Molecular phylogenetics of Turkish abies (Pinaceae) species based on matK gene regions of chloroplast genome
Kloroplast genomundaki matK gen bölgesinin karşılaştırılması yapılarak Türkiye göknarlarının filogenetik analizi
- Tez No: 305039
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEKİ KAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Botanik, Biology, Biotechnology, Botany
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 77
Özet
Pineacea ailesi tüm dünyada çok sayıda türle temsil edilen kozalaklı ağaçlar grubunun en yüksek türle temsil edilen ailesidir. 51 türe sahip olan Abies cinsi ise Pinus cinsinden sonra bu ailenin ikinci büyük üyesidir.Ülkemizde bu cinse ait altı adet doğal takson saf ve karışık meşçeler halinde yer almaktadır. Bu taksonlardan dört tanesi (Abies cilicica subsp. isaurica, Abies nordmanniana subsp. bornmülleriana, Abies nordmanniana subsp. equi-trojani, Abies x olcayana) endemik olup az tehdit altında (LR: low risk) tür kategorisinde yer almaktadır.Türkiye'de bulunan Abies türlerinin filogenetik ilişkilerini yeniden belirlenmesi amacıyla ülkenin farklı bölgelerinden türleri temsilen 18 farklı populasyon örneklenmiştir. Türk göknar türlerine ait kloroplast DNA'sının matK gen bölgesi kullanılarak türler arasındaki genetik ilişki değerlendirilmiştir. Bunlara ek olarak tüm dünyada çalışılmış ve NCBI veri bankasında yer alan tüm Abies türlerine ait matK gen bölgesi dizileri de analiz için kullanılmıştır. Kloraplast DNA `sının matK bölge dizileri Göknar türlerinin ilişkilerini yansıtan filogentik ağaçlar, korunmuş bölge, çeşitlilik gösteren bölge vb. parametreler MEGA bilgisayar yazılımını (versiyon 5) yardımı ile değerlendirilmiştir.Sonuçlar göstermiştir ki Türkiye göknarları, matK gen bölgesinin verilerine göre bir farklılık göstermemektedir ve bu bölgenin evrimsel olarak oldukca korunmuş bir bölge olduğuna işaret etmektedir.NCBI veri bankasından dünyadaki göknar türlerinin tüm matK gen bölgesine ulaşılamamasına rağmen, elde edilinebilen kısmı Türkiye göknarlarının matK gen bölgesi ile karşılaştırılmalı olarak analiz edilmiştir. matK1 gen bölgesi verilerine göre sonuçlar göknar türlerini üç ana gruba ayırmaktadır. Ana grupların bir tanesi, Türkiye göknarlarının tüm türlerini ve bir adet Avrupa göknarlarından olan A.numidica türünü kapsamaktadır. İkinci ana grupta dünyadaki diğer göknar türlerinden A.holopylla, A.firma, A.veitchii, A.sachalinensis, A.nephrolepis, A.lasiocarpa, A.koreana, A.homolephis, A.fraseri, A.fargesii, A.sibirica and A.fabri yer almaktadır. Üçüncü ana grubu ise A.mariesii, A.hidalgensis, A.bracteata, A.alba oluşturmaktadır. MatK1 gen bölgesi sonuçlarına gore Türkiye göknarlarının Avrupa göknarlarına yakın olduğu söylenebilir. Bunlara ek olarak, matK2 gen bölgesi verilerine gore yapılan analizlerde ise filogenetik ağaçta Türkiye göknarları tek bir ana grup oluşturmakta ve matK2 gen bölgesi verilerine ulaşılabilen A.veitchii, A.firma ve A.holopylla türleri ise diğer grupda yer almaktadırlar.Sonuçlar Türkiye göknarlarının ortak atadan evrimleştiklerini ve matK gen bölgesinin de bu türler için korunaklı bir bölge olduğunu düşündürmektedir.
Özet (Çeviri)
Pineacea is the largest family of conifers that includes 51 species of Abies which is the second largest genus after Pinus.There are six native taxa in Turkey belonging to this genus. Four of these taxa (Abies cilicica subsp. isaurica, Abies nordmanniana subsp. bornmülleriana, Abies nordmanniana subsp. equi-trojani, Abies x olcayana) are endemic and considered as low risk (LR) species according to the IUCN criteria.To determine the phylogenetic relationship in Abies spp. in Turkey, 18 populations of different taxa were collected from their natural distribution areas in Turkey. The matK gene regions of chloroplast DNA (cpDNA) were studied comparatively to reveal the genetic relationship among Turkish fir species. The available sequences from the NCBI database for the matK region of the other Abies species in the world were also investigated comparatively with the sequences from Turkish firs. With the matK sequence data, a phylogenetic tree was constructed for the fir species and the molecular diversity parameters such as conserved and variable sites, nucleotide diversity, and evolutionary divergence were estimated using the MEGA software.The results indicated that there are no variable sites among Turkish firs with regard to matK regions of cpDNA. It appears that the matK region of cpDNA for Turkish firs is highly conserved.Since sequence data for all matK regions were not available from the NCBI data base, the phylogentic analysis with the sequence data of matK were comparatively analyzed in all firs including Turkish firs. According to matK1 region, the results showed that there were three major clades. One of the clades included all Turkish fir taxa and one species from European firs, A.numidica; however, A.holopylla, A.firma, A.veitchii, A.sachalinensis, A.nephrolepis, A.lasiocarpa, A.koreana, A.homolephis, A.fraseri, A.fargesii, A.sibirica and A.fabri formed in another clade. In addition to this, A.mariesii, A.hidalgensis, A.bracteata, A.alba formed in different major clade. According to matK1 region the results showed that Turkish firs and European firs are closer to each other. Furthermore, based on matK2 region, the results indicated that Turkish firs formed a monophyletic group.The other fir species, with respect to matK2 regions, formed different clades from Turkish firs.The results based on matK region suggest that all Turkish firs may have evolved from single ancestral fir species and the matK gene region appears to be highly conserved region in fir species.
Benzer Tezler
- Molecular phylogenetic position of Turkish abies (Pinaceae) based on noncoding trn regions of chloroplast genome
Kloroplast genomundaki kodlanmayan trn bölgelerinin karşılaştırılması yapılarak Türkiye göknarının filogenetik analizi
FUNDA ÖZDEMİR DEĞİRMENCİ
- Omurgalılarda poliamin sentezi ve yıkımından sorumlu enzimlerin evrimsel ilişkilerinin biyoinformatik yöntemlerle incelenmesi
Investigation of evolutionary relationship of enzymes responsible for polyamine synthesis and breakdown in vertebrates by bioinformatic methods
GİZEM ŞELE
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyolojiÜsküdar ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR ÖZ
- Molecular phylogenetics of Turkish Salix L. species
Türkiye Salix L. türlerinin moleküler filogenisi
PELİN ACAR
- Farklı illerdeki tarla sarmaşığı (Convolvulus arvensis) tohumlarının çimlenme biyolojisi, moleküler özellikleri ile farklı sıcaklık ve karbondioksit konsantrasyonlarındaki değişimlerinin araştırılması
Investigation of changes in germination biology, molecular properties and different temperatures and carbon dioxide concentrations of field bindweed (Convolvulus arvensis L.) seeds in different provinces
YÜCEL KARAMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
ZiraatMalatya Turgut Özal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİHAT TURSUN
- Monochamus dejean, 1821 (Coleoptera: Cerambycidae) cinsinin moleküler filogenetik analizi
Molecular phylogenetic analysis of Monochamus dejean, 1821 (Coleoptera: Cerambycidae) genus
FAMİL YUSUFOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiKocaeli ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FEVZİ UÇKAN
