Aktin bağlayan proteinlerin etkileşimlerinin homoloji modellemesi yöntemi ile incelenmesi.
Study of actin binding protein interactions using the homology modelling
- Tez No: 317003
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MUHAMMET BEKTAŞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 104
Özet
Proteinlerin üç boyutlu yapılarını ve birbirleri ile olan etkileşimleri belirlemek için deneysel yöntemlerin yanında bilgisayar teknolojisine paralel olarak gelişen kuramsal yöntemler de oldukça önem kazanmıştır. Aktin proteini yapısal görevi yanında hareket, kemotaksi, salgı ve hücre bölünmesi gibi pek çok hücresel işlevler ile ilgilidir. Toksinin hücre içerisine taşınmasında, bir motor protein olan aktinin önemli rolü bulunmaktadır. Endozomal süreçte F-aktinin kargo desteği verdiği bilinmektedir. Aktin hücrede globüler (G) ve filamentöz (F) yapıda bulunmaktadır. Monomerik G-aktin moleküllerinin ardışık sıralanarak polimerleşmesi sonucu ortaya çıkan zincir (heliks) F-aktin (FA) ismini almaktadır. Aktin hücre iskeleti ve plazma membranı yapısı yanında çok sayıda hücresel proteinlerle de etkileşime girmektedir. Ayrıca bazı bakteriyel toksinlerin aktini ADP-ribozillendirdiği bilinmektedir. Difteri toksini NAD varlığında elengasyon faktör 2'yi ADP-ribozilleyerek protein sentezini durduran toksinin, N-terminal bölümüne denk gelen FA enzimatik etkinliğe sahip olan parçadır. Endositozla hücre içerisine alınan FA ADP-riboziltransferaz etkinliği ile protein sentezini inhibe eder ve hücre iskeletini yıkar. Yapılan in vitro ve in vivo çalışmalarda aktin-FA etkileşimi bildirilmiş fakat etkileşim noktaları aydınlatılamamıştır. Çalışmamızda FA-aktin etkileşimi bir kuramsal yöntem olan, benzeşim modellemesi ile incelenerek en olası etkileşim bölgesi belirlendi. Daha sonra belirlenen bu bölge sentetik polipeptitler varlığında kapatılıp, FA-aktin etkileşimleri jel filtrasyon kromatografi teknikleri ile sınandı. Elde edilen bulgular sonucunda FA'nın 201-215 bölgesine denk gelen 15 amino asitlik yapay peptit (DAMYEYMAQACAGNR)'in G-aktinin ikinci alt ünitesini ile etkileşime girerek bu bölgeyi kapattığı görüldü. İkinci olarak homoloji modellemesi ile oluşturulan modelde, en olası etkileşim bölgesi FA (tyr204) ile G-aktin (gly48) arasında ortaya çıkmaktadır. Hem kuramsal hem de deneysel verilerden elde edilen sonuçlar etkileşimin belirlenen bu bölgede olduğunu desteklemektedir.
Özet (Çeviri)
In order to define the three dimensional protein structures and their interactions, along with the amprical methods and in paralel with the computing technology, theoretical methods have gained significant importance. Besides its structural function, actin protein has many other cellular functions such as movement, chemotaxis, secretion, cytodiaresis. Being a motor protein actine has an important role in the movement process of toxin in the cell. It is known that F-actine gives carriage support during the endosomal process. Actin is found in globular (G) and filamentous (F) structure in the cell. The chain (helix), which occurs as a result of polimerisation of monomeric G-actine molecules through sequential rowing, is now called F-actine (FA). Actin interacts with a great number of cellular proteins along with cell skeleton and plasma membrane. It is also known that some bacterial toxins have ADP-ribosylation affect on actine. Diphteria toxin is the part which has the FA enzymatic activity corresponding the N-terminal section of the toxin, which halts the protein synthesis by ADP-ribosylating the elongation factor 2 in the presence of NAD. FA, taken into the cell by endocytosis inhibits protein synthesis by ADP-ribosyltransferase activity and breaks the cell skeleton. In the studies carried in vitro and in vivo, actine-FA interaction has been reported yet interaction points could not be illuminated. In our study, FA-actin interaction has been determined as the most possible interaction area with the theoretical method; analogy modelling. This area has been closed in the presence of polypeptides and FA-actin interactions have been tested with the gel filtration chromotography techniques. As a result of the findings, it was seen that 15 amino acid artificial peptides (DAMYETMAQACAGNR) corresponding to 201-215 amino acid residues of FA interacts with G-actine and closes this area. Secondly, in the model formed with the analogy modelling, it appears that the most possible interaction area is between FA (tyr204) and G-actine (gly48). Results obtained from both theoretical and experimental data support the idea that the interaction occurs in this area.
Benzer Tezler
- Investigation of mechanoregulatory role of desmin protein
Investigation of mechanoregulatory role of desmin protein
NİLÜFER DÜZ
Doktora
Türkçe
2024
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PERVİN RUKİYE DİNÇER
- Design of inorganic peptide bonded fusion biomolecules for tracking disease related proteins
Hastalıkla ilişkili proteinlerin izlenmesinde anorganik peptit bağlarla füzyon biyomoleküllerin tasarımı
BERTAN KORAY BALCIOĞLU
Doktora
İngilizce
2014
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANDAN TAMERLER
DOÇ. DR. BERRİN ERDAĞ
- Membrane protein-based in vitro methods
Zar protein-tabanlı in vitro metotlar
FATİH İNCİ
Doktora
İngilizce
2013
Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATMA NEŞE KÖK
- Native state dynamics and recognition/bending processes in globular proteins
Globüler proteinlerde doğal hal dinamiği ve tanıma/bağlanma süreçleri
NEŞE KURT
- Moleküler modelleme yöntemleri kullanılarak bazı enzim ve proteinlerin alosterik etki ile inhibisyon ve aktivasyonlarının araştırılması
Investigation of inhibition and activation of some enzymes and proteins by allosteric effect using molecular modeling methods
MEHMET MURAT YAŞAR
Doktora
Türkçe
2022
Fizik ve Fizik MühendisliğiAkdeniz ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL HAKKI SARPÜN
PROF. DR. EROL EROĞLU