Geri Dön

Optimal parths in the weighted residue networks via knowledge-based potentials

Bilgi temelli potansiyeller ile ağırlıklandırılmış residü ağlarında optimal yollar

  1. Tez No: 152504
  2. Yazar: CUMHUR AKSOY
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ALİ RANA ATILGAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: İnşaat Mühendisliği, Civil Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2004
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 53

Özet

IV ÖZET BİLGİ TEMELLİ POTANSİYELLER İLE AGIRLIKLANDIRILMIŞ RESİDÜ AĞLARINDA OPTIMAL YOLLAR Karmaşık sistemler ağ yapıları ile modellenebilirler. Proteinler birbiriyle etkileşen residülerden oluşan residü ağlar ile modellemiştir. Bu tezin amacı ağırlıklar da bulunduğunda residüler arasındaki optimal yollan araştırmaktır. İki farklı bilgi temelli temas potensiyeli ilgili residular arasındaki ağırlık olarak kullanılmıştır. Ortalama yol uzunluklarının asgari yol uzunluklarına yalan olduğu bulunmuştur. Ayrıca, iki farklı en iyilik durumu için de bu uzunluklar birbiriyle ilişkisiz rastsal potansiyeller kullanılarak hesaplanan yol uzunluklarından önemli derecede farklıdır, bu fark temas potansiyel yapısının kısa yollara sebep olduğunu göstermektedir. Ağırlıklı ve ağırlıksız yapı arasındaki ilişkiyi daha fazla ışık tutmak için residü ağlarının ağırlıklı ağ parametrelerini incelenmiştir. Residülerin artan toplam bağlantı sayısı ile daha düşük potensiyelli bağlantıları tercih ettiği gözlenmiştir. Rastsal potenşiyel kullanarak bulunan farklı olarak ağın optimal yol uzunlukları dağılımı ile Gauss Ağ Modeli ile belirlenen dalgalanma dağılımlarının ile iyi bir uyum gösterdiği bulunmuştur.

Özet (Çeviri)

HI ABSTRACT OPTIMAL PATHS IN THE WEIGHTED RESIDUE NETWORKS VIA KNOWLEDGE-BASED POTENTIALS Complex systems can be modeled as networks. Proteins are modeled as residue networks, network of interacting residues. The aim of this thesis is to investigate the optimal paths between the residues in the presence of the weights. Two different set of knowledge-based contact potentials are used as weights between the appropriate residues. The average path lengths are found to be close to the minimum path length. Also they are considerable different from the path lengths computed from the uncorrelated random potentials for the two different optimality conditions which indicates that the contact potential landscape favors the short paths. Weighted network parameters of the residue networks are investigated to shed light on the relation between the weighted and unweighted structure. It is found that the residues tend to have connections having lower potential with the increasing total number of connections. Fluctuation distributions, defined by Gaussian Network Model for the residue networks, show good correlation with optimal path length distributions unlike the distributions computed with the random potentials.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    75043

    Lageos I ve lageos II için doğruluk analizi

    Başlık çevirisi yok

    GAYE KIZILSU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik Üniversitesi

    Ölçme Tekniği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUHAMMET ŞAHİN

  2. Tez No

    465373

    Esnek üretim hücrelerinin tasarımında çok amaçlı optimizasyon problemi için matematik programlama yaklaşımı

    A mathematical programming approach for multi-objective optimization problem in design of flexible manufacturing cells

    EMİNE BOZOKLAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Endüstri ve Endüstri MühendisliğiÇukurova Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. EBRU YILMAZ

  3. Tez No

    341127

    Solution approaches for flexible job shop scheduling problems

    Esnek tipli atölye çizelgeleme problemleri için çözüm yaklaşımları

    ŞERİFE AYTUĞ BALCİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Mühendislik BilimleriOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MERAL AZİZOĞLU

    DR. CEMAL BERK OĞUZSOY

  4. Tez No

    14230

    Türkiye'de üretilen hazır cephe elemanlarının iklim kontrolü performansları açısından çeşitli yörelerde kullanılabilirliğinin değerlendirilmesi

    Evaluation of the climate control performances of the prefabricated facade elements produced in Turkey

    E.PINAR ERK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1990

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. EŞHER BERKÖZ

  5. Tez No

    363679

    Dağıtım şebeke yatırım planlamasında çok kriterli karar verme yönteminin kullanımı

    Multiple criteria decision making in distribution system investment planning

    İSMAİL ŞAHİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Elektrik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA BAĞRIYANIK

Geri Dön