Geri Dön

Investigation of the relationship between sphingolipid and insulin signaling pathways

Sfingolipid ve insülin sinyal iletim ağları arasındaki ilişkinin incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 270433
  2. Yazar: KÜBRA BÜYÜKYANBOLU KARAGÖZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. KUTLU ÜLGEN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 179

Özet

Sinyal iletiminde, hücre döngüsünün durdurulması, apoptoz, hücre yaşlanması ve farklılaşmasını da içeren düzenleyici iletim ağlarında önemli rol oynayan hücre zarı lipidleri, sfingolipidlerdir. Sfingolipid mekanizmasında görevi olan seramidin, insülin sinyal iletim ağındaki ana proteinlerden biri olan Akt/Protein Kinaz B'yi inhibe ettiği bilinir. Fakat sfingolipid ve İnsülin sinyal iletimleri arasındaki ilişki tam olarak açıklanamamıştır. Bu çalışmada, sfingolipid ve İnsülin sinyal iletimleri arasında önemli rol oynayan proteinler incelenmiştir. PKH1, YPK1 ve YPK2 genlerinin silinmiş olduğu Saccharomyces cerevisiae hücrelerinde 30 g/l başlangıç glikoz konsantrasyonunda IPC miktarının doğal suşa göre literatürle uyumlu bir şekilde azaldığı görülmüştür. Ancak 40g/l başlangıç glikoz konsantrasyonunda delesyon mutantlarında doğal şuşa nazaran daha fazla lipid bileşimi elde edilmiş ve ortamda daha fazla glikoz kaldığı bulunmuştur. Ortamdaki başlangıç glikoz miktarı arttığında glikoz sinyal iletiminde yer alan proteinlerin etkilerinin de önemli olduğu söylenebilir. Genel olarak, deneysel sonuçlarda glikoz tüketimi ve kompleks sfingolipid üretimi arasındaki ilişki literatürle uyumlu olarak bulunmuştur. GLUT4 yer değiştirmesini etkileyen en önemli proteinlerden biri olan Akt/PKB, antikanser ilaç buluşları için kritik bir hedef proteindir. Bu yüzden, Akt2 proteini ilaç keşfi açısından incelenerek Akt2'nin cepleri hem geometrik hem de enerjik yaklaşımla tanımlanmıştır. Literatürde tanımlanmış inhibitör bağlanma amino asitlerinden, SplitPocket (geometrik yaklaşıma dayalı program) bitin amino asitleri tanımlarken, Q-SiteFinder (enerjik yaklaşıma dayalı program) sadece bir amino asit tanımlayabilmiştir. Bunun yanı sıra, bağlanma ceplerinin çözünme enerjisi, elektrostatik ve ilaç indeksleri gibi parametlerde incelenmiştir. Bu elde edilen sonuçlar, uygun ligand bulunmasında başlangıç noktası olara kullanılabilir.

Özet (Çeviri)

Sphingolipids are the membrane lipids which have significant roles in signal transduction as second messengers and in regulatory pathways including cell cycle arrest, apoptosis, senescence and differentiation. Ceramide functioning in sphingolipid metabolism is known to inhibit Akt/ protein kinase B (PKB) which is one of the core proteins of insulin signaling pathway. However, the mechanism of crosstalk between sphingolipid signaling pathway and insulin signaling pathway has not been elucidated completely. In this study, we investigated the proteins which play important roles in the association of sphingolipid and insulin signaling pathways. The deletion mutants of PKH1, YPK1 and YPK2 of Saccharomyces cerevisiae at 30g/l initial glucose concentration had reduced IPC percentages compared to wild type strain in agreement with the literature information. However, at 40 g/l initial glucose concentration, the deletion mutants resulted in higher percentages of lipid composition compared to wild type strain as well as higher amounts of remaining glucose in the medium as expected. When the initial glucose concentration in the medium was increased, the effect of other proteins having roles in glucose signal reception and transduction might be dominant. Nevertheless, the experimental results on the relation between glucose consumption and complex sphingolipid production were found to be in agreement with the literature. Then, Akt2 protein was further investigated from the aspect of drug discovery since Akt/PKB is the most significant protein that affects GLUT4 translocation, and it is also a critical target protein for anticancer drug discovery. Therefore, the pockets of Akt2 were identified by using both geometric and energetic approaches. SplitPocket (geometry-based program) identified all the residues whereas Q-SiteFinder (energetic-based program) detected only one residue that was reported as an inhibitor binding site in literature. Furthermore, solvation energy, electrostatics and druggability index of binding pockets were also estimated. These results can be used as a starting point for docking suitable ligands.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    817773

    İcariinin vasküler gevşetici etkisinde Sfingozin-1-fosfat reseptör 1(S1PR1)'in rolünün araştırılması

    Investigation Of The role of Sphingosine-1-Phosphate 1 (S1P1) Receptors in the vascular relaxant rffect of Icariin

    OZAN MERT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Eczacılık ve FarmakolojiEge Üniversitesi

    Farmakoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÜLNUR SEVİN

  2. Tez No

    412575

    Kardiyorenal sendrom hastalarında transtorasik ekokardiyografi ve biyoimpedans bulguları ile malondialdehit, total oksidan/antioksidan durum, platelet aktive edici faktör ve paraoksonaz 1 arasındaki ilişkinin araştırılması

    Investi̇gati̇on of the relati̇onshi̇p between transthoraci̇c echocardi̇ography and bi̇oi̇mpedance fi̇ndi̇ngs wi̇th malondi̇aldehyde, total oxi̇dant / anti̇oxi̇dant status, platelet acti̇vati̇ng factor and paraoxonase 1 in pati̇ents wi̇th cardi̇orenal syndrome

    ALİ GÜNDOĞDU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    NefrolojiSelçuk Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÜLPERİ ÇELİK

  3. Tez No

    415326

    Toplam kalite yönetimi kapsamında algılanan hizmet kalitesi ile öğrenci memnuniyeti arasındaki ilişkinin incelenmesi ve bir uygulama

    Investigation of the relationship between perceived service quality in the context of total quality management and student satisfaction: An application

    ÖZLEM ÇOMAKLI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Endüstri ve Endüstri MühendisliğiAtatürk Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CAFER ÇELİK

  4. Tez No

    415910

    Öğretmenlerin iş doyumu ile pozitif psikolojik sermaye düzeylerine yönelik görüşleri (İzmir-Foça ilçesi örneği)

    Investigation of the relationship between job satisfaction and positive psychological capital (iZzmir-Foça sample)

    DENİZ SARICI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Eğitim ve ÖğretimAbant İzzet Baysal Üniversitesi

    Eğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TÜRKAN ARGON

  5. Tez No

    417989

    15-17 yaş arası futbolcularda çeviklik ile vücut kompozisyonu ve RAST arasındaki ilişkinin incelenmesi

    Investigation of the relationship between agility, body composition and RAST for football players within the age group of 15-17 years

    ÖZGÜR ERİKOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    SporAksaray Üniversitesi

    Beden Eğitimi ve Spor Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. EMİN SÜEL

Geri Dön