Arpa (Hordeum vulgare L.) kültür varyetelerinde transpozon ve kromozom analizleri
Transposon and chromosome analysis on barley (Hordeum vulgare L.) culture varieties
- Tez No: 316458
- Danışmanlar: PROF. DR. NERMİN GÖZÜKIRMIZI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 102
Özet
Retrotranspozonlar genom içinde hareket edebilen elementlerdir. Hareketleri gelişim boyunca farklılık göstermektedir. Değişik dokularda retrotranspozon hareketlerindeki farklılık incelenmesine karşın gelişim süresinde hareket farklılığını inceleyen çalışmalar sınırlıdır. Bu çalışmada, arpada bitkisinde (Hordeum vulgare L. cv. Tokak 157/37) gelişim sırasında IRAP (?Inter Retrotransposon Amplified Polymorphism?) tekniği kullanılarak embriyo, kök ve yapraklarda BARE1 (Barley Retroelement 1) ve BAGY2 (Barley Gypsy Element 2) retrotranspozon hareketleri ve Revers Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu (?RT-PCR?) ile gen anlatım profilleri incelendi. Retrotranspozonlar moleküler düzeyde incelendikten sonra retrotranspozonların kromozomal düzeydeki etkileri arpa kromozomlarında analiz edildi.BARE1 ve BAGY2 retrotranspozonlarının hareketliliğini incelemek amacıyla DNA ve RNA izolasyonu yapıldı. Örnekler, 10 günlük kök ve yapraklardan alındı. Elde edilen DNA'lar kalıp olarak kullanıldı. BARE1 ve BAGY2 retrotranspozonları için ikişer farklı primer ile IRAP-PCR yapıldı. PCR ürünleri poliakrilamit jel elektroforezinde ayrıldı ve incelendi. İzole edilen RNA'lar ise, cDNA oluşturulmak üzere kalıp olarak kullanılarak gen anlatım profilleri açısından araştırıldı.Arpa kromozomlarının incelenmesi amacıyla, çimlendirilen arpa tohumları Carnoy fiksatifi (3:1, etanol:asetik asit) içerisine konuldu. Kök uçları daha sonra preparat yapımında kullanıldı. Metafaz evresinin gözlenmesi amacı ile preparatlar DAPI (4?,6-diamidin-2-fenilindol) ile boyanıp floresan mikroskopta incelendi.
Özet (Çeviri)
Retrotransposons are genetic elements that can move within the genome. Their movements show difference during development. Although retrotransposon movements were investigated in various tissues, studies on retrotransposon movements during development are limited. In this study, BARE1 (Barley Retroelement 1) and BAGY2 (Barley Gypsy Element 2) retrotransposon movements in barley (Hordeum vulgare L. cv. Tokak 157/37) embryo, root and leaves were investigated during development by using IRAP (Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism) technique and gene expression profiles by Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). After retrotransposons were investigated at molecular level, retrotransposons effects at chromosomal level were analysed barley chromosomes.DNA and RNA isolations were performed to examine BARE1 and BAGY2 retrotransposons movements. Samples were obtained from 10-day-old barley root and leaves. The resulting DNAs were used as template. IRAP-PCR for BARE1 and BAGY2 retrotransposons was carried out by using two different primers for each. PCR products were separated and analysed by Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE). Isolated RNAs used as template to synthesize cDNA were investigated in terms of gene expression profiles.Barley seeds were put into Carnoy fixative (3:1, ethanol:acetic acid) to investigate barley chromosomes. Root tips were then used for preparation. To observe metaphase phase, preparations were stained with DAPI (4',6-diamidino-2-phenylindole) and investigated by a fluorescence microscope.
Benzer Tezler
- Sodyum klorürün bazı arpa (Hordeum vulgare L.) kültür çeşitlerinde minarel beslenme ve protein metabolizması üzerine etkileri
Effects of sodium chloride on mineral nutrition and protein metabolism in some barley (Hordeum vulgare L.) cultivars
BENGÜ TÜRKYILMAZ
- Arpa (Hordeum vulgare L.) çeşitlerinin hekzavalent krom stresine karşı toleransının belirlenmesi
Determination of chromium tolerance of barley (Hordeum vulgare L.) cultivars to hexavalent chromium stress
BEHİYE URUŞAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyolojiAfyon Kocatepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA YILDIZ
- Bazı arpa ( Hordeum vulgare L. ) genotiplerinde kurağa dayanım yönünden transpirasyon hızı ve su kullanım etkinliklerinin belirlenmesi
Determination of transpiration rate and water use efficiency in terms of drought resistance in some barley( Hordeum vulgare L. ) genotypes
HASAN DOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
ZiraatDicle ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET YILDIRIM
- Arpa (Hordeum vulgare L.) embriyo kültürüne uygulanan farklı 2,4-d dozlarının rejeneratif sürgünlerde kromozom yapısına etkisi
The effect of different 2,4-d doses on chromosomal structure of regenerants in barley (Hordeum vulgare L.) embryo culture
BERK BENLİOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET MURAT ÖZGEN
- Arpa (Hordeum vulgare L.) doku kültüründe sukkula retrotranspozon hareketlerinin belirlenmesi
Determination of sukkula retrotransposon movements in barley (Hordeum vulgare L.) tissue culture
GÖNÜL KARTAL ALAÇAM
Doktora
Türkçe
2013
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NERMİN GÖZÜKIRMIZI