Investigation of peptide inhibitor binding to ß-lactamase
ß-laktamaza peptit inhibitörlerin bağlanmasının incelenmesi
- Tez No: 256711
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. BERNA SARIYAR AKBULUT, YRD. DOÇ. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoloji, Bioengineering, Biology
- Anahtar Kelimeler: Moleküler dinamik, Peptidler, İnhibitör, Molecular dynamic, Peptides, Inhibitor
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ß-laktamazın neden olduğu antibiyotik direnci önemli bir sağlık sorunudur. Bu sorun ile mücadelede ß-laktamaz enzimi önemli bir hedef haline gelmiştir. ß-Laktamaz inhibitör proteini (BLIP), TEM-1 ve SHV-1 gibi A sınıfı ß-laktamazları yüksek ilgiyle inhibe eder. Bu çalışmanın ilk bölümünde, ß-laktamaz inhibitör proteininin yapısı temel alınarak oluşturulan peptit inhibitörlerinin (BLIP'in 45-52 kalıntıları) inhibisyon etkisi hesapsal yöntemlerle araştırılmıştır. Moleküler Dinamik Simülasyonları ile ß-Laktamaz inhibitör proteini ve seçilen peptid üzerinde çeşitli kalıntılar alanine dönüştürülerek bu kalıntıların SHV-1 ß-laktamaza bağlanması değerlendirilmiştir. Peptidin üzerindeki D49A ve Y50A mutasyonları SHV-1 ß-laktamazın yapı ve dinamiğini BLIP'ten farklı şekilde etkilerken Y51A mutasyonu SHV-1 ß-laktamazın yapı ve dinamiğini BLIP'e benzer şekilde etki etmiştir. Çalışmanın ikinci kısmında ise in-vitro ve in-vivo ß-laktamaz inhibisyonu, farklı uzunluktaki iki peptit (ß-laktamaz inhibitör Proteinin A46-Y51 ve C30-D49 kalıntıları) ile incelenmiştir. In-vitro ortamda 400 ?M konsantrasyonda her iki peptidin de ß-laktamazı inhibe ettiği görülmüştür. In-vivo ortamda ise, aynı peptitler 28 ?M konsantrasyonda yeteri kadar inhibisyon etkisi gösterememiştir.
Özet (Çeviri)
ß-Lactamase is an important drug target in combating the increasing problem of ß-lactamase antibiotic resistance. ß-Lactamase inhibitor protein is an effective inhibitor of class A ß-lactamases such as TEM-1 and SHV-1. In the current research, ß-Lactamase inhibitor protein structure was used as the starting point to develop new ß-lactamase inhibitors. In the first part of this study, the inhibition effect ß-lactamase inhibitor protein based peptides (residues 45-52), was investigated by computational methods. Molecular dynamics simulations were performed on various alanine mutants of the ß-lactamase inhibitor protein and the peptides to investigate the contribution of these residues to SHV-1 ß-lactamase structure and dynamics. Y51A mutation on the peptide affected SHV-1 structure and dynamics similar to BLIP while D49A and Y50A mutations altered the SHV-1 structure and dynamics differently from BLIP. In the second part of the study, ß-Lactamase inhibitor protein based peptides of different lengths (A46-Y51 and C30-D49) were used to investigate in-vitro and in-vivo ß-lactamase inhibition. In-vitro ß-lactamase inhibition was observed by both peptides at a concentration of 400 ?M. Under in-vivo conditions, inhibition effect of the same peptides at a concentration of 28 ?M was not sufficiently high.
Benzer Tezler
- Investigation of penetration of inhibitor into cells and their interactions with intracellular proteins/metabolites
İnhibitor hücre içine girişi ve hücre içi proteinlerle/metabolitlerle etkileşimlerinin araştırılması
GİZEM BULDUM
- Investigation of beta-lactamase ligand binding in vivo and in silico
Beta-laktamaz ligand bağlanmasının hücre içinde ve hesaplamalı olarak incelenmesi
PINAR KANLIKILIÇER
- SARS-CoV-2 Spike–ACE2 etkileşiminin inhibisyonuna yönelik tasarlanan peptitlerin etkinliğinin moleküler modelleme yöntemleriyle araştırılması
Investigation of the efficacy of designed peptides targeting the inhibition of SARS-CoV-2 Spike–ACE2 interaction using molecular modeling methods
ŞENİZ YARAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Tobb Ekonomi ve Teknoloji ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Farelerde oluşturulan kronik deneysel otoimmün ensefalomiyelit modelinde çözünebilir epoksit hidrolaz inhibisyonunun GPR75/FLC/PI3K/AKTL'e bağımlı antiapopitotik sinyal ileti yolu üzerindeki etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of soluble epoxide hydrolase inhibition on GPR75/FLC/PI3K/AKTL-dependent antiapoptotic signaling pathway in chronic experimental autoimmune encephalomyelitis model in mice
MEHMET FURKAN HORAT
- Enflamatuvar hastalıkların tedavisinde kullanılmak üzere yeni kaspaz-1 inhibitörlerinin in silico ve in vitro yöntemlerle araştırılması
Investigation of new caspase-1 inhibitors for use in the treatment of inflammatory diseases by in silico and in vitro methods
BENGÜ SEMA MUTAFOĞLU
