Balıklarda ve sularda mikobakterilerin PCR-RFLP ile incelenmesi
Detection of mycobacteria infish and water by PCR-RFLP analysis
- Tez No: 272466
- Danışmanlar: PROF. DR. K. SERDAR DİKER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Su Ürünleri, Veteriner Hekimliği, Aquatic Products, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Fish, Mycobacteria, PCR-RFLP, Water
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 84
Özet
Bu çalışmada balıklardaki mikobakteri etkenlerinin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle teşhisi ve tür düzeyinde identifikasyonu amaçlanmıştır. Bu amaçla toplanan toplam 191 balık ve 63 su örneklerinden kültür ve PCR yapıldı. Toplanan balıkların nekropsileri yapılarak iç organları inokulasyon için hazır hale getirildi. Sular ise filtrelerden geçirildi ve izolasyon için bu filtreler de kullanıldı. Dekontaminasyon için % 4 NaOH kullanıldıktan sonra Lowenstein-Jensen besi yerine ekimler yapıldı. İnkubasyon sonrasında oluşan kolonilerden makroskobik ve mikroskobik morfolojileri ile biyokimyasal özellikleri incelenerek identifiye edildi. İzole edilen suşların PCR ile doğrulanmasından sonra moleküler tiplendirilmesi PCR-RFLP ile gerçekleştirildi.İncelenen 191 balığın 12 (%6.3)'sinden ve 63 suyun 3 (%4.8)'ünden Mycobacterium spp. izole edildi. Balıklardan izole edilen 12 suşun 6'sı M. fortuitum, 4'ü M. marinum ve 2'si M. chelonae olarak bulundu. Sudan izole edilen 3 suştan ise 1'er adet M. fortuitum, M. marinum ve M. chelonae identifiye edildi. Akvaryum (tatlı su) balıklarında tuzlu su balıklarına göre daha fazla mikobakteri izolasyonu gerçekleştirildi. Akvaryum balıklarından 11 balıkta etken izole edilirken tuzlu su balıklarından sadece 1 balıkta etken izole edildi. Buna paralel olarak sulardan da 3 izolasyonun tamamı akvaryum sularından gerçekleştirildi.Sonuç olarak, balık ve su örneklerinden Mycobacterium spp. izolasyon ve identifikasyonu için kullanılan konvansiyonel ve moleküler tekniklerle elde edilen bulgular birlikte değerlendirildiğinde, tür düzeyinde identifikasyonda farklılık görülmedi. Fakat moleküler yöntemler, konvansiyonel yöntemlere göre daha kısa sürede sonuç vermesi ve daha kolay olması nedeniyle tercih edilebilir.Anahtar sözcükler : Balık ,Mikobakteri, PCR-RFLP, Su
Özet (Çeviri)
The aim of this study is the identification of mycobacteria from fish at the species level with conventional and molecular methods. For this purpose 191 ornamental fish and 63 water samples collected were investigated by culture and PCR. The internal organs taken during necropsy examination were prepared for inoculation. Water samples were filtered and these filters also were used for isolation. After decontaminated with % 4 NaOH, inoculums were cultivated on Lowenstein-Jensen medium. After incubation period, colonies were identified by macroskobic/microscopic examination and biochemical tests. Isolated strains were confirmed by PCR and tested by PCR-RFLP for molecular typing.Mycobacteria spp. were isolated from 12 (%6.3) of 191 fish and 3 (%4.8) of 61 water samples. From 12 strains isolated from fish 6, 4 and 2 were identified as M. fortiutum, M. marinum ve M. chelonae respectively. Three strains isolated from water samples were identified as M. fortuitum, M. marinum and M. chelonae. More Mycobacteria strains were isolated from aquarium (fresh water) than salt water. Mycobacteria were isolated from 11 fish from aquarium and 1 fish from salt water. Correspondingly, the water samples from which 3 isolations made were all aquarium waters.In conclusion, considering the results obtained by culture and molecular methods for identification of Mycobacterium spp. together, no diffirence was found between the identification at the species level. However, because of being more rapid and easier for the identification of mycobacterial species molecular methods could be preferred to conventional methods.
Benzer Tezler
- Samsun ilinde akvaryum balıklarında mikobakteriyel türlerin dağılımlarının belirlenmesi
Determination of the distribution of mycobacterial species in aquarium fish in Samsun province
İLKER HANCI
Doktora
Türkçe
2023
Veteriner HekimliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiSu Ürünleri Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERTAN EMEK ONUK
- Marmara bölgesi iç sularındaki bazı mavi-yeşil alg türlerinin toksin üretiminin genetik yöntemlerle araştırılması
A genetic-based investigation of toxin production in some blue-green algae from freshwaters of Marmara region
LATİFE KÖKER
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
Su Ürünleriİstanbul ÜniversitesiSu Ürünleri Temel Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERİÇ ALBAY
- Farklı sertlik değerlerindeki sularda metal (Cd, Cu) etkisinde kalan tatlı su balığı Oreochromis niloticus'un dokularında Na+-K+ATPaz enzim aktivitesi ve iyon düzeylerinin belirlenmesi
Determination of Na+-K+ATPase activities and ion levels in tissues of freshwater fish Oreochromis niloticus exposed to metals in waters with different harnesses
DİLEK SAĞLAM
- Farklı tuzluluk düzeyine sahip sularda civa etkisinde kalan balıkların (Oreochromis niloticus) ozmoregülasyon sisteminin incelenmesi
Investigation of osmoregulation system of freshwater fish oreochromis niloticus exposed to Hg in differing salinities
ALPER DOĞAN
- Influence of dietary siam weed (Chromolaena odorata) leaf extract on growth, body composition and thermal stress resistance in Nile tilapia (Oreochromis niloticus)
Diyetsel Siyam Otu (Chromolaena odorata) Yaprak Ekstraktının Nil Tilapyasında (Oreochromis niloticus) Büyüme, Vücut Kompozisyonu ve Termal Stres Direnci Üzerindeki Etkisi
VERONICA A. KABIA
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Su ÜrünleriAtatürk ÜniversitesiSu Ürünleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT ARSLAN