabolites

    İnhibitor hücre içine girişi ve hücre içi proteinlerle/metabolitlerle etkileşimlerinin araştırılması

    GİZEM BULDUM

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    BiyomühendislikMarmara Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BERNA SARIYAR AKBULUT

    YRD. DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ

  2. Tez No

    897014

    Over kanser tedavisinde reseptör hedefli in siliko ligand tasarımının in vitro incelenmesi

    In vitro investigation of receptor targeted in silico ligand design in ovarian cancer therapy

    HİLAL ŞENTÜRK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyoteknolojiBezm-i Alem Vakıf Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FAHRİ AKBAŞ

  3. Tez No

    246028

    Investigation of beta-lactamase ligand binding in vivo and in silico

    Beta-laktamaz ligand bağlanmasının hücre içinde ve hesaplamalı olarak incelenmesi

    PINAR KANLIKILIÇER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    BiyoteknolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Bölümü

    PROF. AMABLE HORTAÇSU

    YRD. DOÇ. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ

  4. Tez No

    856583

    SCARA5 reseptörünün SRCR bölgesinin hesaplamalı yapısal modellenmesi ve bilgisayar temelli ilaç tasarım yöntemi kullanılarak geliştirilecek reseptör bloker'ının MCF-7 insan meme kanser hücre hattındaki sitotoksik etkilerinin in vitro araştırılması

    Computational structural modelling of the SRCR region of the SCARA5 receptor and in vitro investigation of the cytotoxic effects of a receptor blocker developed by using computer-based drug design method in MFC7 human breast cancer cell line

    ORHAN KOÇAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyolojiAkdeniz Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ECE ŞİMŞEK

  5. Tez No

    639295

    Soğuk preslenmiş çörek otu posalarından protein hidrolizatlarının üretilmesi ve hidrolizatların biyoaktif özelliklerinin değerlendirilmesi

    Production of protein hydrolyzates from cold press deoiled black cumin meals and evaluation of bioactive properties of hydrolyzates

    İNCİ ZENT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Gıda Mühendisliğiİstanbul Sabahattin Zaim Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İBRAHİM GÜLSEREN

Geri Dön