Türkiye yerli koyun ırkı kıvırcık için meme dokusundan cDNA kütüphanesinin hazırlanması
cDNA library construction for the mammary tissue of local Turkish kivircik sheep
- Tez No: 296850
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. NEHİR ÖZDEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyomühendislik, Genetik, Biology, Bioengineering, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 114
Özet
Türkiye'de koyun yetiştiriciliği; tarihi, ekonomik ve kültürel bir öneme sahiptir. Koyun yetiştiriciliğinde kolostrum salgısı koyunların verimliliklerinde oldukça etkilidir. Kolostrum, doğumdan sonra ilk 48 saat boyunca salgılanan, hipoimmun aktivite ve düşük bir enerji ile doğmuş olan kuzunun hayatta kalması ve sağlıklı bir gelişim göstermesi için kritik önemi olan değerli bir besin maddesidir.Bu çalışmada et kalitesi ve süt verimi açısından Türkiye için önemli bir yeri olan yerel ırk Kıvırcık koyununun kolostrum salgısını etkileyen genlerin araştırılması amaçlanmıştır. Bunun için İstanbul Üniversitesi Veteriner Fakültesi çiftliğinde bulunan Kıvırcık ırkı koyun kullanıldı. Dişi Kıvırcık koyunundan doğumdan bir hafta önce ve doğumdan sonra kolostrumun en yoğun salgılandığı ilk 18-36 saat içerisinde memeden biyopsi yöntemi ile doku alındı. Alınan doku örneklerinden kit yardımı ile total RNA ve mRNA izolasyonu yapıldı, ardından iki ayrı cDNA kütüphanesi oluşturuldu. Kurulan cDNA kütüphanelerinden tesadüfi seçilen 3072 klon örneklerinin dizin analizleri yapılarak koyun için EST kolleksiyonu oluşturuldu. Ham EST'lerin analizi için elde edilen kromatogram dosyaları Phred/Phrap programları ile FASTA formatına dönüştürüldü, düşük kaliteli diziler ve vektör fragmentleri uzaklaştırıldı. CAP3 programı ile fragment eşleştirme işlemi yapıldı ve sonuçların değerlendirilmesi için BEAP programı kullanıldı. EST dizileri ve CAP3 programıyla oluşturulan veriler, NCBI'a ait veritabanı programı BLAST'la olası fonsiyonları belirlendi ve NCBI'a kaydedildi. Çalışmamızda caseinler, whey proteinleri ve immunglobulinler gibi kolostrum salgısında bulunan önemli genler tespit edildi. Bunun yanında diğer çalışmalarda koyunda tespit edilemeyen bazı genler bulunmuştur. Bu sonuçların, koyunların fonksiyonel genom araştırmalarında önemli bir kaynak teşkil edeceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Sheep husbandry has historical and economic impact in Turkey. Because of its effect on sheep productivity colostrum secretion is very important for the sheep husbandry. Colostrum, which secrets during first 48 h after the parturition, is essential nutrient for health and growth of the lamb which was born with very low energy and hipoimmun activity.The aim of this study is to solve the genetic components of colostrum secretion in Kivircik sheep which is an important local Turkish sheep according to their meat quality and milk productivity. In this study Kivircik sheep in farm of the Faculty of Veterinary science at University of Istanbul was used. The mammary tissues from the same sheep were taken by biopsy in 18-36 h during high period of the colostrum secretion after the parturition and one week before parturition. From the tissues, total RNA and mRNA were isolated for construction of two different cDNA libraries. Total 3072 colonies which are randomly selected from the two libraries were sequenced for developing a sheep ESTs collection. For analysis of the raw EST data, the obtained chromatogram folders were converted to FASTA format, the low-quality sequences and the vector fragment was removed with Phred/Phrap computer programmes. Fragment assembly was done with the CAP3 software and evaluated with the BEAP programs. Putative functions of all unique sequences were designated by gene homology based on BLAST. In our study the genes finding in colostrum such as caseins, whey proteins and immunoglobulins were determined. Furthermore genes which were not found in sheep before were observed in the study. This EST data submitted to NCBI database. The results are very valuable resource for functional genome studies of sheep.
Benzer Tezler
- Trakya'da koyunlarda ixodid kene enfetasyonları
Ixodid tick infestations of sheep in Trakya, Turkey
İ. İLKER EFİL
Doktora
Türkçe
1999
Veteriner Hekimliğiİstanbul ÜniversitesiParazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜFİT TOPARLAK
- Türkiye'den yerli evcil koyunlarda, anadolu yaban koyunu (ovis gmelinii anatolica valenciennes, 1856) ve bandırma merinosunda polimorfizm çalışması
Başlık çevirisi yok
ARİF PARMAKSIZ
Doktora
Türkçe
2013
BiyolojiHarran ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEYİT AHMET OYMAK
PROF. DR. İNCİ ZEHRA TOGAN
- Genetic diversity of native and crossbreed sheep breeds in Anatolia
Anadolu yerli melez koyun ırklarının genetik çeşitliliği
EVREN KOBAN
Doktora
İngilizce
2004
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İNCİ TOGAN
- Türkiye ve Pakistan Koyun Irkları arasındaki mtDNA D-loop ilişkisinin araştırılması
Investigation of relationship between mtDNA D-loop among Turkish and Pakistani Sheep Breeds
MUHAMMAD SHAHZAD HUSSAIN
Doktora
Türkçe
2022
GenetikAfyon Kocatepe ÜniversitesiMedikal Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN ERDOĞAN
- Kangal akkaraman ırkı koyunlarda etçi tip geliştirilmesi imkânları
Opportunities for development of meat type in kangal akkaraman sheep breed
MEHMET NACİ OKTAY
Doktora
Türkçe
2023
Veteriner HekimliğiKırıkkale ÜniversitesiZootekni, Hayvan Besleme ve Beslenme Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BORA ÖZARSLAN