Geri Dön

Investigation of the relationship between sphingolipid and insulin signaling pathways

Sfingolipid ve insülin sinyal iletim ağları arasındaki ilişkinin incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 270433
  2. Yazar: KÜBRA BÜYÜKYANBOLU KARAGÖZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. KUTLU ÜLGEN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 179

Özet

Sinyal iletiminde, hücre döngüsünün durdurulması, apoptoz, hücre yaşlanması ve farklılaşmasını da içeren düzenleyici iletim ağlarında önemli rol oynayan hücre zarı lipidleri, sfingolipidlerdir. Sfingolipid mekanizmasında görevi olan seramidin, insülin sinyal iletim ağındaki ana proteinlerden biri olan Akt/Protein Kinaz B'yi inhibe ettiği bilinir. Fakat sfingolipid ve İnsülin sinyal iletimleri arasındaki ilişki tam olarak açıklanamamıştır. Bu çalışmada, sfingolipid ve İnsülin sinyal iletimleri arasında önemli rol oynayan proteinler incelenmiştir. PKH1, YPK1 ve YPK2 genlerinin silinmiş olduğu Saccharomyces cerevisiae hücrelerinde 30 g/l başlangıç glikoz konsantrasyonunda IPC miktarının doğal suşa göre literatürle uyumlu bir şekilde azaldığı görülmüştür. Ancak 40g/l başlangıç glikoz konsantrasyonunda delesyon mutantlarında doğal şuşa nazaran daha fazla lipid bileşimi elde edilmiş ve ortamda daha fazla glikoz kaldığı bulunmuştur. Ortamdaki başlangıç glikoz miktarı arttığında glikoz sinyal iletiminde yer alan proteinlerin etkilerinin de önemli olduğu söylenebilir. Genel olarak, deneysel sonuçlarda glikoz tüketimi ve kompleks sfingolipid üretimi arasındaki ilişki literatürle uyumlu olarak bulunmuştur. GLUT4 yer değiştirmesini etkileyen en önemli proteinlerden biri olan Akt/PKB, antikanser ilaç buluşları için kritik bir hedef proteindir. Bu yüzden, Akt2 proteini ilaç keşfi açısından incelenerek Akt2'nin cepleri hem geometrik hem de enerjik yaklaşımla tanımlanmıştır. Literatürde tanımlanmış inhibitör bağlanma amino asitlerinden, SplitPocket (geometrik yaklaşıma dayalı program) bitin amino asitleri tanımlarken, Q-SiteFinder (enerjik yaklaşıma dayalı program) sadece bir amino asit tanımlayabilmiştir. Bunun yanı sıra, bağlanma ceplerinin çözünme enerjisi, elektrostatik ve ilaç indeksleri gibi parametlerde incelenmiştir. Bu elde edilen sonuçlar, uygun ligand bulunmasında başlangıç noktası olara kullanılabilir.

Özet (Çeviri)

Sphingolipids are the membrane lipids which have significant roles in signal transduction as second messengers and in regulatory pathways including cell cycle arrest, apoptosis, senescence and differentiation. Ceramide functioning in sphingolipid metabolism is known to inhibit Akt/ protein kinase B (PKB) which is one of the core proteins of insulin signaling pathway. However, the mechanism of crosstalk between sphingolipid signaling pathway and insulin signaling pathway has not been elucidated completely. In this study, we investigated the proteins which play important roles in the association of sphingolipid and insulin signaling pathways. The deletion mutants of PKH1, YPK1 and YPK2 of Saccharomyces cerevisiae at 30g/l initial glucose concentration had reduced IPC percentages compared to wild type strain in agreement with the literature information. However, at 40 g/l initial glucose concentration, the deletion mutants resulted in higher percentages of lipid composition compared to wild type strain as well as higher amounts of remaining glucose in the medium as expected. When the initial glucose concentration in the medium was increased, the effect of other proteins having roles in glucose signal reception and transduction might be dominant. Nevertheless, the experimental results on the relation between glucose consumption and complex sphingolipid production were found to be in agreement with the literature. Then, Akt2 protein was further investigated from the aspect of drug discovery since Akt/PKB is the most significant protein that affects GLUT4 translocation, and it is also a critical target protein for anticancer drug discovery. Therefore, the pockets of Akt2 were identified by using both geometric and energetic approaches. SplitPocket (geometry-based program) identified all the residues whereas Q-SiteFinder (energetic-based program) detected only one residue that was reported as an inhibitor binding site in literature. Furthermore, solvation energy, electrostatics and druggability index of binding pockets were also estimated. These results can be used as a starting point for docking suitable ligands.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    817773

    İcariinin vasküler gevşetici etkisinde Sfingozin-1-fosfat reseptör 1(S1PR1)'in rolünün araştırılması

    Investigation Of The role of Sphingosine-1-Phosphate 1 (S1P1) Receptors in the vascular relaxant rffect of Icariin

    OZAN MERT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Eczacılık ve FarmakolojiEge Üniversitesi

    Farmakoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÜLNUR SEVİN

  2. Tez No

    70352

    Koroner kalp hastalarında plazma karnitin düzeyleri ve lipid peroksidasyon ürünleriyle eritrosit glutatyon düzeylerinin ilişkilerinin incelenmesi

    Investigation of the relationship between the level of plasma carnitine, lipid peroxidation products and erythrocyte glutathione in patients with coronary heart disease

    MEHTAP KALENDER BAŞTUĞRAL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Biyokimyaİstanbul Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜSEYİN SÖNMEZ

  3. Tez No

    767862

    Otizm Spektrum Bozukluğu tanılı okul öncesi dönem çocuklarınınduygu düzenleme becerileri ile annelerinin psikososyal iyilik hali arasındaki ilişkinin incelenmesi

    Investigation of the relationship between emotion regulation skills of preschool children with Autism Spectrum Disorder and psychosocial well-being of their mothers

    GÜLÇİN SENA UZUNÇİÇEK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    PsikolojiÜsküdar Üniversitesi

    Klinik Psikoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CUMHUR TAŞ

  4. Tez No

    767967

    Pandemi döneminde uzaktan eğitim sürecini deneyimleyen öğretmen adaylarının uzaktan eğitim algıları ile tutumları arasındaki ilişkinin incelenmesi

    Investigation of the relationship between the perceptions of distance education and attitudes of teacher candidates who experienced the distance education process during the pandemic period

    SİMGE SEVİM AKKOLOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Eğitim ve ÖğretimBursa Uludağ Üniversitesi

    Temel Eğitim Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÖNÜL ONUR SEZER

  5. Tez No

    768022

    Türk popülasyonunda ACAN geni VNTR polimorfizmi ile Alzheimer hastalığı arasındaki ilişkinin araştırılması

    Investigation of the relationship between ACAN gene VNTR polymorphism and Alzheimer's disease in turkish population

    TUĞBA KESKİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    GenetikHitit Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ORÇUN AVŞAR

Geri Dön