Optimal parths in the weighted residue networks via knowledge-based potentials
Bilgi temelli potansiyeller ile ağırlıklandırılmış residü ağlarında optimal yollar
- Tez No: 152504
- Danışmanlar: PROF. DR. ALİ RANA ATILGAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: İnşaat Mühendisliği, Civil Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2004
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
IV ÖZET BİLGİ TEMELLİ POTANSİYELLER İLE AGIRLIKLANDIRILMIŞ RESİDÜ AĞLARINDA OPTIMAL YOLLAR Karmaşık sistemler ağ yapıları ile modellenebilirler. Proteinler birbiriyle etkileşen residülerden oluşan residü ağlar ile modellemiştir. Bu tezin amacı ağırlıklar da bulunduğunda residüler arasındaki optimal yollan araştırmaktır. İki farklı bilgi temelli temas potensiyeli ilgili residular arasındaki ağırlık olarak kullanılmıştır. Ortalama yol uzunluklarının asgari yol uzunluklarına yalan olduğu bulunmuştur. Ayrıca, iki farklı en iyilik durumu için de bu uzunluklar birbiriyle ilişkisiz rastsal potansiyeller kullanılarak hesaplanan yol uzunluklarından önemli derecede farklıdır, bu fark temas potansiyel yapısının kısa yollara sebep olduğunu göstermektedir. Ağırlıklı ve ağırlıksız yapı arasındaki ilişkiyi daha fazla ışık tutmak için residü ağlarının ağırlıklı ağ parametrelerini incelenmiştir. Residülerin artan toplam bağlantı sayısı ile daha düşük potensiyelli bağlantıları tercih ettiği gözlenmiştir. Rastsal potenşiyel kullanarak bulunan farklı olarak ağın optimal yol uzunlukları dağılımı ile Gauss Ağ Modeli ile belirlenen dalgalanma dağılımlarının ile iyi bir uyum gösterdiği bulunmuştur.
Özet (Çeviri)
HI ABSTRACT OPTIMAL PATHS IN THE WEIGHTED RESIDUE NETWORKS VIA KNOWLEDGE-BASED POTENTIALS Complex systems can be modeled as networks. Proteins are modeled as residue networks, network of interacting residues. The aim of this thesis is to investigate the optimal paths between the residues in the presence of the weights. Two different set of knowledge-based contact potentials are used as weights between the appropriate residues. The average path lengths are found to be close to the minimum path length. Also they are considerable different from the path lengths computed from the uncorrelated random potentials for the two different optimality conditions which indicates that the contact potential landscape favors the short paths. Weighted network parameters of the residue networks are investigated to shed light on the relation between the weighted and unweighted structure. It is found that the residues tend to have connections having lower potential with the increasing total number of connections. Fluctuation distributions, defined by Gaussian Network Model for the residue networks, show good correlation with optimal path length distributions unlike the distributions computed with the random potentials.
Benzer Tezler
- Lageos I ve lageos II için doğruluk analizi
Başlık çevirisi yok
GAYE KIZILSU
Doktora
Türkçe
1998
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiÖlçme Tekniği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHAMMET ŞAHİN
- Bazı yer ve sırık fasulye çeşitlerinde optimal melezleme şartlarının tespiti üzerine bir araştırma
Başlık çevirisi yok
TÜRKAN KOÇLU
- New algorithms and techniques for microprocessor-controlled PWM induction drives
Başlık çevirisi yok
OSMAN KÜKRER
Doktora
İngilizce
1987
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. H. BÜLENT ERTAN
- Çukurova bölgesinde biyoklimatik veriler kullanılarak açık ve yeşil alan sistemlerinin belirlenmesi ilkeleri üzerinde bir araştırma
A research on the determination of the principles in open and green spaces systems by using the bioclimatic data in Çukurova region
MEHMET FARUK ALTUNKASA
Doktora
Türkçe
1987
Çevre MühendisliğiÇukurova ÜniversitesiPeyzaj Mimarlığı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERDOĞAN GÜLTEKİN
- Küsküt (cuscuta campestris Yuncker)'ün biyolojisi ve savaşımına ilişkin incelemeler
The Studies on the biology and control of cuscuta spp. (cuscuta campestris Yunck.)
HASAN DEMİRKAN