Olea europaea cv Gemlik (zeytin) bitkisine ait cDNA kütüphanesinin hazırlanması ve sonuçların bioinformatik analiz yöntemleri ile değerlendirilmesi
Construction of cDNA library from Olea europaea cv Gemlik (olive) and evaluation of the results by bioinformatic analysis methods
- Tez No: 243862
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. NEHİR ÖZDEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Genetik, Bioengineering, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Zeytin (Olea europaea L. cv. Gemlik), EST, cDNA kütüphanesi, Biyoinformatik, Phred/ Phrap/ Consed, CAP3, Olive (Olea europaea L. cv. Gemlik), EST, cDNA library, Bioinformatik, Phred/ Phrap/ Consed, CAP3
- Yıl: 2009
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 155
Özet
Anavatanı Akdeniz havzası olan Zeytin (Olea europaea L. cv. Gemlik) bitkisi ekonomik açıdan ülkemiz için önemli olan tarım ürünleri arasında yer almaktadır. Bu çalışmada zeytin bitkisinden alınan yaprak ve meyve örnekleri kullanılarak iki ayrı cDNA kütüphanesi yeni gen keşfi ve gen fonksiyon analizleri için önemli olan EST'leri oluşturmak için hazırlanmıştır. Kurulan cDNA kütüphanelerinden tesadüfi seçilen 3840 adet klon örneklerinin dizi analizleri yapılarak zeytin için EST (Expressed Sequence Tags) kolleksiyonu oluşturulmuştur.Zeytin bitkisine ait ham EST verilerinin analiz edilmesi için Phred/ Phrap/ Consed bilgisayar programları ile düşük kaliteli diziler ve vektör fragmentleri uzaklaştırılmıştır. Fragment eşleştirme işlemi için hem Phrap hem CAP3 programı ayrı ayrı kullanılarak yapılmış ve sonuçlar karşılaştırılmıştır. Karşılaştırma için Consed programı her iki programın sonucu kontrol edilerek değerlendirilmiştir. CAP3 programına ait sonuçlar daha uygun bulunduğu için çalışmaya bu verilerle devam edilmiştir. CAP3 programından elde edilen veriler NCBI'a (National Center for Biotechnology Information) ait GenBank veritabanıyla BLASTN uygulaması kullanılarak karşılaştırılmıştır ve GenBank'a kaydedilmiştir.
Özet (Çeviri)
Olive (Olea europaea L.) is a very important agriculture product for our country which was originated in Mediterenian region. In this study we prepared a cDNA library from young olive leaves and fruits for generation of ESTs (Expressed Sequence Tags) which are useful for the discovery of novel genes and searching for the function of unknown genes. 3840 colonies which are randomly selected from the libraries were sequenced for obtained olive ESTs collection.For analysis of the raw EST data in olive genom, low-quality sequences and the vector fragment was removed with Phred / Phrap / Consed computer programmes. Fragment assembly was done with the CAP3 and Phrap softwares and results were compared with each other and evaluated with the Consed program. According comparasion two program, CAP3 was accepted as a reliable source and their result was acceptapted to continue further analysis. The data obtained from the CAP3 program were compared to the GenBank database of NCBI using BLASTN tool and submitted to NCBI data base. The results showed that new information about olive genom and also putative function of the sequences.
Benzer Tezler
- Zeytin (Olea europaea L. cv Gemlik) bitkisinde korunmuş miRNA'ların analizi
Analyze of some conserved miRNA in olive (Olea europaea L. cv Gemlik)
SULTAN CANSU GÖNENÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
GenetikYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK
- Gemlik zeytin çeşidinin düşük sıcaklık koşullarında fizyolojik ve moleküler açıdan karakterizasyonu
Physiologic and molecular characterization of the Olive cv. Gemlik under low temperature conditions
ASUMAN CANSEV
- Farklı antepfıstığı (Pistacia vera L.) ve zeytin (Olea europaea) çeşitlerinin bor (B) noksanlığına karşı duyarlılığının belirlenmesi
Determination of the sensitivity of the different pistachio (Pistachio vera L.) and olive (olea europaea) varieties to boron (B) deficiency
SADETTİN BOZGEYİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatÇukurova ÜniversitesiTiyatro Yönetmenliği Ana Sanat Dalı
PROF. DR. AYFER ALKAN TORUN
- Gemlik çeşidi zeytinde farklı tipteki sarsıcıların titreşim karakteristiklerinin hasat performansına etkisi
The effects of vibration characteristics of different types of shakers on the harvesting performance of Gemlik olive variety
MUAMMER YALÇIN
- Tuzluluğun Gemlik zeytin (Olea europaea L.) çeşidine etkilerinin incelenmesi
Investigation of salinity effects on Gemlik olive (Olea europaea L.) cultivar
ERKAN KASIRĞA