Geri Dön

Cloning and characterization of novel NOD like receptors as cytoplasmic immune sensors

Sitoplazmik bağışıklık alıcıları olarak yeni NOD ailesi alıcıların klonlanması ve karakterizasyonu

PDF İndir

  1. Tez No: 286417
  2. Yazar: YETİŞ GÜLTEKİN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. NESRİN ÖZÖREN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Moleküler Tıp, Biology, Biotechnology, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2011
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 129

Özet

NOD benzeri alıcılar dokulardaki enfeksiyonu ve hücresel hasarı tespit ederler. Amino uçtaki protein etkileşim bölgesi, orta kısımda yer alan nükleotid bağlanma alanı olarak bilinen oligomerizasyon bölgesi ve karboksil uçta bulunan lösince zengin tekrarlı bölge NLR'ların kendilerine özgü yapısıdır. NLR protein ailesi üyelerinden NLRC3, CARD bölgesiyle birlikte bu proteinlere özgü olan NBD-LRR yapısına sahiptir. T lenfositlerinde yüksek oranda ifade edilen NLRC3 geni, T hücrelerinin aktivasyonunu baskılayan yeni bir protein olarak önerilmiştir. NLRP13 proteini NBD-LRR yapısını paylaşır fakat PYRIN bölgesini kapsar. NLRP13 geninin ifade edildiği yer olarak bilinen tek doku plasentadır. Hem EGFP NLRC3 hem de EGFP NLRP13 proteinleri başlıca sitoplazmada bulunduğu fakat mitokondride de bulunabildikleri gözlemledik. Bu nedenle NLRC3 ve NLRP13 proteinlerinden sitoplazmik bağışıklık alıcıları olarak söz edilebilir. NLRC3 veya NLRP13 proteinlerinin inflamazom bileşenleri ile olası etkileşimlerini belirlemek için eş-immünçöktürme deneyleri yapıldı. Bu deneyler sonucunda, hem NLRC3 hem de NLRP13 proteinlerinin ASC ve Kaspaz 1 proteinleri ile etkileşimde olduğunu ilk kez biz gösterdik. İmmünçöktürme sonuçları konfokal mikroskobu ile yapılan eş-yerleştirme deneyleriyle HEK293FT hücrelerinde doğrulandı. Konfokal mikroskobu altında ECFP Kaspaz 1 ve RFP ASC proteinleri, EGFP NLRC3 veya EGFP NLRP13 proteinleriyle birlikte HEK293FT hücrelerinde ifade edildiğinde inflamazom benzeri komplekslerin oluştuğu tespit edildi. İmmünçöktürme sonuçlarından biri NLRC3 proteinin Kazpaz 5 ile etkileşebiliceğini öne sürmektedir. RFP NLRC3 ile EGFP Kazpaz 5 proteinleri HEK293FT hücrelerinde eş yerleşmiştir. NLRC3 geninin devamlı EGFP ASC ifade eden HEK293FT hücrelerinde ifade edilmesi, ASC proteinin doza ve zamana bağlı olarak speck oluşumunu artırmaktadır. Ancak NLRP13 geninin doza ve zamana bağlı ifadesi ASC proteinin speck oluşturmasını NLRC3 kadar arttırmamıştır. NLRC3 ve NLRP13 proteinlerinin NF-kB sinyal yolağı üzerine olan etkisi luciferaz haberci gen deneyi ile test edilmiş, hem NLRC3 hem de NLRP13 proteinlerinin NF-kB sinyalini düşürdüğü gözlenmiştir.

Özet (Çeviri)

NOD like receptors recognize infection and cellular damage. They are characterized by an N terminal protein interaction domain, central oligomerization domain, termed nucleotide binding domain and leucine rich repeat domain at the C-terminus. NLRC3 protein has the characteristic NBD-LRR configuration with a CARD domain. T lymphocytes have the highest expression level of NLRC3. It was suggested that it functions as a novel suppressor of T cell activation. NLRP13 shares the NBD-LRR configuration, but contains a PYRIN domain. Placenta is the only known tissue to express NLRP13. We found that both EGFP-NLRC3 and EGFP-NLRP13 fusion proteins are mainly localized in the cytoplasm but they can also be localized in mitochondria; therefore, they can be considered as cytoplasmic immune sensors. To determine the possible interactions of NLRC3 and NLRP13 with inflammasome components, co-immunoprecipitation experiments were performed. Co-IP results suggest that both NLRC3 and NLRP13 can interact with ASC and Caspase 1. The outcomes of Co-IP were verified with co-localization of ASC and Caspase 1 with NLRC3 and NLRP13 in HEK293FT cells via confocal microscopy. Under confocal microscopy, we detected for the first time that inflammasome like complexes assembled when Caspase 1 and ASC were co-transfected with NLRC3 or NLRP13 in HEK293FT cells. One of the Co-IP results suggests that NLRC3 can also interact with Caspase 5 and RFP NLRC3 co-localized with EGFP Caspase 5 in the HEK293FT cells. Dose and time dependent transfection of NLRC3 induces the speck formations of ASC in the stable EGFP ASC HEK293FT cells. However, NLRP13 does not cause speck formation as efficiently as NLRC3. To test the effects of NLRC3 and NLRP13 on NF-kB signaling, luciferase reporter gene assay has been performed. Overexpression of NLRC3 and NLRP13 proteins resulted in NF-kB downregulation.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    229635

    Kalıtsal aritmojenik hastalıklarla ilişkili yeni genlerin, gen haritalama, pozisyonel klonlama, ve aday gen tarama yöntemleri ile tanımlanması

    Identification of new genes involved in hereditary arrhythmogenic diseases by gene mapping, positional cloning and candidate gene screening

    ECE SELEN ŞAHİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEHER BAŞARAN

  2. Tez No

    824007

    Cloning and characterization of heme transport proteins on the outer and the inner membranes of pseudomonas aeruginosa

    Pseudomonas Aeruginosa'nın dış ve iç zarlarındaki heme taşıma proteinlerinin klonlanması ve karakterizasyonu

    HASAN İLHAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    BiyokimyaUniversity of Massachusetts Darmouth

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MAOLİN GUO

  3. Tez No

    465047

    Cloning and characterization of a lipase enzyme isolated from metagenomic libraries

    Metagenomik kütüphanelerinden izole edilen bir lipaz enziminin klonlanması ve karakterizasyonu

    FATMA FEYZA ÖZGEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Biyoteknolojiİstanbul Üniversitesi

    Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EMİNE ŞEKÜRE NAZLI ARDA

  4. Tez No

    675991

    Recombinant production and characterization of new bifidobacterial glycosidases

    Yeni bifidobakteri glikosidazlarinin rekombinant olarak üretilmesi ve karakterizasyonu

    BERFİN SUCU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Biyomoleküler Bilimler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SERCAN KARAV

  5. Tez No

    720151

    Recombinant production and characterization of aquaporin protein isolated from geobacillus thermoleovorans ARTR1 and virgibacillus sp. agtr strains

    Vırgıbacıllus sp. agtr, geobacıllus thermoleovorans ARTR1 suşlarından izole edilen akuaporin proteininin rekombinant üretimi ve karakterizasyonu

    ŞEVVAL UYSALCAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER

    DR. ÖĞR. ÜYESİ NACİYE ESRA ATEŞ GENCELİ

Geri Dön