Modelling of Population Dynamics in Cell Cultures
Hücre Kültürlerindeki Nüfus Dinamiğinin Modellenmesi
- Tez No: 286343
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YAĞMUR DENİZHAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Elektrik ve Elektronik Mühendisliği, Biology, Electrical and Electronics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 67
Özet
Bu tezde, mitotik evredeki hayvan hücresi kültürlerindeki nüfus dinamiği içinfarklı çözünürlükte iki model geliştirilmiştir.İlk model, kaptaki hücre nüfusunun dağıtık gösterimine imkan veren biyolojikaçıdan makul, hücresel otomat benzeri bir mikro-model, ikincisi ise kaptaki toplamnüfus ve toplam kirliliği temel alarak topaklanmış bir gösterim sağlayan doğrusal olmayanbir makro-modeldir.Özellikle C2C12 hücre kültürleri çalışıldı. Bu hücre kültürlerinden toplanandeneysel veri mikro-modelin parametrelerini ayarlamak için, mikro-model simulasyonlarısonucu elde edilen veri de makro-modelin parametrelerini ayarlamak için kullanıldı.Karşılaştırılan sonuçlar, önerilen mikro-modelin mitotik evredeki nüfus dinamiğiniyeterli hassasiyetle temsil edebildiğini göstermiştir. Ancak önerilen makro-model, kabınbaşlangıçta temiz olması ve başlangıçtaki nüfusun yeterince kalabalık ve homojendağılımlı olması koşulları altında iyi bir gösterim sağlamaktadır.Mitotik evredeki herhangi başka bir hücre kültüründen elde edilen veriler kullanılarakparametreler ayarlandığı takdirde, teorik olarak her iki modelin de bu hücrekültürünün nüfus dinamiğini temsil edebileceği beklenmektedir.Mikro- ve makro-modellere ek olarak bu tezin başka bir katkısı da hücre saymaişlemini daha kolay ve hassas kılan bir yazılımdır.
Özet (Çeviri)
In this thesis, two models at different resolution levels are developed for thepopulation dynamics of animal cell cultures at the mitotic stage.The first model is a biologically plausible cellular automata-like micro-model allowingdistributed representation of the cell population in a flask, while the secondone is a nonlinear type of macro-model based on a lumped representation of the totalpopulation and the total toxicity in the flask.As a specific application C2C12 cell cultures are studied. Experimental data havebeen gathered from such cultures, and used to tune the parameters of the micro-model.Similarly, the parameters of the macro-model have been tuned to the simulation resultsobtained from the micro-model.Comparison of the results show that the proposed micro-model is capable ofrepresenting the population dynamics at the mitotic stage with sufficient accuracywhile the proposed macro-model can provide a good representation only under theassumptions that the flask is initially clean, and that the initial cell population issufficiently large and uniformly distributed.Using experimental data of any cell culture, theoretically it should be possible totune both models to represent the population dynamics of the respective cell culture.Another contribution of this theses beside the macro- and micro-models is asoftware tool which renders the process of cell counting easier and more accurate.
Benzer Tezler
- Modelling the population dynamics in a cell culture at two different scales
Hücre kültüründe nüfus dinamiğinin iki farklı ölçekte modellenmesi
MEHMET GÖKHAN HABİBOĞLU
Doktora
İngilizce
2015
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAĞMUR DENİZHAN
- Üç boyutlu organoid kültür temelli çip-üstü-rett sendromu modeli geliştirilmesi
Development of three dimensional organoid culture based rett syndrome-on-a-chip model
PELİN SAĞLAM METİNER
Doktora
Türkçe
2024
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM YEŞİL ÇELİKTAŞ
PROF. DR. ŞERİFE ESRA ERDAL BAĞRIYANIK
- Sodyum kanallarında iyon taşınımının ve toksin bağlanmasının moleküler modellemesi
Molecular modelling of ion transport and toxin binding in sodium channels
ESRA KÖRPE
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyofizikTOBB Ekonomi ve Teknoloji ÜniversitesiMikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. TURGUT BAŞTUĞ
- Su altı akıntı türbinlerinin hesaplamalı akışkanlar dinamiği modelinin kurulması ve farklı kanat tasarımlarının performanslarının incelenmesi
CFD modelling of marine current turbines blades and performance analysis of different blades geometries and pitch angles
MUSTAFA GÖKHAN ŞANLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Enerjiİstanbul Teknik ÜniversitesiEnerji Bilim ve Teknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SEDAT KABDAŞLI
- Modelling longitudinal motion of an electric vehicle and wheel slip control through NN based uncertainty prediction
Elektrikli aracın boyuna hareketinin modellenmesi ve yapay sinir ağı tabanlı belirsizlik kestirimli tekerlek kayma kontrolü
DUYGU ÖZYILDIRIM
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiMekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OVSANNA SETA ESTRADA