Co-expression of odorant receptor genes in zebrafish
Zebra balığında koku reseptör genlerinin birlikte ekspresyonu
- Tez No: 297817
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. STEFAN H. FUSS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Koku duyusu, Koku yolları, Smell, Olfactory pathways
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Koku alma genleri insanlarda ve diğer omurgalılardaki en büyük G-protein-eşli reseptör familyasını oluşturur. Koku alma genleri koku duyu epitelindeki koku duyu nöronlarında anlatılılar ve koku moleküllerinin algılanmasında rol oynarlar. Koku alma gen seçimini kontrol eden mekanizmalar hala büyük ölçüde bilinmemektedir ama koku alma duyu nöronlarının büyük çoğunlukla tek bir koku alma geni anlattıkları çeşitli metodlarla gösterilmiştir. Bu fenomen tek reseptör-tek nöron kuralı olarak adlandırılmıştır ve gelişim sürecinde birden fazla koku alma geni anlatan koku duyu nöronlarının büyük ihtimalle kontrollü hücre ölümü yoluyla sayılarının azaldığı gözlemlenmiştir. 136 koku duyu geni olan zebrabalığında tek reseptör-tek nöron kuralına bir istisna daha önceden gösterilmiştir. OR103 familyasının üyelerinde tek hücrede ikili ekspresyon görülmüştür ve bu ikili ekspresyonun şekli her OR103-1 pozitif hücrede OR103-5 ve/ya OR103-2'nin birlikte anlatıldığıdır. Bu tezde, bu ikili anlatımın altında yatan sebepleri bulmaya çalıştım. RACE, RT-PCR ve gen-spesifik RACE kullanarak OR103 üyeleri için transkript bilgisini buldum ve OR103-1 ve OR103-5'in tek bir transkriptte aralarındaki intergenik bölgeyle ayrılmış şekilde birlikte anlatıldığını gözlemledim. Bu tek mRNA'dan iki genin proteinlerinin sentezlenebiliceğini, yani intergenik bölgenin IRES aktivitesine sahip olup olmadığını test etmek için zebrabalığında doku spesifik promotörlerle iki farklı floresan proteinin anlatıldığı in vivo çalışmalar yaptım. Son olarak, Hk-2 hücre kültüründe intergenik sekansın IRES aktivitesini kuantitatif şekilde test ettim.
Özet (Çeviri)
Olfactory receptors constitute the largest G-Protein-Coupled Receptor family in humans and in other vertebrates. Olfactory receptor genes are expressed in the olfactory sensory neurons in the olfactory epithelia and are responsible in detection of odorant molecules. The mechanisms that regulate OR gene choice are still largely unknown, but it has been shown through various methods that the majority of olfactory sensory neurons only express a single OR gene. This phenomenon has been named the one receptor-one neuron rule and it has been shown, during development, the OSNs that express more than one are selectively reduced, possibly by apoptosis. In zebrafish, which has a repertoire of 136 intact OR genes, an exception to the one receptor-one neuron rule has been reported. Members of the OR103 family have been shown to be co-expressed and the nature of this co-expression was OR103-1 being co-expressed with at least one of OR103-5 and OR103-2 in every cell OR103-1 is expressed. In this thesis, I designed experiments to find the underlying mechanism of this co-expression. I used 5?-RACE, RT-PCR, and gene-specific RACE to obtain transcript information of several OR103 members, which have revealed a possible single transcript encompassing both OR103-1 and OR103-5 coding sequences, separated by the intergenic region. In order to understand if both OR103-1 and OR103-5 could be translated from this single mRNA, which would require IRES activity by the intergenic sequence, I used tissue specific promoters to express, in vivo, two different fluorescent proteins that have been separated by the intergenic region. Finally, I used Hk-2 cell cultures to quantitatively test for possible IRES activity of the intergenic sequence in vitro.
Benzer Tezler
- A framework for gene co-expression network analysis of lung cancer
Akciğer kanserinin gen ortak ifade analizi için bir yöntem
ERHAN AKDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
OnkolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoenformatik Bölümü
DOÇ. DR. TOLGA CAN
YRD. DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
- Differential co-expression analysis of human cancers to reveal systems biomarkers for diagnostic and therapeutic trials
İnsanlarda görülen kanser türleri için teşhis ve tedavi amaçlı sistem biyobelirteçlerinin diferansiyel ko-ekspresyon yöntemi ile belirlenmesi
MELTEM NUR ERDÖL
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyoistatistikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
- Detection of YvfI-SinR co-regulated genes and the effect of DegU transcriptional factor on the expression of YvfI gene in Bacillus subtilis
YvfI-SinR proteinleri tarafından birlikte düzenledikleri genlerin belirlenmesi ve Deg-U transkripsiyon faktörünün Bacillus subtilis' deki YvfI gen ekspresyonuna etkisi
BÜŞRA ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Mikrobiyolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ
- DCNA: A tool for differential co-expression network analysis of gene expression data
DCNA: Gen ifade verileriyle ko-ekspresyon analizi yapan ağ tabanlı uygulama
TALİP YASİR DEMİRTAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyomühendislikAdana Alparslan Türkeş Bilim ve Teknoloji ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA GÖV
- Kobalt (Co) veya kadmiyum (Cd) stresi altındaki çilek (Fragaria × Ananassa duch.) yapraklarında eksojen molibden (Mo)'in azot metabolizması ve gen ekspresyonu üzerine etkilerinin araştırılması
Investigation of effects of Exogenous molybdenum (Mo) on nitrogen metabolism and gene expression in leaves of strawberry (Fragaria × Ananassa duch.) under cobalt (Co) or cadmium (Cd) stress
FATMA NUR ALP
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyoteknolojiSelçuk ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EVREN YILDIZTUGAY