The impact of mutant alsin protein on motor neuron models and the effects of alsin gene knock-down on motor protein genes
Mutant alsin proteininin motor nöron modelleri ve susturulmuş alsin geninin motor protein genleri üzerindeki etkileri
- Tez No: 286418
- Danışmanlar: PROF. DR. A. NAZLI BAŞAK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Alsin, en fazla merkezi sinir sisteminde olmak üzere, tüm hücre tiplerinde sentezlenen bir proteindir. Bu gendeki mutasyonlar, erken başlangıçlı resesif bir dizi motor nöron hastalığıyla ilişkilendirilmiştir. Alsin geninde tanımlanmış 12 mutasyondan dokuzu delesyon mutasyonlarıdır, erken stop kodon oluşumuna neden olarak, protein translasyonunu zamanından evvel sonlandırırlar. Alsin mutasyonu taşıyan tüm hastaların homozigot, etkilenmemiş aile bireylerinin heterozigot veya normal olmaları, motor nöronlardaki dejenerasyonunun alsinin işlev kaybından kaynaklandığını işaret etmektedir. Bu çalışma, iki farklı yaklaşımla, alsinin işlevlerini anlamayı amaçlamaktadır. İlk aşamada, mutant alsinin motor nöron özelliği taşıyan hücrelerdeki etkileri araştırılmıştır. Çalışmada kullanılan alsin mutasyonu, doğal mutasyonların çoğunluğu gibi, alsinin VPS bölgesinin eksik olduğu bir protein oluşumuna neden olmaktadır. İkinci aşamada, alsinin bir dizi motor proteini ile olası etkileşimleri araştırılmıştır. Aksonal transportta rol oynayan proteinlerin (DCTN1, DCTN2, DCTN3, KIF3A, KIF3B ve KIF5A) seçilme nedeni, alsinin tüm hücrelerde sentezlenmesine rağmen, dejenerasyonun sadece motor nöronlara sınırlı kalmasından dolayıdır. Bu tezin sonuçları, mutant alsinin NSC34 hücrelerinde hızlı bir şekilde yıkıldığı ve hastalık oluşumunun, literatürde belirtildiği gibi, yalnız VPS bölgesinin değil, tüm alsin proteininin yokluğundan kaynaklı olabileceği yönündedir. Çalışma, alsin susturulduğunda, DCTN1, KIF3A ve KIF3B genlerinin anlatım düzeylerindeki farklılıklara dayanarak, bu proteinlerin alsin ile olası bir etkileşimlerinin olduğuna işaret etmekte, Ayrıca alsinin, kinezinlerin protein etkileşim bölgesi olan KIF3A ile kolokalize olduğunu da göstermektedir. Alsin ve etkileştiği proteinlerin, laboratuvarımızda hücre kültürü sisteminde ilk defa araştırıldığı bu çalışma ve devamının, alsinin hücredeki karmaşık ve çok-yönlü işlevlerine ışık tutması beklenmektedir.
Özet (Çeviri)
Alsin is a ubiquitously expressed protein with the highest levels in the central nervous system. Mutations in the alsin gene have been associated with several juvenile onset recessive motor neuron diseases. Nine out of 12 reported mutations in the alsin gene are deleterious mutations, leading to premature termination of the protein by an early stop codon; all affected patients are homozygous and all unaffected siblings are heterozygous or normal for the alsin mutations. These together, suggest a loss of function mechanism, responsible for motor neuron degeneration. The aim of this study is to understand the function of alsin using two different approaches. The first approach investigates the effects of mutant alsin on cells with motor neuron characteristics. The alsin mutation generated in this study leads to the truncation of one third of the protein, including the VPS domain, as it is the case in the majority of the natural mutations. The second approach analyzes alsin?s possible interactions with six motor proteins, which have a role in axonal transport: DCTN1, DCTN2, DCTN3, KIF3A, KIF3B and KIF5A. The results of this thesis suggest a rapid degradation of the mutant alsin protein in the NSC34 cells. Thus, it concludes that the pathogenesis of ALS might be due to the overall loss of the alsin protein rather than the loss of the VPS domain, as reported before in the literature. This study also implicates a possible interaction of alsin with three of the six investigated proteins: DCTN1, KIF3A and KIF3B. It further shows a co-localization of alsin and KIF3A in the perinuclear region of N2a cells. This thesis is a first attempt in our laboratory for elucidating the alsin-interacting partners in cell culture systems; we hope that this study will help to pave the ways for understanding the complicated and multilayered functions of the alsin protein.
Benzer Tezler
- Protein dynamics and peptide drug design: Molecular simulations of peptides, HLA-B*51, PR65, LeuT, and Dynein
Protein dinamikleri ve peptit ilaç tasarımı: Peptitler, HLA-B*51, PR65, LeuT ve Dineinin moleküler simülasyonları
SEMA ZEYNEP YILMAZ
Doktora
İngilizce
2025
Bilim ve Teknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. MERT GÜR
- Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi
Başlık çevirisi yok
MERİH BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM
- Çimentonun sertleşmesi üzerinde kimyasal komponentlerin etkisi
Başlık çevirisi yok
NACİYE TÜRKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- Bazı esterlerin kinetik incelenmesi ve termodinamik parametrelerin belirlenmesi
Kinetic study and detesmination of thermodnamic parameters of some esters
İBRAHİM TAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
BAHAR TÜRKYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı