The phylogenetic analysis of Picea orientalis populations from Northeastern Turkey with respect to non-coding trn and matK regions of chloroplast genome
Kloroplast genomundaki kodlanmayan trn ve matK bölgelerinin karşılaştırılması yapılarak Kuzeydoğu Anadolu'daki Picea orientalis populasyonlarının filogenetik analizi
- Tez No: 305038
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEKİ KAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Botanik, Genetik, Biology, Botany, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
Picea cinsinin 34 türü kuzey yarımkürenin ılıman bölgeleri ile taiga bölgeleriarasında alt tropik kesimden yüksek kesimlere kadar bir yayılım gösterir.Picea orientalis Türkiye' de Doğu Karadeniz Bölgesi'nin dağlık bölgelerindeve Batı Kafkaslar'da endemik olarak yetişir.Picea orientalis populasyonları içindeki genetik ilişkiyi belirlemek amacıyla15 populasyon türün farklı doğal yayılış alanından örneklendi ve bellikriterlere dayanarak beş gruba ayrıldı. Populasyonların genetik yapılarınıdeğerlendirmek amacıyla kloroplast genomundaki kodlanmayan trn ve matKbölgelerinin DNA dizi analizleri yapıldı.Onbeş Doğu Ladini (Picea orientalis) populasyonun çalışılan trn ve matKbölgelerine dayalı olarak ortaya çıkan genetik varyasyon sonuçlarına görepopulasyonlar arasında çok belirgin bir farklılık gözlenmemiştir. Üç tane trnbölgesi ve matK bölgesi arasında sadece bir tane parsimonik olarak bilgi vericivaryasyon görülmüştür. Analizlere göre, Artvin'den elde edilen populasyonlaren fazla farklılığı gösteren grup olmuştur. Doğu ladinin diğer Pinaceae türleriyle ilişkisi de bu çalışmada incelenmiştir.Veri tabanlarından elde edilen Pinaceae türlerinin trnV bölgesine göre ilişkisiincelendiğinde Picea cinsinin Larix cinsiyle yakın olduğu, Pinus başta olmaküzere diğer cinslerden daha uzak olduğu gözlenlenmiştir. Bu sonuç yapılandiğer sonuçlara göre sağlıklı sonuçlar vermemiştir.trncd-ef bölgesine bağlı olarak yapılan analizlerde, Doğu Ladinin Piceaseksiyonuyla yakınlığı gözlemlenmiştir. Ayrıca molekular saat tahminlerinegöre çalışılan doğu ladini populasyonunun Asya'daki türlerle daha yakın ilişkiiçinde olduğu bulunmuştur. Son olarak matK bölgesiyle yapılan çalışmadatrncd-ef bölgesine ve daha önce yapılmış diğer çalışmalarla benzer sonuçlarelde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
The genus Picea is located from temperate to Taiga (boreal) regions ofnorthern hemisphere from subtropical to high altitude with 34 species. Piceaorientalis is endemic to Eastern Black Sea Mountainous region of Turkey andWestern Caucasus.To determine the genetic relatedness within Picea orientalis populations, aswell as the relationship between other Pinaceae species from database,populations were sampled from 15 different locations within the natural rangeof species and grouped into 5 depending on several criteria. In order toevaluate the genetic structure of the taxon, non-coding trn and matK regions ofcholoroplast DNA (cpDNA) were sequenced.According to genetic diversity analysis of 15 Picea orientalis populations withrespect to trn and matK regions, there is not much variation amongpopulations. Among 3 non-coding trn and the matK region, there is only onevariable site which was parsimony informative.The results indicated that the populations from Artvin had the highestdivergence. In this study, the genetic divergence of Picea orientalis from otherPinaceae species were also observed. According to the results obtained fromtrnV region the studied Picea orientalis observed to display a closerelationship with Larix and distinct from other Pinaceae especially Pinusgenus. This result is unrepresentative due to the results of other studies.Moreover, as a result of analysis with trncd-ef region, the studied Piceaorientalis populations possessed close relationship with species from cladePicea. Moreover, based on molecular clock estimations the studied Piceaorientalis populations had close relationships with the species form Asia.Finally, the relationship of Picea orientalis with other Picea species wereanalyzed with respect to matK region. The result is consistent with the resultsof trncd-ef region and also with other studies.
Benzer Tezler
- Türkiye Scaligeria DC. (Apiaceae) cinsinin nrDNA ITS, cpDNA trnL-F ve trnLintron bölgelerine dayalı moleküler filogenisi
Molecular phylogenetic analysis of the genus Scaligeria L. from Turkey based on nrDNA-ITS, cpDNA trnL-F and trnLintron
HAMDİYE ALATLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BotanikSelçuk ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZLEM ÇETİN
- The phylogenetic analysis of Pinus nigra Arnold subspecies pallasiana varieties with respect to non-coding trn regions of chloroplast genome
Kloroplast genomundaki kodlanmayan trn bölgelerinin karşılaştırılması yapılarak Pinus nigra Arnold alt tür pallasiana varyetelerinin filogenetik analizi
AYSUN DEMET GÜVENDİREN GÜLSOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEKİ KAYA
- The phylogenetic analysis of liquidambar Orientalis mill. varieties by comparing the non-coding trn regions of the chloroplast genome
Kloroplast genomundaki kodlanmayan trn bölgelerinin karşılaştırılması yapılarak liquidambar Orientalis mill. varyetelerinin filogenetik analizi
MELİS OR
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEKİ KAYA
- Türkiye iç sularında dağılım gösteren Gobio Cuvier, 1816 cinsine ait türlerin filogenetik analizi
Phylogenetic analysis of the species belong to genus Gobio Cuvier, 1816 distributed in Turkey's inland waters
İSMAİL AKSU
Doktora
Türkçe
2020
Su ÜrünleriRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUSUF BEKTAŞ
- Neotinea ustulata ve Neotinea tridentata (Orchidaceae) türlerinin filogenetik analizleri üzerine çalışmalar
Studies on phylogenetic analysis of Neotinea ustulata and Neotinea tridentata (Orchidaceae)
KAAN HÜRKAN
Doktora
Türkçe
2015
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KEMAL MELİK TAŞKIN