Amino asit ve peptidlerin oksiradikallerle tepkimeleri sonucu oluşan amino asit ve peptid radikallerinin yapılarının hesapsal yöntemlerle incelenmesi
Investigation of reactions of amino acid and peptide radicals with oxyradicals by computational methods
- Tez No: 304833
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CENK SELÇUKİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Alanin, Glisin, OH radikali, Molekül Modelleme, Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi, Alanine, Glycine, OH Radical, Molecular Modeling, Density Functional Theory
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 113
Özet
Bu tezde enzim ve proteinleri oluşturan amino asitlerin OH radikali ile girebilecekleri tepkimelerin ve elde edilen sonuçların klasik mekanik ve kuantum mekanik yöntemlerle incelenmesi amaçlanmıştır. Bunun için a) eklenme tepkimeleri ve b) koparma tepkimeleri olmak üzere iki ana tepkime türü incelenmiştir.İncelenecek amino asitler olarak Glisin ve Alanin seçilmiştir. Konformasyonel analiz ve tüm moleküller için geometri optimizasyonları ile frekans analizi yapılmıştır. Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi (Density Functional Theory, DFT) kullanılarak B3LYP/6-31++G** seviyesinde hesapsal sonuçlar elde edilmiş ve çalışmadaki her amino asidin tüm konformasyonları için reaksiyon mekanizmaları belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
This thesis aims to investigate the reactions of amino acids that build up enzymes and proteins with OH radical by using reactions for classical mechanical and quantum mechanical methods. Therefore, OH addition to C? and H abstraction reactions have been chosen as model systems.Glycine and Alanine have been chosen. Conformational analysis has been carried out for glycine and alanine. Afterwards, the geometries of all conformations have been fully optimized and frequency analysis has been carried out for characterizing stationery points at B3LYP level of theory implementing the 6-31++G** basis set by using Gaussian09 series of programs. Reaction mechanisms of both amino acids have been determined for all conformations.
Benzer Tezler
- İmmobilize proteaz katalizli peptid sentezi
Immobilized protease-catalyzed peptide synthesis
GÜLLÜ POLAT
- A computational study on the structures and proton affinities of B3+ ions; peptide mass fragment product
Peptit kütle bölünme ürünü olan B3+ iyonlarının yapıları ve proton alma istekleri üzerine hesapsal bir çalışma
SEÇKİN BOZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Biyofizikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURAN ELMACI IRMAK
- Encapsulation and release of amino acids in double emulsions
Amino asitlerin çoklu emülsiyonlarda enkapsülasyonu ve salımı
ESRA KOCAMAN
Doktora
İngilizce
2021
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASLI CAN KARAÇA
PROF. DR. PAUL VAN DER MEEREN
- Constructing peptide (GEPI)-protein molecular hybrids by using genetic engineering methods for materials and medical applications.
Malzeme ve medikal uygulamalar için gen mühendisliği yoluyla peptid (GEPI)-protein hibritlerin oluşması.
DENİZ ŞAHİN
Doktora
İngilizce
2011
Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANDAN TAMERLER
PROF. DR. MEHMET SARIKAYA
- Rekombinant yapay peptitler ile hücre hedefleme yaklaşımı
Cell targeting approach with recombinant artificial peptides
SANEM YILDIZ