Geri Dön

Zeytin cDNA kütüphanelerinin moleküler karakterizasyonu ve önemli genlerin tespiti

Molecular characterisation of olive cDNA libraries and determination of important genes

  1. Tez No: 315445
  2. Yazar: ÖZNUR SUAKAR
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. EKREM DÜNDAR
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Balıkesir Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 292

Özet

Bu çalışmada zeytin (Olea europaea L.) periyodisitesinin moleküler düzeyde aydınlatılmasına yardımcı olacak aday genlerin tespit edilmesine altyapı oluşturucak cDNA kütüphaneleri oluşturulmuştur. Bu amaçla Temmuz ?var yılı?, Temmuz ?yok yılı?, Kasım ``var yılı?, ve Kasım ?yok yılı? yaprakları ve Ekim meyve örnekleri kullanıldı. Herbir kütüphaneden rastgele 100 koloni seçilerek insert nükleotit dizileri ve homoloji analizleri yapıldı. Genomik DNA kütüphanesi verileri ile zeytin genomu hakkında bazı ipuçları elde edildi. cDNA kütüphaneleri verileri ile her gelişme dönemine özgü ve meyveye özgü cDNA molekülleri tespit edildi ve iki farklı döneme ait birçok aday gen bulundu. Kütüphanelerden elde edilen önemli genlerden dehidrin seçilerek moleküler, biyokimyasal ve biyoinformatik karakterizasyonu yapıldı. Dehidrin geninin 118 nükleotitlik intron bölgesi ve 699 nükleotitlik aday promotör bölgesi tespit edildi. 28 kDa'luk proteininin laktat dehidrogenaz (LDH) ile donmayı geciktirme aktivitesi, ve mRNA'sının Temmuz ve Kasım ayı ``var - yok'' yılları yapraklarında ve sürgün, tomurcuk, pedisel gibi zeytinin diğer organlarında ekspresyon profili belirlendi. Anlık gösterimli (real-time) PCR ile dehidrin geninin tek kopyalı olma ihtimalinin yüksek olduğu tespit edildi. 27 zeytin çeşidinde polimorfizm analizi yapıldı ancak çeşit ayrımında kullanılacak kadar polimorfik olmadığı belirlendi. Biyoinformatik analizler sonucunda zeytin dehidrin geninin Y2SK2 segmetine sahip olduğu belirlendi.

Özet (Çeviri)

In this study, one genomic DNA (gDNA) library and 5 cDNA libraries from Ayvalik (leaves and fruits) were constructed for isolating canditate genes that can help enlightening the molecular mechanism of alternate bearing in olive (Olea europaea L.). For this purpose, cDNA libraries from olive leaves in July (?on? and ?off year?) and in November (?on? and ?off year?) and one fruit library (in October ?on year?) were constructed and randomly selected 100 positive clones from each library were analysed with respect to homology and insert size / sequence information. Additionally, a genomic DNA library was also constructed and analysed the same way, to obtain some insights about the general structure and gene density of the olive genome. The analysis of the results revealed a 118 nucleotides long intron, and 699 nucleotides long of the putative promoter region of olive dehydrin. Cryprotective activity of 28 kDa dehydrin through lactate dehydrogenase (LDH) activity, and expression profile of its mRNA were determined. Real-time PCR analysis predicted dehydrin is probably represented with one copy in the genome. Polymorphism analysis including 27 olive cultivars revealed multiple SNPs although the SNPs were not abundant enough to utilize dehydrin as a genetic marker for cultivar identification. Bioinformatic analysis showed that dehydrin has Y2SK2 segment.

Benzer Tezler

  1. Olea europaea cv Gemlik (zeytin) bitkisine ait cDNA kütüphanesinin hazırlanması ve sonuçların bioinformatik analiz yöntemleri ile değerlendirilmesi

    Construction of cDNA library from Olea europaea cv Gemlik (olive) and evaluation of the results by bioinformatic analysis methods

    FATMA ORUÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    BiyomühendislikYıldız Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. NEHİR ÖZDEMİR

  2. Zeytinde polen uyumunu kontrol eden aday genin moleküler karakterizasyonu

    Molecular characterization of a candidate gene associated in pollen recognation of olive

    ALİ CAN KAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyolojiBalıkesir Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLENDAM TÜMEN

  3. Zeytin UDP glukoz 4 epimeraz geninin moleküler karakterizasyonu

    Molecular characterisation of olive UDP glucose 4 epimerase gene

    ÖZGÜN SALI ALPTEKİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyolojiBalıkesir Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLENDAM TÜMEN

  4. Zeytin Açil-KoA bağlanma proteininin moleküler karakterizasyonu

    Molecular characterization of olive Açil-KoA binding protein

    BÜŞRA BAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyolojiBalıkesir Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EKREM DÜNDAR

  5. Glukoz-6-fosfat-1-epimeraz ve mikrotübül ilişkili protein genlerinin biyoinformatik analizi

    Bioinformatic analysis of protein genes related to glucose-6-phosphate-1-epimerase and microtubula

    SUNA SANCAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyolojiBalıkesir Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLENDAM TÜMEN