Peptide based drug design and pathway analysis for Caspase-1
Kaspaz-1 için peptit bazlı ilaç tasarımı ve metabolik yol analizi
- Tez No: 286924
- Danışmanlar: PROF. DR. BURAK ERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 158
Özet
Literatürde çok çalışılan proteinlerden biri olan kaspaz-1 (ICE), inflamatuar tepkilerdeki önemli rolleri yüzünden birçok bilim adamının ilgisini çekmektedir. Ayrıca, 40'dan fazla substratı olduğu için apoptotik yoldaki fonksiyonları gibi başka rolleri vardır. Pro-IL-1beta gibi substratlarının fazla salınımı bazı inflamatuar rahatsızlıklara yol açar. Bu yüzden, kaspaz-1 ile ilgili olan inhibisyon ve metabolik yol çalışmaları önem kazanmıştır.Kaspaz-1 için peptit bazlı ilaç tasarımı çalışıldı ve potent inhibitörler hesaplamalarla belirlendi. Asp ve D-enantiomerik aminoasitlerle bisiklik (kaynaşmış olan iki tane halkalı yapıyı barındıran molekül) ve keton yapıların, önceki deneysel çalışmalarla uyumlu bir şekilde iyi inhibitörler olduğu görüldü. Bununla beraber, kaspaz-1 metabolik yolunda çok hedef belirlenmesi yapılmıştır. Bir peptidin konformasyonunu minimize durumundan bağlanmış durumuna geçerken değiştirip değiştiremeyeceğini gösteren Viterbi Algoritması ile de tripeptitlerdeki konformasyonel faktörüler dikkate alınmıştır.Kaspaz-1 metabolik yolunda Ağ Yapı Modeli ile yapılan nakavt analizi; NLRP3, ASC, kaspaz-1, NF-kappaB, pro-IL-33, TLR4, TLR2, TRIF ve MyD88 nakavtlarının etkili olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
As one of the mostly studied protein in the literature, caspase-1 (ICE) attracts the attention of many scientists due to its crucial roles in inflammatory responses. It has other roles in the apoptotic path, for example, because of having more than 40 substrates. Increased expression of its substrates such as pro-IL-1beta results in inflammatory disorders. Consequently, inhibition and pathway studies related to caspase-1 have gained importance.Peptide based drug design for caspase-1 is performed and potent inhibitors are determined computationally. Bicylic (a molecule that contains two fused rings) and ketone structures with Asp and D-enantiomeric aminoacids are obtained as good inhibitors in accordance with previous experimental work. Moreover, multi-target drug determination in the caspase-1 pathway is made. Conformational factors in tripeptides are also taken into consideration with Viterbi Algorithm, which indicates whether a peptide can change its conformation from minimized state to bound state.Knockout analysis on the ICE pathway by Gaussian Network Model (GNM) shows knockouts of NLRP3, ASC, caspase-1, NF-kappaB, pro-IL-33, TLR4, TLR2, TRIF and MyD88 are effective.?
Benzer Tezler
- Protein katlanma yolaklarının engellenmesiyle kanser mekanizmasının inhibe edilmesi için Hsp70 substrat bağlanma bölgesine spesifik inhibitör dizaynı.
Designing specific Hsp70 substrat binding domain inhibitor for perturbing protei̇n folding pathways to inhibit cancer mechanism.
KÜBRA AÇIKALIN COŞKUN
Doktora
Türkçe
2016
BiyokimyaGaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSA GÖKÇE
PROF. DR. YUSUF TUTAR
- Metal-bağlayan amino asitlerce zengin peptidler ile fonksiyonlanmış nanoparçacıkların hazırlanması ve teranostik uygulamaları
Metal-binding amino acid-rich peptides in bio-functionalized nano-carriers conception and theranostics
HICHEM MOULAHOUM
Doktora
Türkçe
2021
BiyokimyaEge ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİGEN ZİHNİOĞLU
PROF. DR. SUNA TİMUR
- Moleküler modelleme metodları kullanılarak protein ve peptit etkileşimlerinin incelenmesi
Modeling of protein-peptide interactions using HADDOCK web server for cancer therapy
MOHAMMED DARWISH AL AFANDI
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyokimyaGaziantep ÜniversitesiBiyokimya Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUĞBA TAŞKIN TOK
- Optimization of molecular modeling strategies for challenging blind docking
Zorlu kör kenetleme için moleküler modelleme stratejilerinin optimizasyonu
ECEM SEKKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimyagerlik Ana Bilim Dalı
DOÇ. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL
DR. ANTOINE PAUL GUILLAUME MARION
- Understanding the membrane penetration of antimicrobial peptides
Antimikrobiyal peptitlerin hücre zarina giriş mekanizmasinin incelenmesi
BEGÜM ALAYBEYOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BERNA SARIYAR AKBULUT
YRD. DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ