Geri Dön

Functional analysis of the genes in the glucose metabolic network by a system based modular approach

Glikoz metabolik ağındaki genlerin sistem bazlı modüler yaklaşım ile işlevsel analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 301684
  2. Yazar: OKAN YÜZÜAK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. BETÜL KIRDAR, YRD. DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 143

Özet

Bu çalışmada, Glikoz Metabolik Proses ile ilintili bütün proteinler ve bunlar arasındaki en yüksek değerlikli etkileşimler belirlenmiştir. Çalışmanın başlangıcında Glikoz Metabolik Ağ ve Genel Ağ adı altında iki adet protein-protein etkileşim ağı oluşturulmuştur. Genel Ağ (GN) mayada STRING veri tabanındaki etkileşimler temel alınarak oluşturulmuş, Glikoz Metabolik Ağı (GMN) ise sadece Glikoz Metabolik Proses gen ontoloji terimine ait olan proteinler arasındaki etkileşimler temel alınarak oluşturulmuştur. Bu iki ağın topolojik nitelikleri belirlenmiş ve karşılaştırılmıştır. Glikoz metabolik ağının, diğer biyolojik ağlarda olduğu gibi, ölçeksiz bir ağ olduğu saptanmıştır. Modül tanımlamada kullanılan ve modüllerin özgünlüğünü belirlemeye yardımcı olan parametreler optimize edilmiştir. Genel Ağ modül üyelerinin sayısının daha fazla ve bu modüllerin daha genel GO süreç terimleri ile ilintili olduğu belirlenmiştir. Glikoz Metabolik Ağ'ında toplam 65 adet modül bulunmuştur ve bu ağ içerisinde saptanan modül üyelerinin daha kompakt ve daha özgün işlevlerle ilgili GO süreç terimleri içermesi sebebiyle Glikoz Metabolik Ağı'nda bulunan beş elemanlı modüller incelenmiştir. Bu modüllerin belirli görevlere sahip olduğu ve modül elemanlarının ya kompleksin bir parçası ya da bir sinyalizasyon yolunun elemanı olduğu belirlenmiştir. Modüllerin genişletilmesi ayrıca aynı işleve ya da farklı fonksiyonel ilişkiye sahip olan proteinlerin görülmesini sağlamıştır. Bütün bu ilişkiler mevcut literatürdeki araştırılmış sinyal yolları ve kompleksler aracılığı ile doğrulanmıştır. Modül incelemede kullanılan metodun güvenilirliği, aynı modül içerisinde bulunan proteinler hakkında olası fonksiyonlar atamamızı sağlamıştır. Bu şekilde tanımlanmamış ya da karakterize edilmemiş genler hakkında tanımlama yapılabilir ya da daha önceden fonksiyonu tanımlanmış proteinlere ek fonksiyonlar atanabilir. YGR067c, Roy1p, Nnk1p proteinlerinin sırasıyla ?Ubiquitin'e Bağlı Protein Katabolik Süreç?, ?İnterfaz? ve ?Proteoliz? GO süreç terimleri ile ilintili oldukları bulunmuştur.

Özet (Çeviri)

In this study, all proteins associated with the Process Gene Ontology (GO) term ?Glucose Metabolic Process? were collected and a network of all reported interactions among these entities was constructed with a stringent confidence threshold. Two networks were constructed at the beginning of the study; one general network consisting of a global interaction network of yeast obtained from the STRING database (Global Network, GN) and another network that was constructed by including only the interactions for the nodes of the Glucose Metabolic Process Gene Ontology Term (Glucose Metabolic Network, GMN). These two networks were then compared and the GMN was determined to be a scale free biological network. The parameters used in module identification were optimized in order to increase module specificity. Modular structures of GN and GMN were investigated by using Molecular Complex Detection (MCODE) plug-in of Cytoscape. The modules of GN had more members and these modules were associated with very general GO terms but the modules that were identified in GMN were more compact and functionally more distinctive with significant gene ontological associations. 65 modules were identified in GMN in the present study and eight five membered modules were selected and analyzed. These modules were associated with a specific function in the cell, either as a part of a complex or as a part of a signaling cascade. The extension of the modules provided additional nodes that were associated with the same function or other functions. All associations were verified from the available literature on the investigated pathways and complexes. The functional robustness of the method in identification of module members associated with the same cellular process suggests that this modular approach can be used to assign probable functions to the unannotated or uncharacterized loner genes present, or to assign novel additional functions to the proteins with already known functional associations. As a result of this investigation, YGR067c was potentially related to ?Ubiquitin Dependent Protein Catabolic Process?, Roy1p was potentially related to ?Interphase? and Nnk1p was potentially related to ?Proteolysis? GO Process Terms.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    543993

    Genom boyu taramaları ve moleküler genetik yaklaşımlarıyla Escherichia coli bakterisinde bor toleransı ile ilgili genlerin araştırılması

    Investigation of genes related to boron tolerance in Escherichia coli using genome-wide screening and molecular genetic approaches

    MERVE SEZER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyolojiMuğla Sıtkı Koçman Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BEKİR ÇÖL

  2. Tez No

    255883

    Comparative analysis of teafs and NP analysis to integrate interactome and transcriptome data to reveal response to C-pulse in Saccharomyces cerevisiae

    Etkileşim ve anlatım verisinin bütünleştirilmesi yöntemleri olan teafs ve NP analizi ile Saccharomyces cerevisiae?nin glikoz vurumuna tepkisinin karşılaştırmalı analizi

    MUHAMMED ERKAN KARABEKMEZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyomühendislikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. BETÜL KIRDAR

  3. Tez No

    649841

    Genome-scale metabolic network reconstruction and constraint-based analysis of selected disease-associated bacteria: Klebsiella pneumoniae HS11286 and Prevotella copri DSM 18205

    Hastalıklarla ilişkili bakteriler için genom-ölçekli metabolik ağ modellerinin inşaası ve kısıt-tabanlı analizi: Klebsiella pneumonıae HS11286 ve Prevotella copri DSM 18205

    BETÜL BAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    BiyomühendislikGebze Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR

  4. Tez No

    593651

    Elucidating immunomodulatory effects of telomeric repeat mimicking synthetic A151 oligodeoxynucleotide on immune cell transcriptome

    Telomerik dna benzeri sentetik A151 oligodeoksinükleotid'lerin bağışıklık hücre transkriptomu üzerine bağışıklık düzenleyici etkilerinin aydınlatılması

    VOLKAN YAZAR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Biyoistatistikİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İHSAN GÜRSEL

    YRD. DOÇ. DR. CAN ALKAN

  5. Tez No

    489745

    Kardiyovasküler sistem patofizyolojisinde rol alan mikroRNAların incelenmesi

    Investigation of the role of microRNAs in cardiovascular system pathophysiology

    DENİZHAN ÖZDEMİR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıHacettepe Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERAP DÖKMECİ

Geri Dön