Amino asit ve peptidlerin oksiradikallerle tepkimeleri sonucu oluşan amino asit ve peptid radikallerinin yapılarının hesapsal yöntemlerle incelenmesi
Investigation of reactions of amino acid and peptide radicals with oxyradicals by computational methods
- Tez No: 304833
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CENK SELÇUKİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Alanin, Glisin, OH radikali, Molekül Modelleme, Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi, Alanine, Glycine, OH Radical, Molecular Modeling, Density Functional Theory
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tezde enzim ve proteinleri oluşturan amino asitlerin OH radikali ile girebilecekleri tepkimelerin ve elde edilen sonuçların klasik mekanik ve kuantum mekanik yöntemlerle incelenmesi amaçlanmıştır. Bunun için a) eklenme tepkimeleri ve b) koparma tepkimeleri olmak üzere iki ana tepkime türü incelenmiştir.İncelenecek amino asitler olarak Glisin ve Alanin seçilmiştir. Konformasyonel analiz ve tüm moleküller için geometri optimizasyonları ile frekans analizi yapılmıştır. Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi (Density Functional Theory, DFT) kullanılarak B3LYP/6-31++G** seviyesinde hesapsal sonuçlar elde edilmiş ve çalışmadaki her amino asidin tüm konformasyonları için reaksiyon mekanizmaları belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
This thesis aims to investigate the reactions of amino acids that build up enzymes and proteins with OH radical by using reactions for classical mechanical and quantum mechanical methods. Therefore, OH addition to C? and H abstraction reactions have been chosen as model systems.Glycine and Alanine have been chosen. Conformational analysis has been carried out for glycine and alanine. Afterwards, the geometries of all conformations have been fully optimized and frequency analysis has been carried out for characterizing stationery points at B3LYP level of theory implementing the 6-31++G** basis set by using Gaussian09 series of programs. Reaction mechanisms of both amino acids have been determined for all conformations.
Benzer Tezler
- 1,3-difenil-4,5-bis(hidroksiimino)-imidazolidin ve Ni(II), Cu(II), Pd(II), UO2(VI) komplekslerinin sentezi
Başlık çevirisi yok
VEFA AHSEN
Doktora
Türkçe
1984
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZER BEKAROĞLU
- Bir pamuk iplikhanesinde fiili çalışma metodlarının incelenmesi ve mevcut işlemlerin standart sürelerinin saptanması
Başlık çevirisi yok
MÜRŞİDE KESEROĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
İşletmeEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA NAZMİ ERCAN
- Toz kakaoda tağşiş saptama metodları üzerinde çalışmalar
Başlık çevirisi yok
TOMRİS ALTUĞ
Doktora
Türkçe
1987
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MERAL GÖNÜL
- Batık kültür yöntemi ile melastan tek hücre proteini (THP) üretiminde morchella conica var. costata vent miselyumunun kullanılması
Başlık çevirisi yok
İSMAİL KARABOZ
- Asetofenon türevlerinde elektroindirgenme ve elektroyükseltgenme gerilimleri ile lumo, homo enerjileri arasındaki bağıntılar
Electrochemical behaviour of acetophenaneand derivatives correlated to fmo energies
ÜLFET ŞANSAL