Geri Dön

Mining fungal effector candidates in biotrophic plant pathogens; rusts and mildews

Biyotrofik bitki patojenlerinde (pas ve küf) aday efektör tespiti

  1. Tez No: 313588
  2. Yazar: SİNAN UĞUR UMU
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. TOLGA CAN, PROF. DR. MAHİNUR S. AKKAYA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoistatistik, Genetik, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biostatistics, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Enformatik Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Bölümü
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 94

Özet

Biyotrofik bitki patojenleri buğday ve arpa gibi ekonomik değeri yüksek olan bitkilerde, büyük verim kaybına yol açan canlılardır. Bu patojenlerin bulaşma sistemleri, haustoria denen organların oluşumu ve efektör adlı proteinlerin hedef hücreye iletilmesine dayanır. Efektörlerin ana amacı, konak hücrenin savunma mekanizmasının kapatılmasıdır. Bu yüzden mümkün olduğunca çok efektör protein keşfedilmesi, hastalıkların anlaşılması ve bu patojenlerle mücadele edilmesi için gerekmektedir. Sayısı hızla artan genom sekansları da efektörlerin tanınması açısından çok değerli bir rol oynamaktadır. Dizilimleri arasında benzerliği düşük olan efektörlerin tespiti için pek çok farklı biyoenformatik yöntem kullanılmaktadır. Buradaki çalışmamızda efektör tespiti için bir dizi yöntemi kullanarak bir yol geliştirdik. Ayrıca tanıttığımız bu yolu kullanarak, yeni efektör adayları tespit ettik. Bunların dışında son yıllarda varlığı tartışılmaya başlanan, alemler arası miRNA regülasyonu konusunda da bazı çalışmalar yaptık. Bilindiği üzere hastalık esnasında bitki hücrelerinde miRNA seviyelerinin değiştiği gözlenmektedir. Bu bağlamda bitki ve patojen arasında alemler arası miRNA-mRNA etkileşimi de mümkün olabilir. Yaptığımız çalışmada hem patojende miRNA bölgesi, hem de olası miRNA regülasyonu kanıtlarını da test etmiş, hem de olası hedef genler bulduk.

Özet (Çeviri)

Biotrophic plant pathogens lead to huge crop losses and they have great economical drawbacks on wheat and barley production. These pathogens rely on formation of haustoria and transfer of effector proteins into the host cells for generating disease. The main role of effector proteins is to disable plant defense mechanisms. Effector proteins contain N-terminal signal peptides and they have little sequence similarity between each other. It is vital to detect as many effector proteins as possible to understand infection and disease formation processes of biotrophic plant pathogens. To this end, sequencing of pathogen genomes are being emerged, the data will be invaluable for identifying the candidate effectors in terms of biological and biochemical roles in infection and more. There are some bioinformatics based methods available that can be utilized to classify and distinguish effectors from other pathogenic genes. It is important to understand how candidate effectors can be searched from Expressed Sequence Tags or transcriptome sequences. Hereby, our attempt is to present a pipeline in establishing a methodology. As a consequence, here we propose new candidate effectors.In plant-pathogen interactions also miRNAs are too proving to be an important factor which cannot be neglected. During disease infection, expression levels of miRNAs are varying which in turn may be a proof of miRNA regulation of pathogen genes. Therefore, cross-kingdom RNA interference may take place between plant and pathogen. We have tested plant pathogens for possible plant miRNA availability and found their most likely targets with in the pathogen genes.

Benzer Tezler

  1. Borlu atık sudan izole edilen fungusların bor biyosorpiyon kapasitelerinin araştırılması

    Investigation of biosorption potential of fungi isolated from boron containing wastewater

    DİLARA NUR ÇAKIR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÖNÜL DÖNMEZ

  2. Palynostratigraphy of the oligo-miocene Denizli Çardak molasse basin

    Denizli Çardak oligo-miyosen molasının palinostratirafisi

    MEHMET SERKAN AKKİRAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2000

    Jeoloji MühendisliğiDokuz Eylül Üniversitesi

    Jeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. FUNDA AKGÜN

  3. Fermentasyon yoluyla fungal rennin üretimi

    Başlık çevirisi yok

    AYNUR KURTULUŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1991

    BiyolojiEge Üniversitesi

    PROF. DR. SANVER EKMEKÇİ

  4. Bütünleşik omik yaklaşımı ile geleneksel tarhana fermantasyonu mikrobiyomunun araştırılması

    Integrated omics approaches to investigate the microbiome of fermentation of traditional tarhana

    ÖZLEM IŞIK DOĞAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Gıda MühendisliğiHacettepe Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. REMZİYE YILMAZ

  5. Biyoteknolojik transformasyon ile alerjen molekül içeriği azaltılmış propolisin kanser hücrelerinde apopitozis ve anjiogenez üzerine etkisi

    The effect of allergen molecule-reduced propolis with biotechnological transformation on apoptosis and angiogenesis in cancer cells

    HIKMAT MAMMADOV

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyokimyaEge Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ESER YILDIRIM SÖZMEN