Geri Dön

Olea europaea cv Gemlik (zeytin) bitkisine ait cDNA kütüphanesinin hazırlanması ve sonuçların bioinformatik analiz yöntemleri ile değerlendirilmesi

Construction of cDNA library from Olea europaea cv Gemlik (olive) and evaluation of the results by bioinformatic analysis methods

  1. Tez No: 243862
  2. Yazar: FATMA ORUÇ
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. NEHİR ÖZDEMİR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Genetik, Bioengineering, Biotechnology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Zeytin (Olea europaea L. cv. Gemlik), EST, cDNA kütüphanesi, Biyoinformatik, Phred/ Phrap/ Consed, CAP3, Olive (Olea europaea L. cv. Gemlik), EST, cDNA library, Bioinformatik, Phred/ Phrap/ Consed, CAP3
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 155

Özet

Anavatanı Akdeniz havzası olan Zeytin (Olea europaea L. cv. Gemlik) bitkisi ekonomik açıdan ülkemiz için önemli olan tarım ürünleri arasında yer almaktadır. Bu çalışmada zeytin bitkisinden alınan yaprak ve meyve örnekleri kullanılarak iki ayrı cDNA kütüphanesi yeni gen keşfi ve gen fonksiyon analizleri için önemli olan EST'leri oluşturmak için hazırlanmıştır. Kurulan cDNA kütüphanelerinden tesadüfi seçilen 3840 adet klon örneklerinin dizi analizleri yapılarak zeytin için EST (Expressed Sequence Tags) kolleksiyonu oluşturulmuştur.Zeytin bitkisine ait ham EST verilerinin analiz edilmesi için Phred/ Phrap/ Consed bilgisayar programları ile düşük kaliteli diziler ve vektör fragmentleri uzaklaştırılmıştır. Fragment eşleştirme işlemi için hem Phrap hem CAP3 programı ayrı ayrı kullanılarak yapılmış ve sonuçlar karşılaştırılmıştır. Karşılaştırma için Consed programı her iki programın sonucu kontrol edilerek değerlendirilmiştir. CAP3 programına ait sonuçlar daha uygun bulunduğu için çalışmaya bu verilerle devam edilmiştir. CAP3 programından elde edilen veriler NCBI'a (National Center for Biotechnology Information) ait GenBank veritabanıyla BLASTN uygulaması kullanılarak karşılaştırılmıştır ve GenBank'a kaydedilmiştir.

Özet (Çeviri)

Olive (Olea europaea L.) is a very important agriculture product for our country which was originated in Mediterenian region. In this study we prepared a cDNA library from young olive leaves and fruits for generation of ESTs (Expressed Sequence Tags) which are useful for the discovery of novel genes and searching for the function of unknown genes. 3840 colonies which are randomly selected from the libraries were sequenced for obtained olive ESTs collection.For analysis of the raw EST data in olive genom, low-quality sequences and the vector fragment was removed with Phred / Phrap / Consed computer programmes. Fragment assembly was done with the CAP3 and Phrap softwares and results were compared with each other and evaluated with the Consed program. According comparasion two program, CAP3 was accepted as a reliable source and their result was acceptapted to continue further analysis. The data obtained from the CAP3 program were compared to the GenBank database of NCBI using BLASTN tool and submitted to NCBI data base. The results showed that new information about olive genom and also putative function of the sequences.

Benzer Tezler

  1. Zeytin (Olea europaea L. cv Gemlik) bitkisinde korunmuş miRNA'ların analizi

    Analyze of some conserved miRNA in olive (Olea europaea L. cv Gemlik)

    SULTAN CANSU GÖNENÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    GenetikYıldız Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NEHİR ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK

  2. Gemlik zeytin çeşidinin düşük sıcaklık koşullarında fizyolojik ve moleküler açıdan karakterizasyonu

    Physiologic and molecular characterization of the Olive cv. Gemlik under low temperature conditions

    ASUMAN CANSEV

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    ZiraatUludağ Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ATİLLA ERİŞ

  3. Farklı antepfıstığı (Pistacia vera L.) ve zeytin (Olea europaea) çeşitlerinin bor (B) noksanlığına karşı duyarlılığının belirlenmesi

    Determination of the sensitivity of the different pistachio (Pistachio vera L.) and olive (olea europaea) varieties to boron (B) deficiency

    SADETTİN BOZGEYİK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatÇukurova Üniversitesi

    Tiyatro Yönetmenliği Ana Sanat Dalı

    PROF. DR. AYFER ALKAN TORUN

  4. Gemlik çeşidi zeytinde farklı tipteki sarsıcıların titreşim karakteristiklerinin hasat performansına etkisi

    The effects of vibration characteristics of different types of shakers on the harvesting performance of Gemlik olive variety

    MUAMMER YALÇIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    ZiraatEge Üniversitesi

    Tarım Makineleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FAZİLET N. ALAYUNT

  5. Tuzluluğun Gemlik zeytin (Olea europaea L.) çeşidine etkilerinin incelenmesi

    Investigation of salinity effects on Gemlik olive (Olea europaea L.) cultivar

    ERKAN KASIRĞA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    ZiraatAdnan Menderes Üniversitesi

    Ziraat Bölümü

    DOÇ. DR. MEHMET ALİ DEMİRAL