Nörodejeneratif mekanizmaların mitokondriyal disfonksiyon hücre modellerinde proteomik yöntemlerle araştırılması
Differential protein expression analysis of mitochondrial dysfunction cell models to understand neurodegenerative mechanisms
- Tez No: 288983
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MURAT KASAP, DR. AHMET TARIK BAYKAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Nöroloji, Genetics, Molecular Medicine, Neurology
- Anahtar Kelimeler: nanoUPLC-ESI-qTOF, Shotgun proteomik, Nörodejenerasyon, nanoUPLC-ESI-qTOF, Shotgun proteomics, Neurodegeneration
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 109
Özet
Nörodejeneratif Mekanizmaların Mitokondriyal Disfonksiyon Hücre Modellerinde Proteomik Yöntemlerle AraştırılmasıAmaç: Sıvı kromatografisi ve ardışık kütle spektrometresi ile peptit temelli diferansiyel proteomik yöntem kullanılarak nörodejeneratif hastalıklara ait mekanizmaları aydınlatmaya çalışmak.Yöntem: SH-SY5Y nöroblastoma hücreleri, elektron taşıma zincirlerindeki 5 adet kompleksin her birine özgü nörotoksinler (MPTP, 3-NP, Soydum azit, Antimisin A ve Oligomisin) ile etkileştirilip, LC-MSE temelli bottom-up etiketsiz diferansiyel proteomik yöntemi ile protein ifade farklılıkları analiz edildi. Protein ekstraksiyonu sonrasında elde edilen triptik peptitler, ters fazda nano akış sıvı kromatografisi ile ayrıştırıldı. Kütle spektrometresinde gerçekleştirilen MS deneyi ile peptitler kantitatif olarak ölçüldü ve ardından gerçekleştirilen MS/MS deneyleriyle peptitler parçalanarak amino asit dizileri tanımlandı.Bulgular: 380 adet protein yüksek güvenirlilikte tanımlandı ve mutlak miktarları ölçüldü. Tanımlanan proteinler, biyolojik süreç, moleküler fonksiyon ve hücresel yerleşimlerine göre sınıflandırılarak, her hücre modeline özgü, enerji metabolizmasında, stres cevabında ve regülasyonlarda değişim olduğu gözlendi.Sonuç: Nörotoksine maruz bırakılan SH-SY5Y nöroblastoma hücreleri, in-vitro mitokondriyal disfonksiyon modeli olarak uygundur. LC-MS/MS, protein ekspresyon değişimlerini göstermek ve nörodejeneratif mekanizmaların anlaşılabilmesi için başvurulacak güçlü bir yöntemdir. Mitokondriyal disfonksiyon, ETS'nin bloke edilmesiyle başlamış olsa da farklı kompleks inhibisyonları sonucunda gruplar arasında farklılık gözlemlenmiştir. Miktar bakımından değişimlerini gördüğümüz; alfa-enolaz, gama-enolaz, gliseraldehit-3fosfat dehidrogenaz, 14-3-3 proteinleri, profilin-1, açil-CoA dehidrogenaz, DJ-1, malat dehidrogenaz, laktat dehidrogenaz, uzama faktörü proteinleri ve hücre iskeleti proteinleri nörodejenerasyonla bağlantılı olabilir ve biyobelirteç olarak değerlendirilebilir.
Özet (Çeviri)
Differential Protein Expression Analysis of Mitochondrial Dysfunction Cell Models to Understand Neurodegenerative MechanismsAim: Understand neurodegenerative mechanisms with a method based on liquid chromatography and mass spectrometry, a bottom-up label free diferential proteomics.Method: LC-MSE based bottom-up, label-free differential proteomics expression analysis was applied to electron transport complex specific neurotoxin (MPTP, 3-NP, Azide, Antimycin A and Oligomycin) induced neuroblastoma cells to determine protein expression differences. The generated tryptic peptides were fractionated by nano chromatography and amino acid sequences for the identification and absolute quantification was achieved by the MS and MS/MS experiments.Results: 380 protein identifications were achieved and absolute amounts were quantified. Automated classification of identified proteins based on biological processes, molecular function and cellular compartmentation showed that there were cell model specific alterations in pathways related to energy metabolism, stress response, regulation, and some others.Conclusions: Neurotoxin treated SH-SY5Y neuroblastoma cells are viable in-vitro mitochondrial dysfunction models to study neurodegeneration. LC-MS/MS is a powerfull method to quantify protein expression changes and can help understand pathways involved in neurodegenerative mechanisms. Although mitochondiral dysfunction generated by inhibiting ETC, different ETC complex inhibitions cause a differentiation between groups. Alpha-enolase, gama enolase, glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, 14-3-3 proteins, acyl-CoA dehydrogenase, DJ-1, malate dehydrogenase, lactate dehydrogenase, elongation factors and cytockeletal proteins showed alterations that we think that may be involved in neurodegeneration. These proteins also can be considered as biomarkers.
Benzer Tezler
- Deneysel parkinson hastalığı modelinde bazı TRP kanallarının rollerinin araştırılması
Investigation of the role of some TRP channels in experimental parkinson's disease model
AHMİ ÖZ
- Dopaminerjik nöronal hasarda gsk-3β enzim inhibisyonu ile nrf2/are yolağı arasındaki ilişkinin incelenmesi
The investigation of the relationship between gsk-3β enzyme inhibition and nrf2/are pathway in dopaminergic neuronal injury
ELVİN SEVGİLİ
- Gluko-lipotoksisite ile indüklenmiş, amiloid-β-aracılı nörodejenerasyonda endokannabinoid sistemin rolünün değerlendirilmesi
Evaluation the role of endocannabinoid system in gluco-lipotoxicity induced, amyloid- β mediated neurodegeneration
ZÜBEYİR ELMAZOĞLU
Doktora
Türkçe
2020
Eczacılık ve FarmakolojiGazi ÜniversitesiTıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇİMEN KARASU
- Evolutionary engineering and physiological analysis of antimycin-a resistant Saccharomyces cerevisiae
Antimisin-a dirençli Saccharomyces cerevisiae'nin evrimsel mühendisliği ve fizyolojik analizi
ALİCAN TOPALOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
- Deneysel multiple sclerosis (MS) modelinde endoplazmik retikulum stresi üzerine 4-fenil butirik asitin rejeneratif etkinliğinin PERK yolağı üzerinden değerlendirilmesi
Evaluation of regenerative efficacy of 4-phenyl butyric acid on endoplasmic reticulum stress via PERK pathway in experimental multiple sclerosis (MS) model
CEYDA ALDAĞ
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEFİSE ÜLKÜ KARABAY YAVAŞOĞLU