Geri Dön

Differential co-expression analysis of human cancers to reveal systems biomarkers for diagnostic and therapeutic trials

İnsanlarda görülen kanser türleri için teşhis ve tedavi amaçlı sistem biyobelirteçlerinin diferansiyel ko-ekspresyon yöntemi ile belirlenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 572602
  2. Yazar: MELTEM NUR ERDÖL
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoistatistik, Biyomühendislik, Biostatistics, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Marmara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 211

Özet

Sistem biyolojisinde yeni bir yaklaşım olan diferansiyel ortak ifade analizi, geleneksel diferansiyel gen ekspresyon analizine tamamlayıcı bir yöntem olarak ortaya çıkmıştır. Hastalıkların genetik altyapısını anlamak için, hastalıklı ve sağlıklı koşullarda genlerin etkileşimlerini ortaya koymak önemlidir. Bu çalışmada, bazı kanser türleri (mide kanseri, küçük hücreli dışı akciğer kanseri, pankreas kanseri) diferansiyel ortak ifade analizi altonda incelenmiş ve bu sonuçların kanserdeki tanı ve tedavi uygulamalarının araştırılmasında nasıl kullanılabileceği tartışılmıştır. İlgili gen ekspresyon verileri, Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (NCBI) veri tabanından elde edilmiştir. Diferansiyel olarak ifade edilen genleri karakterize etmek için, her bir veri seti normalize edilmiş ve istatistiksel analizler gerçekleştirilmiştir. Ko-ekspresyon profilleri, incelenen her bir kanser türünün ekspresyonlarında farklılık gösteren gen kümelerinden oluşturulmuş ve genetik ağlar, hasta ve sağlıklı bireylerde farklı şekilde ifade edilip edilmediğini belirtmek için kurulmuştur. Bu ağların son derece etkileşimli alt kümeleri modül olarak atanmış ve bu modüllerin, kanserlerin tanı ve tedavi uygulamaları için önemli olup olmadığı araştırılmıştır.

Özet (Çeviri)

Differential co-expression analysis, a new approach in systems biology, has emerged as a complementary method to traditional differential gene expression analysis. In order to understand the genetic background of diseases, it is important to reveal the interactions of genes in diseased and healthy conditions. In this study, several cancer types (gastric carcinoma, non-small cell lung carcinoma, pancreatic ductal adenocarcinoma) were examined using differential co-expression analyses and it was discussed how these results could be used for research of diagnostic and therapeutic applications in cancer. The relevant gene expression data were obtained from National Centre for Biotechnology Information (NCBI) database. In order to characterize the differentially co-expressed genes, the normalization of each data set and statistical analyses were performed. Co-expression profiles were constructed from gene clusters that differ in their expression in each type of cancer examined and genetic networks were established to indicate whether they were expressed differently in tumour and healthy individuals. Highly interacting sub-clusters of these networks were assigned as modules and these modules were investigated whether they are significant for diagnostic and therapeutic applications of cancer.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    472911

    Development of novel tools for cancer diagnosis, prognosis and treatment using intra- or inter-species transcriptome meta-analysis

    Tür içi ve türler arası transkriptom meta-analizi kullanılarak kanser teşhisi, prognozu ve tedavisi için yeni araçların geliştirilmesi

    HUMA SHEHWANA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Genetikİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI

  2. Tez No

    180667

    WNT/beta-catenin signaling pathway activation in epithelial cancers

    Epitel kanserlerinde WNT/beta-catenin yolağının aktivasyonu

    KHEMAİS BENHAJ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2006

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. KAMİL CAN AKÇALI

    PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK

  3. Tez No

    579774

    Analysis of functional domains of alternative splicing isoforms

    NFIB alternatif kırpılma izoformlarının işlevsel bölgelerinin analizi

    ŞEYMA VARINCA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR

  4. Tez No

    177221

    Identification and characterisation of two endoplasmic reticulum protein isoforms encoded by senescence-associated FAM134B gene

    Hücre yaşlanmasıyla ilintli FAM134B geni tarafından kodlanan iki endoplasmik retikulum protein izoformunun belirlenmesi ve karakterizasyonu

    NİLGÜN TAŞDEMİR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK

  5. Tez No

    842765

    Kurkumin yüklü PLGA-DSPE hibrit nanopartiküllerin hazırlanması, karakterizasyonu ve in vitro etkinliğinin incelenmesi

    Preparation, characterisation and in vitro evaluation of curcumin loaded PLGA-DSPE hybrid nanoparticles

    FATMANUR BABALI BALIBEY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyokimyaBezm-i Alem Vakıf Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ABDÜRRAHİM KOÇYİĞİT

Geri Dön