Differential co-expression analysis of human cancers to reveal systems biomarkers for diagnostic and therapeutic trials
İnsanlarda görülen kanser türleri için teşhis ve tedavi amaçlı sistem biyobelirteçlerinin diferansiyel ko-ekspresyon yöntemi ile belirlenmesi
- Tez No: 572602
- Danışmanlar: DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biyomühendislik, Biostatistics, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 211
Özet
Sistem biyolojisinde yeni bir yaklaşım olan diferansiyel ortak ifade analizi, geleneksel diferansiyel gen ekspresyon analizine tamamlayıcı bir yöntem olarak ortaya çıkmıştır. Hastalıkların genetik altyapısını anlamak için, hastalıklı ve sağlıklı koşullarda genlerin etkileşimlerini ortaya koymak önemlidir. Bu çalışmada, bazı kanser türleri (mide kanseri, küçük hücreli dışı akciğer kanseri, pankreas kanseri) diferansiyel ortak ifade analizi altonda incelenmiş ve bu sonuçların kanserdeki tanı ve tedavi uygulamalarının araştırılmasında nasıl kullanılabileceği tartışılmıştır. İlgili gen ekspresyon verileri, Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (NCBI) veri tabanından elde edilmiştir. Diferansiyel olarak ifade edilen genleri karakterize etmek için, her bir veri seti normalize edilmiş ve istatistiksel analizler gerçekleştirilmiştir. Ko-ekspresyon profilleri, incelenen her bir kanser türünün ekspresyonlarında farklılık gösteren gen kümelerinden oluşturulmuş ve genetik ağlar, hasta ve sağlıklı bireylerde farklı şekilde ifade edilip edilmediğini belirtmek için kurulmuştur. Bu ağların son derece etkileşimli alt kümeleri modül olarak atanmış ve bu modüllerin, kanserlerin tanı ve tedavi uygulamaları için önemli olup olmadığı araştırılmıştır.
Özet (Çeviri)
Differential co-expression analysis, a new approach in systems biology, has emerged as a complementary method to traditional differential gene expression analysis. In order to understand the genetic background of diseases, it is important to reveal the interactions of genes in diseased and healthy conditions. In this study, several cancer types (gastric carcinoma, non-small cell lung carcinoma, pancreatic ductal adenocarcinoma) were examined using differential co-expression analyses and it was discussed how these results could be used for research of diagnostic and therapeutic applications in cancer. The relevant gene expression data were obtained from National Centre for Biotechnology Information (NCBI) database. In order to characterize the differentially co-expressed genes, the normalization of each data set and statistical analyses were performed. Co-expression profiles were constructed from gene clusters that differ in their expression in each type of cancer examined and genetic networks were established to indicate whether they were expressed differently in tumour and healthy individuals. Highly interacting sub-clusters of these networks were assigned as modules and these modules were investigated whether they are significant for diagnostic and therapeutic applications of cancer.
Benzer Tezler
- Development of novel tools for cancer diagnosis, prognosis and treatment using intra- or inter-species transcriptome meta-analysis
Tür içi ve türler arası transkriptom meta-analizi kullanılarak kanser teşhisi, prognozu ve tedavisi için yeni araçların geliştirilmesi
HUMA SHEHWANA
Doktora
İngilizce
2017
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- WNT/beta-catenin signaling pathway activation in epithelial cancers
Epitel kanserlerinde WNT/beta-catenin yolağının aktivasyonu
KHEMAİS BENHAJ
Doktora
İngilizce
2006
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KAMİL CAN AKÇALI
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Analysis of functional domains of alternative splicing isoforms
NFIB alternatif kırpılma izoformlarının işlevsel bölgelerinin analizi
ŞEYMA VARINCA
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR
- Identification and characterisation of two endoplasmic reticulum protein isoforms encoded by senescence-associated FAM134B gene
Hücre yaşlanmasıyla ilintli FAM134B geni tarafından kodlanan iki endoplasmik retikulum protein izoformunun belirlenmesi ve karakterizasyonu
NİLGÜN TAŞDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Kurkumin yüklü PLGA-DSPE hibrit nanopartiküllerin hazırlanması, karakterizasyonu ve in vitro etkinliğinin incelenmesi
Preparation, characterisation and in vitro evaluation of curcumin loaded PLGA-DSPE hybrid nanoparticles
FATMANUR BABALI BALIBEY
Doktora
Türkçe
2024
BiyokimyaBezm-i Alem Vakıf ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDÜRRAHİM KOÇYİĞİT